玩家须与游戏中的女主角互动以推动剧情发展。玩家在游玩《Soul Link》时将会花费大多数时间观看出现在萤幕上的文字叙述、人物对话以及角色心理等，借由这样的方式除了让故事获得进展外，也可以与游戏角色对话进行交流。
本作由四章构成，分成序章?第1章?第2章?第3章。在每次阅读故事发展以及与其他角色对话后，玩家便有机会能够在与角色互动时、从游戏提供的数个选项中挑选其中一项。这时游戏会暂停一会儿以提供玩家依据先前的对话作出决定，玩家在某些关键选项之中的抉择则会影响到游戏朝特定方向展开，并进入各式分支情节中。借由决定于数个选项抉择的方式来让游戏系统判定玩家攻略的故事剧情，同时游戏中所做的决定也会影响这些角色故事后半段呈现不一样的结局。该作比前作《SHUFFLE!
时代是在公历2045年、秋天。
……身在宇宙空间，这种脱离着地球的无路可逃的窘境。
然而军官候补生们即使身在这样的绝境之中，依然没有放弃希望，努力寻找夺回白羊座号的方法。
之后，他们将会离这起事件惊人的幕后真相越来越近……。
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