第一部
拳四郎和雷伊联手消灭牙一族，替弟弟被杀的麻米亚复仇，并救出雷伊的妹妹艾丽。经两兄妹得知有人假借他的名义破坏消息北斗神拳的名声，推测其为三师兄杰基。就在打探到二师兄托席成为杀人魔的消息，发现二师兄却难以制裁他，此时雷伊赶来揭穿他的真面目，他是南斗六圣拳的阿米巴，假冒托席之名研究人体身上的经脉穴道，将其制裁后继续打探二师兄的行踪。麻米亚查出托席被关在卡山多拉监狱，于是拳四郞一行人前往此处，拳四郎和托席重逢后，托席透露拳王就是两人的大师兄雷奥。雷奥骑着巨马前往琳儿他们所在的村子大肆破坏，回到村中的雷伊在盛怒之下挑战雷奥，但却被他点中“新血愁”穴道，生命仅剩下三日。拳四郎出手攻击却也不敌，甚至无法让雷奥下马，托席出面搏命一战，让拳四郎领悟“柔拳”的精髓，但托席久病的身躯不堪负荷，拳四郞不得不出手力抗雷奥，却因体力不支而惨败，雷奥骑马离去。雷奥因之前的激战而静养。南斗六圣拳中最强的“帝星”－沙乌刹趁隙崛起，奴役大量孩童为自己修建“圣帝十字陵”。但拳四郎初战沙乌刹时却不能伤他分毫，战败被俘后，修武之子希巴舍命救他，重伤的拳四郎回到修武的基地。悲愤的拳四郎解开了沙乌刹的身体之谜，之后击败了他，而见证对战过程的雷奥则与拳四郎缔约再战。托席决定和雷奥一决生死，但病入膏肓的他无法成功，雷奥基于兄弟之情没有痛下杀手。
第二部
然而相较之下北斗军的力量是如此薄弱，人民的心中一直呼喊著英雄归来。在帝都的掌握实权的沙乌总督，借词雷奥和沙撒奥等的恶行，以天帝之名要把北斗和南斗抹杀，到处派兵追杀两大派的门人。而一个使用自创“喧哗”拳法（打架拳法）的赏金猎人艾英（アイン），被雇去对付拳四郎时，一交手下知道拳四郎的武功盖世便在第一招失手投降，后同门胁持其女儿再对拳四郎挑战，其救出女儿明日香后，决意加入北斗军并为表示诚意，协助他们救出两名被囚的南斗圣拳高手Harn兄弟。
天帝军出动了他们的秘密武器，以秘传拳法威力超越过北斗和南斗的“元斗皇拳”的将军们，这是唯一直接以斗气为主要攻击手段的拳法，可以轻易隔空杀人的最强拳术。为的是捕杀南斗北斗的高手们。绰号“金色之狼”的主将法鲁克（ファルコ）找到了北斗军的大本营正要围攻，而拳四郎去和北斗军会合时，被副将紫光的索利亚阻挡着挑战。北斗军受到天帝军主力围剿时，被Harn兄弟和艾英相救，而Harn兄弟的南斗双鹰拳即使以二敌一仍然不敌法鲁可的元斗皇拳战死。拳四郎打败了索利亚后会合了五车星中海的里哈克，知道了法鲁克的秘密，便决心找天帝会面谈判。天帝军得知真相后，也为法鲁克与拳四郎的对决划下休止符。
但总督的长子假装受伤把琳掳走，去到邻近的封闭地区“修罗之国”，图引强大的修罗军消灭拳四郎和法鲁戈。
修罗之国的守军俘虏并处死总督的长子后，把琳儿献给了郡将-凯杰鲁（カイゼル），而法鲁戈和不知名的修罗守将同归于尽。琳儿所见那里的实况是：战士以斯巴达方式教育人民从小习武，一切社会地位皆以武力高下定夺。一般人民平时不允自行在公众场所表露真面目和公开真实姓名，获得社会承认的高手都会被称为修罗（亦是“修罗之国”之名的起源），才可公开自己外表姓名和拥有土地。男童所受的教育，是要和同年龄的人间被逼真实以死相博。
在击毙第三罗将汗后，得知道第二罗将是拳四郎的亲兄雄武，而第一罗将加奥是雷奥和多奇的兄长，加奥因为母亲的死和家族被逼当北斗宗家的奴仆，便把雄武洗脑而雄武更击杀了试图说服自己和拳四郎合作的师父十庆。但被??和海盗救出拳四郎，而海盗都被加奥所杀了。另一方面加奥对玲解释雷奥传说是加奥所散播，使到本地人更为害怕外来人的干涉。最后当雄武和拳四郎跟宗家的守护者黑夜叉死斗时，??击伤了雄武使其发觉真相，所以加奥在领会北斗宗家拳和击杀??后，刻意把玲失忆和放逐下，引拳四郎进母亲墓地所在的石阵中决战，结果反而被拳四郎想到的新战术所败，拳四郎并指出加奥其实也是宗家的后人。而雄武和黑夜叉为了保护玲与加奥陆战队作困兽之斗，黑夜叉阵亡时被柏德带领的北斗军所救。
最后，柏德带着濒死的雄武和玲到拳四郎和加奥所在，雄武和加奥原谅对方相拥而逝，而拳四郎把玲交托给柏德，分头离开修罗之国。
拳四郎决心救出被可玆关起来的人们，要辽和可玆亲自对决。国王接见了拳四郎后请求他教训三位王子，便亲自率兵扫平蛮族，同时拳四郎证明了三位王子的学艺不精，他们便亲自上阵协助父亲。国家恢复和平时，三王子决定放弃跟二兄争夺王位，改为找未婚妻即邻国的雪莉公主结婚。
拳四郎便找巴南对质，巴南明言自己跟雷奥学过北斗神拳，他口中充满了对雷奥的美化和夸张，于是辽便说明了真相而后巴南大败于拳四郎。拳四郎认为他没有东西能再教辽之后便独自离去，辽最后跟着柏卢嘉等人一同生活，并立志超越父亲雷奥。
终章
回归独自一人旅行的拳四郎，在旅途中失去了记忆。另一方面，原以为能够过着幸福快乐的日子的帕德和琳儿，帕德却认为琳儿是因为凯欧点她的“死环白”穴开眼后第一个看到他才会喜欢上他，认为这份爱不够真实便去除了琳儿的记忆，试图让琳儿重新喜欢拳四郎。途中遇到了失去记忆的拳四郎，帕德故意丢下两人独自离去。后来拳四郎与琳儿抵达现场，尚未完全恢复记忆的拳四郎眼看就要死在普勒纪手下，帕德发出真情呐喊拳四郎的名字使拳四郎恢复记忆，打败普勒纪最后由帕德击杀。后来琳儿看见帕德温柔的眼神也跟着恢复记忆，但帕德因伤势过重而死亡。原打算跟拳四郎一起旅行的琳儿，最后认知自己应该爱的是谁，决定守帕德一辈子的墓后与拳四郎告别。就要将帕德的遗体运至墓地时，才发现帕德未死，拳四郎点了帕德的穴救活了他。
