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故事发生在绿色都市：风祭。居住于这座以“文明与绿色共存”为理念而兴建的都市里的天王寺瑚太朗，与神户小鸟、吉野晴彦等伙伴过着平凡的每一天。在那么和平的风祭市里，每年都有一段时间特别热闹，那就是举城欢庆的收获祭。为了这个类似于文化祭的大型活动，瑚太朗开始干起收集新闻素材的工作。

同一时间，瑚太朗的身边也开始出现种种无法解释的奇怪事件，而在风祭这个地方，正盛行着各种未知生物以及超自然现象之类的流言。瑚太朗开始着手调查这些事件，并向超自然研究会会长千里朱音寻求帮助，还把自己所认识的同学们也一并卷了进来。这其实是瑚太朗的小小冒险心在作怪。“要是能跟伙伴们一起打打闹闹地生活下去，那该多好啊。”瑚太朗这时还没有意识到，自己的行动已经和探寻那谁也不知道的“真实”联系在了一起。那个女孩的命运，能够被改写吗。故事依照顺序总共分成三个部分：超自然研究社成员篇、月球(Moon)篇、地球(Terra)篇。

超自然研究社成员篇(游戏对应路线：小鸟、千早、朱音、静流、露西娅路线;动画对应集数：第一期1-13集)

天王寺瑚太朗和小鸟、千早、朱音、静流、露西娅组成超自然研究社，结识了千早的名义兄长(管家)咲夜，开始着手调查风祭市的超自然事件。过程中瑚太朗开始和超自然研究社成员建立深厚的情谊，遇见了神秘的少女——篝，同时也发掘出自己的超能力。但随着站在顺从星球意识和主导净化地球立场的“盖亚”组织与主张站在人类方奋斗的超能力者组织“守护者”的冲突浮出台面，超自然研究社成员亦因各自理念不同和卧底身份曝光而开始疏远彼此。游戏中视乎玩家决定和超自然研究社成员发展不同结局。

月球(Moon)篇(游戏对应路线：月球线;动画对应集数：第二期14-16集)

天王寺瑚太朗趁夜于荒废的风祭市游荡期间，在雏菊之丘遇见了独自进行研究的篝，经过几度挫折后终如愿与篝顺利交流。篝向瑚太朗透露自己身为星球意识的化身，同时道出地球的资源和能量已被消耗至所剩无几，现时瑚太朗所处的世界其实转移和运用地球残存的万能之力建立的月球世界。她在数度利用箱廷理论推演能够延续世界的可能性的过程中，因为遇及瓶颈导致进度停滞不前，此时瑚太朗在篝的推演版图留下“希望有一天还能和你相见”的留言和签名，帮助篝创造延续世界的全新可能性，同时也查觉自己存在着先前于各种可能性世界和超自然研究社成员互动的记忆，以及数年的记忆空白。

同一时间，“盖亚”组织的幕后领导者加岛樱遣送众多魔物阻挠瑚太朗和篝的计划，瑚太朗集结先前在各种可能性世界邂逅的超自然研究社成员及咲夜前来援助，瑚太朗的同学们也随之应战，“盖亚”和“守护者”阵营亦展开对决;但后来超自然研究社、瑚太朗的同学们、部分“盖亚”和“守护者”的成员陆续不敌阵亡，连召唤各世界可能的自己和变身成魔物姿态迎战的咲夜也为此牺牲，最终月球篝为了实践延续世界的可能，将月球上所有的能量连同瑚太朗传送至已荒芜的地球。

地球(Terra)篇(游戏对应路线：地球线;动画对应集数：第二期17-24集)

最后的章篇中，揭晓了天王寺瑚太朗的过去：瑚太朗在少时和隶属“盖亚”组织的双亲不睦，为了宣泄自我而经常在树林间猎杀小型魔物，直至某次“盖亚”和“守护者”的阵营冲突中，瑚太朗被风祭区“守护者”阵营领导者江坂宗源所救，受其发掘加入“守护者”组织锻炼。瑚太朗在此世界执行任务期间邂逅和选择放过地球的篝，自愿参与“守护者”战区任务期间察觉“守护者”阵营和自己理念相悖，遂救出被“盖亚”培训为魔物使的孩童和抢先接触尚未加入“守护者”的超能力者，创办兼容魔物使和超能力者的第三势力阵营。为了帮助地球篝创造延续星球可能性的“星球的美好回忆”，瑚太朗开始担任渗透“盖亚”和“守护者”双方阵营的间谍，背叛“守护者”阵营和亲友;然而加岛樱仍主导“盖亚”阵营让篝启动毁灭地球的“救济”行动。最后瑚太朗委托“守护者”同僚今宫新和西九条灯花救出幸存者，为阻止“救济”和地球篝汇合与亲自手刃后者，随后自己受过度运用超能力的副作用影响魔物化而变成一株大树。

“救济”落幕三年后，当年的幸存者展开全新的生活;瑚太朗发现的魔物及超能力的运用技术和事迹也一并公诸于世;被灯花抚养成长的小鸟、千早、朱音、静流、露西娅为实验己身技术，从瑚太朗化身的大树召唤出魔物化的后者。瑚太朗偕同五人缔结契约，带领一行人飞向和登陆月球，故事以六人和种苗型态(动画版为人形状态)的月球篝再会作结。

重考两年才考上大学，研究所毕业的男主角海崎新太(27岁)，由于和上司起冲突，第一份工作只做三个月就离职，也因此找工作处处碰壁，成为一个尼特族。

在某一个夜晚返家的路上，遇上了自称重生研究所职员的夜明了(27岁)，夜明了邀请海崎新太作为受试者，参加为期一年的重生实验研究计划：海崎新太和夜明了皆服用一颗药丸，服后会变回17岁的外表，但心智、记忆、体能等皆保持27岁，然后两人一起入读同一所指定高中的三年级同一班别，让受试者(海崎新太)重新体验17岁的高中三年级生活，借由这个“重新开始”的机会，重新学习、改变自身。同时支援者(夜明了)成为同班同学，以作观察及支援，并把受试者的变化、表现及行为，详记于《重生实验报告书》。

受试期间，受试者的生活费用由重生研究所负责。一年过后，实验完毕，受试者会变回服用药丸前的年龄外貌，重生研究所会参考《重生实验报告书》，为受试者推荐合适工作。就这样，漫无目标的海崎新太，在生活费的诱惑下服用药丸，以17岁的外表、27岁的内在，重新返回高中就读三年级，一场充满欢笑泪水的校园青春喜剧就此展开。

四月十日。春假在昨天结束，今天早上就是所谓的开学日。五河士道被可爱的妹妹琴里吵醒后，原本以为今天也会如同往常般度过平凡的一天;直到他遇见一名被称为“精灵”的少女，伴随着一阵突如其来的冲击波，街道就这样消失得无影无踪。在宛如陨石撞击而变成环形山的街道一隅，一名少女正站在坑洞的正中央。“你也是来杀我的吧?”摧毁世界的灾难、充满谜团的怪物、被世界否定的少女。阻止这一切的方法只有两种：歼灭或对话。身穿军服的琴里对士道说：“所以你必须与精灵约会，并且让对方迷恋上你!”新世代“Boy Meet Girls”故事，隆重登场!

精灵(精霊(せいれい))

在与这个世界相异的邻界存在着神秘的生命体。关于其产生的原因与存在的意义至今仍被谜团所包覆，并且在战斗上拥有强大的能力，而当之出现在这边的世界之际，会引起被称为空间震的大爆炸，人类便将这些引发特殊灾害的特定生命体，当成是天敌般的存在并畏惧著。

精灵的外貌性格各不相同，但共同的特点是，都具有强大的战斗能力。其战斗力来自每人独有的被称为“灵装”的力量服装，以及被称为“天使”的独有武器。小说中借用了卡巴拉(生命树)的概念，生命树的十大要素质点与精灵一一对应，精灵名字中的数字为质点编号，天使名为质点守护天使名，灵装名为质点神名。目前得知的精灵除威斯考特外皆为女性，且外表皆为年轻少女，实际年龄不明。

根据二亚所言，所有精灵原本可能皆是人类。而从澪口中证实，除十香外，其他精灵均为吸收灵魂结晶的人类。在三大“罪人”艾略特·伍德曼、艾萨克·威斯考特、艾莲·梅瑟斯的不明目的下，创造出了第一个精灵。变成精灵后，身体将不会再成长，不过被封印的精灵能够正常的成长。

空间震(空間震)

当存在于邻界的精灵现界时，会造成空间的剧烈摇晃及造成损坏的大爆炸，空间震即此一状况之统称。在爆炸中心的建筑物及地面设施都会像火山口一样被消灭殆尽，而周围也会因为爆炸的产生而蒙受损坏。最初一次空间震发生于30年前，造成了近1亿5000万人的死伤人数，被称为“欧亚大空灾”(ユーラシア大空災)，其后世界各地皆频繁发生此一现象。而在那之后的六个月──南关东大空灾之后就像平息似的，不再发生空间震。但是在5年前，在士道他们所居住的天宫地区又开使发生此一灾害。在爆炸“余震”到来以前，会发生名为“空间的地震”此一征兆现象，就如把石头丢入水中会有涟漪，涟漪就是空间震。

一般人并不清楚造成此一现象的原因，知晓此现象的仅有以对付精灵为目的的AST、SSS及DEM公司与以保护精灵为目的的〈拉塔托斯克〉Ratatosk。另外也有精灵现界但却没有发生空间震的情况，造成此一现象的依然成谜。

再者，也存在着依据精灵自身的意识所引发的空间震，当引发的空间震的规模与另一空间震相同时则可以被相抵销。

现界、消失(現界、消失(ロスト))

当平常在另一个相邻的世界休眠的精灵出现在人类世界的情况被称之为“现界”，而当精灵从人类世界返回相邻的世界实则谓之“消失”〈LOST〉。在邻界休眠的精灵由于不知名的原因被人类世界“拉扯过来”伴随着“现界”的现象引发而产生空间震，经过一定的时间后再“消失”返回邻界。发生这样的现象不仅无关精灵本身的意志，而且精灵也不知道产生的原因。而“现界”的情况又依据空间震的产生有无而划分定义为2种，其前者(有产生空间震)的情况被称之为“通常现界”，而后者则称为“静穆现界”，但同样无法得知产生现界差异的原因。

通常现界后的精灵，必定会遭遇AST的袭击。也不知是否有与此有关，在与AST有交战的状况下，与本人意志无关的“消失”现象会发生在较短的时间内，当“消失”现象产生，AST的该次精灵讨伐作战行动旋即告终。但是，也有不被AST观测到的静穆现界的精灵，一如作品中所述，能长时间内停留在人类世界。十香第一次的静穆现界发生时遭到AST的攻击，再加上被激怒之故(其深信士道已遭杀害)，而将AST逼至全员歼灭绝境，该事件最终并没有“消失”的现象。

被士道封印力量的精灵无法从人类世界“消失”返回。

故事讲述主角桃园奈奈生沉迷赌博的父亲突然人间蒸发，主角被讨债的人上门赶出家。走投无路的桃园奈奈生，在那时拯救了被狗追赶的软弱男子。男子得知奈奈生的境况后，突然说出“把我的家转让给你吧”的话。虽然奈奈生感到难以置信，但还是半信半疑地跟着去。但目的地竟是一间荒废了的神社。那个软弱的男子身份更是一名离家出走的土地神--御影。作为神社转让的代价，奈奈生接受御影提出的条件，为后者担任代理土地神的职责，管理御影的辖区兼聆听实现信众的愿望。随着奈奈生成为新任代理土地神，面对各种妖怪和神祇引起的诸类事件，她的心智历练随之成长，还和担任神使的狐神使巴卫结下不解之缘。生活亦从此产生巨幅的变化……。

平凡的中学二年级少年影山茂夫，因其微弱的存在感而遭人戏称为“路人”，但不起眼的他其实是强大的天生超能力者。历经每一次的成长，路人开始认为自己的超能力是危险的存在，为了不让超能力失控，路人一直在无意识的情形下压抑著自己的情感。虽然只想平凡的度过每一天，但各种麻烦却接二连三找上他，随着被压抑的情感在内心一点点膨胀，路人体内积累的力量也蠢蠢欲动。

在其心灵导师灵幻新隆的辅导下尝试与自己的力量共存，然而环绕着其超能力，他逐渐认识其他的超能力者、恶灵、各种组织，而周围的人和势力也因为他空前的力量不断地卷入受伤害又得到救赎，在力量和感情的冲突中，他逐渐学会如何和自己的超能力相处，并必须开始在闭锁情绪和能力的选择外，思量如何在危险的世界当中，善用自己的力量与人们共存。

平凡的高中生芦屋花绘，妖怪附身后，在保健室里遇见了两坪大的茶室“妖怪庵”之主——安倍晴斋，并且经由驱妖的契机，成为了奉公人的芦屋，开始了协助驱妖并且偿还债务的生活。

随着爷爷的尸体被盗，神秘少女冯宝宝的造访，少年张楚岚的平静校园生活被打破。急于解开爷爷和自身秘密的张楚岚和没有任何记忆“不死少女”冯宝宝开启了“异人”之旅……

哪都通快递公司

明面上是快递公司，实际上是国家为了约束异人圈里的组织，所属员工皆为异人。组织在全国七大区都各有分布，最高领导层次结构为6名董事组成的董事会，再往下为大区负责人。公司宗旨为：维护异人界的平衡和稳定，确保普通人不会大规模察觉异人的存在。因此一旦出现打破普通人与异人和谐的事端，无论正邪都要彻底铲除。设有临时工职位，负责处理公司不便露面的任务，其人多为有求于公司的高手，每大区只有一个临时工名额，由大区负责人直接管辖。

《JoJo的奇妙冒险》描述英国贵族乔斯达家族与邪恶的吸血鬼迪奥·布兰度(DIO)及其后继者之间长达一世纪以上的壮大对决。目前连载至第八部，每一部的主角、主题和故事舞台都不同。每一部的主角都是以“乔乔”(JoJo)作为昵称，而第五部主角虽有日本人血统，但身在意大利，现代标准意大利语中并没有“J”，因此采用“GioGio”。

第一部《幻影血脉》

收录于单行本第1卷至第5卷。舞台是1888年的英国。乔纳森·乔斯达是以绅士为目标的青年贵族。下层阶级出身的迪奥·布兰度(DIO)企图夺取其家产，他谋害乔纳森的父亲，并戴上具有特殊力量的石鬼面，变成吸血鬼。乔纳森为了打倒他，向神秘的绅士齐贝林学习波纹气功。乔纳森最终击败迪奥，与迪奥一起沉入大西洋。

第二部《战斗潮流》

收录于单行本第5卷至第12卷。舞台是1938年的美国。乔纳森的孙子乔瑟夫·乔斯达，天生具有波纹能力。1938年，他卷入了与古代超级生物“柱之男”的战斗，结识了齐贝林的孙子西撒，并接受波纹高手莉莎莉莎的训练。在击倒了柱之男后，乔瑟夫得知了自己的身世并结婚成家。

第三部《星尘远征军》

又称“星尘斗士”， 收录于单行本第13卷至第28卷。舞台是1987年。乔纳森与DIO死斗后一百年，DIO从大西洋中苏醒。同时，乔瑟夫的外孙空条承太郎发现自己有幽波纹(替身)能力，DIO的复活令承太郎的母亲陷入病危，为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与他的伙伴们展开为期五十天的旅程，从日本出发，前往埃及并打倒DIO。

第四部《不灭钻石》

收录于单行本第29卷至第47卷。舞台是1999年的日本夏天。乔瑟夫的私生子东方仗助居住在日本小镇“杜王町”，这里有许多看似平凡的居民，但他们其实拥有替身能力，仗助接连地与这些不可思议的人相遇，其中包括了一名潜藏在小镇里的连续杀人狂——吉良吉影。为了守护杜王町，仗助展开和吉良吉影的战斗，最终杜王町重归和平。

第五部《黄金之风》

收录于单行本第47卷至第63卷。舞台是2001年的意大利。围绕在DIO的儿子——乔鲁诺·乔巴拿的故事。乔鲁诺·乔巴拿因误杀一个流氓，而遭到黑手党的追查，他却企图加入这个流氓组织，成为一位“流氓巨星”(Gang Star)。他加入了黑手党后，与伙伴们一边执行任务，一边企图找出黑手党的幕后老大——迪亚波罗并打败他，乔鲁诺在最后成为黑手党新任首领，并扫荡意大利的毒品交易。

第六部《石之海》

收录于单行本第64卷至第80卷。舞台是2011年的美国，空条承太郎的女儿——空条徐伦与男友车祸肇事逃逸，但只有她被捕入狱，承太郎在营救徐伦逃狱时，遭到敌人的攻击，徐伦为了拯救父亲，用替身能力与她的敌人不断地战斗，同时渐渐发现到自己的入狱是遭到DIO的好友——普奇神父的精心设计。故事最后，普奇神父运用他的替身能力加速世界改变了整个宇宙，让乔斯达家与DIO的斗争告一段落。

第七部《飙马野郎》

收录于单行本第81卷至第104卷。舞台是1890年美国，横跨北美大陆的超长程赛马“STEEL·BALL·RUN”即将展开，为了夺得冠军，操作铁球的神秘骑手杰洛·齐贝林参加了比赛，而曾是天才骑手、却因为事故而瘫痪的乔尼·乔斯达，为了从杰洛身上得到能使他瘫痪的下半身行动的秘密，一起参加了比赛。在过程中，他们渐渐发现隐藏于这场比赛真正的意图——美国总统法尼·瓦伦泰打算利用此赛事来收集圣人遗体并使美国强大，而乔尼为了回归下半身健全的生活，开始和各路参赛选手争夺圣人遗体。

第八部《JoJolion》(连载中)

目前已收录于单行本第105卷至第126卷。舞台是2011年，住在日本杜王町的平凡少女广濑康穗在一处泥巴坑中发现一名拥有替身能力的失去记忆的男子，事后该男子被东方家收养并命名为“东方定助”，为了找回失去的记忆，东方定助开始了他的旅程。

独自居住在东京旧市镇的17岁少年·桐山零。被周遭歌颂为天才将棋棋士的零，他幼时因意外事故失去了家人。所以生活上、还是棋盘上都背负着深沉的孤独。在这样的他面前却出现了明里、日向、桃三姊妹。与她们的相处后，在零的内心产生出温暖的心情……各种各样的人究竟会擦出怎么样温馨的故事呢!?

十七岁的桐山零(河西健吾 配音)是一名将棋棋士，悲惨的童年遭遇让他自幼便失去了家人，这么多年来一直背负着沉重的记忆独自生活，长此以往，零已经习惯了压抑自己的感情，在心房周围筑起了无法撼动的高墙。

某日，零邂逅了川本家的三姐妹——温柔体贴，擅长照顾他人的大姐川本明里(茅野爱衣 配音)、个性开朗乐观，非常不擅长料理家事的二姐川本日向(花泽香菜 配音)和还在上托儿所稚气未脱的小妹川本桃(久野美咲 配音)。三姐妹的出现让零再度感受到了家的温暖，找回了久违的快乐。与此同时，二海堂晴信(冈本信彦 配音)、三角龙雪(杉田智和 配音)和松本一砂(本村昂 配音)等强劲对手的出现，亦令零燃起了对将棋的热爱于斗志。

公元2191年，地球人类于史上首次与地球外智慧生命体接触，两者之间并引发战端。对方名为“卡米拉斯”。在拥有压倒性军事力量的卡米拉斯攻击下，地球防卫舰队即将溃灭，且由于卡米拉斯冥王星基地发射的游星炸弹对地球不断轰炸，将人类逼进地下都市，大地一片枯竭，大气遭到污染，地下都市中则因能源不足、饥饿、暴动等状况将人类逼入绝境。并且覆盖地表的污染亦往地下都市侵蚀。

2198年，地球接收了来自异星人行星的“次元波动引擎”技术供应，并开启了星际航行用宇宙战舰“大和”号的建造计划。

2199年1月，经科学家估计后得出，人类距离灭绝只剩下一年的时间。冲田十三提督所率的联合国宇宙军第一舰队，在冥王星宙域开始了“メ号作战”。这场战斗中，有一艘暗号代码为“天照”(アマテラス)的宇宙船飞入太阳系。于火星等待“天照”的古代进与岛大介，将坠落宇宙船中的座舱回收，并由撤退的宇宙战舰 雾岛号 收容回到地球。

回到地球，于“天照”计划中回收的“波动核心”被装进“大和”号，成为主要能源核心。古代等人均以遴选乘员身份受到召集。虽然他们估计受到召集是因为要启动宇宙移民计划“出云计划”(イズモ計画)，但实际上发动的，却是以前往异星人行星接收污染净化系统为目的的“大和计划”(ヤマト計画)。

于地球拔锚的大和号，成功于太阳系内突破光速。带着人类最后的一线希望，踏上了这场以一年为限的33万6千光年旅程，前往大麦哲伦银河星球。

高町奈叶(田村由香里 配音)是一位平凡的高中三年级学生，某日，在上学的路上，她同来自异世界米德其路达的尤诺(水桥香织 配音)相遇了。尤诺告诉奈叶，她正在寻找遗落人间的太古遗产“圣石之种”，这种珍贵的宝物蕴藏着巨大的能量，如果弃之不顾有可能在人间界造成巨大的破坏，接二连三的波折之后，奈叶成为了帮助尤诺回收种子的魔法少女，开始了一段充满了危险和刺激的奇幻旅程。

某日，一位名叫菲特(水树奈奈 配音)的金发少女出现在了奈叶的面前，她和奈叶一样同为回收种子的魔法少女，也就是说，她们的关系是竞争者。奈叶能够打败这样一位强劲的对手吗?对于菲特来说，温柔而又努力的奈叶又是一种怎样的存在呢?

主角转入了以帅哥闻名的蔷薇门学园，在那里与七年不见的青梅竹马相遇，同时、又邂逅了诸多各具特色的帅哥。

本作特色在于大多数的主要角色都有着狭长尖锐的下巴，并且有许多以尖锐下巴为主题而发展的剧情，例如作品中有“美剑学长以尖锐的下巴刺进足球社员A的胸口致其流血，主角为了阻止变成‘下巴杀人魔’的美剑学长而奔走”的异想天开情节。