绿色眼睛的人物角色
三住大辅(三住大輔(みすみ だいすけ)，声优：小野大辅)
主角的同学。是个美男子，很受女性欢迎，但经常和自己形象完全不同的御宅族的拓巳谈话。
芙琉奈(フリュネ，声：津田美波)
拥有“芙琉奈”之名的女性，也被称为“钥匙”。自身也身为“钥匙”。本作的芙琉奈，除了16岁的身体外，还有因为知晓了爱，所以才能做为神的容器。
僧院中有许多“芙琉奈”，毫无用处的就会被打上烙印然后消失。目前只有一个“芙琉奈”被扶养长大——也就是本作的女主角。
之后与奈莎结合，共同使用一个身体，并且与克莱因住在一起。
奈莎(ネッサ，声：花泽香菜)
外貌约10歳的女孩，被封印在胸针内而产生的分身幻象，可以完成维持少女的形态，而且更拥有其他分身缺乏的触感。个性开朗具活力，经常脸带笑容，也爱新奇探索事物，但在克莱因面前较偏向隐瞒她跟芙琉奈的关系。
拥有强大的力量，是可以破坏及拯救FRACTALE系统的钥匙。
克莱因(クレイン，声：小林优)
男主角，14岁，在FRACTALE系统下的边境小岛上居住。住所内有父母的电子分身监察他的生活。个人偏好收集FRACTALE系统成立前便存在的古老物品，包括婴孩时与父母真身在一起的影像数据。对FRACTALE系统下的世界，遇上真人的机会减少而感到无奈。喜欢芙琉奈。
在第6话收到一台照相机，而送他相机的那名男子，正是克莱因的父亲，但是克莱因并不知道。
藏马/南野秀一(蔵馬(くらま)/ 南野 秀一(みなみの しゅういち))
日本配音员：绪方惠美、中原茂〈妖狐〉
中国香港配音员：陈欣/冯锦堂(剧场版2)
中国台湾配音员：蒋笃慧(CTV版)/石采薇、胡镇玺〈妖狐〉(ANIMAX版)/张乃文(GTV版)/陶敏娴(剧场版2)
头脑冷静、聪明机智。在人间学校中，学业成绩优秀，常常考第一。后来因饮用“前世之种子”而回复成妖狐状态，此后慢慢能自由地转变成妖狐或人类的形态。魔界篇时投靠黄泉，魔界统一战正式赛的第二回合胜于时雨，第三回合败给九净。最后返回人间界，在继父的公司上班。
招式隐藏▲蔷薇棘鞭刃
风华圆舞阵
华严裂斩肢
树灵妖斩拳
空间旋风掌
突羽根(つくはね)
声 - 大原沙耶香
三原王二郎(みはら おうじろう)
声优：保志总一郎
“Angelic PALY”大赛上连续两年都闯入了决赛，是所谓的“操纵者”中的精英。漂亮的装饰和优雅的言行使得他成为众多女性的拥护者。偶尔也会有些奇怪的举动。
艾米·吉列姆(エイミー・ギリアム，Amy Gilliam，声：长绳麻理亚)
入住赛楠库尔岛医院的少女，其双脚为义体，由托托照顾。
小翠
(ミドリ)风人类疾风棍士，缠绕风的适合者少女，使用装置为棍型“风神”，是自己买来的。个性明朗快活且纯真的心，虽然是开朗活泼的形象，但这份纯真会无意识做出伤人的行为。曾为过去和朋友发生的某件事而不断自责，想知道事情真相而前往“Divine Gate”。生日10月10日。
皇神乐耶(皇 神楽耶(すめらぎ かぐや)，声优：金井美香/中国香港：何璐怡/中国台湾：龙显蕙)
年龄：15岁
性别：女性
生日：8月10日
人种：日本人
黑发少女，京都六家现在的领导者，日本皇室唯一的幸存者及继承人(天皇)，与朱雀是表兄妹关系(在第一季的STAGE 23有提到过)。小时候就见过鲁路修兄妹。
在枢木朱雀救出作战时开始注意到Zero(STAGE 4)，对Zero有一定程度的好感，并把希望寄托在Zero身上。在Zero的建国典礼上，终于见到了Zero，并且相当的高兴。后来多次声称自己为ZERO的新婚妻子，不过她只是单纯的喜欢ZERO，并不知道ZERO的真面目即为鲁路修。
多次自称新娘子，在Zero死后，十分不舍并且要利用其死讯。
于R2 TURN 22中超合众国与鲁路修的会议中，由于皇神乐耶与黑色骑士团干部一致认为鲁路修破坏和平，而鲁路修指挥不列颠军与枢木朱雀占领大会现场，皇神乐耶本人也被鲁路修挟持为人质。决战前夕，被鲁路修安排的咲世子、洛伊德和塞希露所救，遇到黎星刻后随即逃出。
在最后近结局时仍展现出宽宏的一面，为了鲁路修妥善安置败北于华莲的C.C.，被C.C.认为她能部分理解鲁路修的本质。
奈月 香央里(奈月 香央里(なつき かおり)，声：温森はるみ//水桥香织)
生日：1月11日，身高：159cm，体重：50kg，三围：B85/W60/H86。
虹陵馆学园2年A组、与驱和修是同班同学。超喜欢说话。超喜欢流行。超喜欢购物。学习不大在行，非常喜爱Arcanum∵Animus游戏，并且有“新绫女莉丝”的称号。
所谓的普通妙龄少女女学生。跟谁都能立刻好上，直到嘴巴累了的时候她才会停止说话。
在班上是麻烦制作者。特别跟同班男生照屋匡是漫才组合，每一天都要给予说黄色笑话的匡铁拳制裁。
与驱跟修都是好朋友， 在不怎么说话的驱转校进来以后，为了让无法融入班集体的驱早点解除顾虑，与匡一起帮助著驱。
在这之前有暗恋著修，不过一直不敢表达。
之后看到了自己的双重存在而被卷入此事件。
“阿修不可能会做那些事吧?又不是匡!”