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小熊是在山梨县北杜市上学的女高中生。她觉得自己什么都没有，没父母，没嗜好，没朋友。她平常上下学是踏单车的。有一天，她在留意摩托化自行车时，没多想就在单车店以超低价买了一辆本田小狼50摩托车。
高中一年级的冬天，丸末晴在桥上偶遇班上的美少女作家可知白草，自此就喜欢上她。白草平常贯彻冰山美人的形象，对旁人态度十分冷淡，只对末晴相当友善。当末晴鼓起勇气准备表白之际，却意外得知白草已经有男朋友，备受打击。之前曾向末晴表白但遭拒绝的青梅竹马志田黑羽在此时从旁教唆：“与其这么痛苦，不如报复吧?来给她一场最棒的复仇吧!”末晴恼羞成怒，同意了黑羽的说法。目标是可知白草、以“恋爱报复恋爱”的“初恋复仇”自此展开，并将全校卷进一场大骚乱之中。
时间为明治64年。舞台为由德川庆喜持续掌权的另一个日本。
得益于对于独特的能源“龙脉”的完美掌控，这个国家实现了江户时代与科学发展的良好结合。
然而，在华丽的都市背后，反体制派组织クチナワ蠢蠢欲动，点燃革命的火焰，企图推翻政权。
为了能够消灭他们，德川政府设立了暗组织“鵺”。
而小时候家里人被杀害的雪村咲羽则成为了“鵺”的处刑人，同时，她也在寻找着她的仇敌——蛇埜目。
作品分为：
爱与悲伤交织的山河篇(爱と悲しみの山河编)
雪仍无法停止篇(雪未だやりやまず编)
维新回天篇(维新回天编)
“鵺”（组织“鵺”的名称由来）
“鵺”(日语：ぬえ)是在《平家物语》中出现的妖怪，是“和鵺叫声相似”所以被称为鵺的不明存在。
在本作中，由于国家表面上并不存在反派体制，所以“鵺”也是非正式的组织。
有着潜藏在无尽黑暗中的不明存在的妖怪的意味。
积极开朗又有些“脱线”的高中女生本田透由于相依为命的妈妈意外车祸离世，被好心的爷爷收养。但是由于姑姑也要到爷爷家住，爷爷家的房子要改建，小透只好以到朋友家住的名义暂时在森林里搭起了帐篷住了下来，就是在这片草摩家的森林里，小透重新结识了班里的英俊“王子”草摩由希，也接触到了草摩家的秘密。
由于被诅咒的命运，草摩家的人过着痛苦的生活，每个人都有伤心的往事，积极又乐观的小透的出现给草摩家带来了笑容和希望。
【终极间谍的天才斗智之战】：在结城中校的力排众议下，日本陆军成立了间谍培训学校“D机关”。在这里，所有成员都被灌输了彻底否定军人信条的三大戒律：“不准死”、“不准杀人”、“不准被抓”。这样的组织自然成为他人的眼中钉，时时腹背受敌；然而“魔王”－结城中校以他犹如魔术师般的高超手腕交出间谍大战的丰厚战果，就连隐身在陆军内部的敌人也被他逐一消灭……从东京、横滨到伦敦、上海，紧张刺激的间谍殊死战，就此展开！
D机关（D機関）
传说中的间谍──“魔王”结城中校在日本陆军设立间谍养成学校兼谍报机关。“D机关”的存在只有极少数陆军高层才知道他们。于昭和12年（1937年）设立。
除结城中校外，无人知道D机关成员的真实身份，连成员自己也都以假名和假经历彼此往来，可说是一群带着假面具过日子的人。成员来自各方，学习各国语言，接受炸药、无线电、开锁、台球、变装等技术训练，甚至包括追求女性的方法，是一群为了国家，带着假面具过日子的人。
陆军内部似乎依旧对设立谍报员培训所一事极为反弹，因而删减原本的预算。这栋建筑是接收昔日陆军使用的老旧鸽舍，加以临时改建而成。后来陆续有人加入或退出，最后留下十二名学生（动画版为八名）。
平凡的高中生相川步，在莫名其妙的因缘下被卷入震惊社会的连环杀人案身亡，但他竟然死而复生了。原来在事件发生之前与步偶然邂逅的死灵法师优，将他变成了僵尸而复活，再加上来自魔法世界的少女战士春奈，与另一个吸血忍者少女瑟拉，最后居然演变成步跟她们全住在一起的局面。
被称为天才调查员的奇斯·弗列克回到王立警察特殊犯罪搜查科，展开追查连环杀手“杀手B”。这个杀手在犯案现场内必会刻上“B”字，虽引起注意但没有人知道其意思。好像是杀手留给谁的信息，想告诉某人“我在这里”。奇斯及连环杀手(黑羽)的命运，被一个阴谋所算计著......
绰号「B」的连环杀手现身后，天才警探奇斯·弗列克再度加入皇家警察的行列。年纪轻轻且神秘莫测的黑羽或许是盟友，或许是下手的目标。
故事发生在2072年，人类发现被称为“W”的第四次元，并从其中成功取出无穷无尽的能源，同时也发明一种小型化、能以个人方式携带的次元能量接收装置“线圈”的“世界系统”，一举解决能源危机，世界开始进入梦幻的未来时代。
可是，在这份美丽的愿景之后，是肮脏污秽的严酷事实。无穷无尽的能源造成严重的社会贫富差距，透过非法管道制造的“非法线圈”产生许多犯罪，警察已无力介入非法线圈造成的犯罪。
真渊·京马是一个专门从罪犯手中回收非法线圈的“回收业者”，某一天，他在执行一项委托行动的时候邂逅神秘的美少女蜜拉，随后不仅发现蜜拉是一个人造人，而且两人也开始一起追寻第四次元“W”背后的巨大秘辛。
作品舞台是一个挂着“注意牛只穿越”的看板，公车不等上5个小时不会来的乡下。主角一条萤因父亲工作调职的关系从东京迁居此地，进入“旭丘分校”就读，故事即描写萤与越谷姐妹及宫内姐妹度过的日常生活。
三门市，人口28万人。某一天，通往异世界的门在这里打开了。从异世界而来的侵略者“近界民”，任意蹂躏门附近的地区，让整座都市陷入恐惧之中。就在每个人都认为都市毁灭只是早晚的问题时，突然出现一个神秘的团体击退了近界民。被称为境界防卫组织“BORDER”的他们，在这边的世界建立了巨大的基地，以对抗陆续来袭的近界民。
四年后，近界民空闲游真从异世界来到日本寻找父亲(空闲有吾)的熟人，并认识了三云修。修为了了解近界民的真相，决定指引及监视游真，两人的故事随着“BORDER”与“近界民”的战斗展开。
邂逅篇(漫画第1～13话;动画第一期1～7话)
对周围隐瞒自己是BORDER C级队员的中学男生三云修，班上转学来了迷之少年空闲游真。经过一系列奇遇，修和游真互相坦白了修是BORDER队员、游真是近界民以及来这边世界寻找父亲友人的事实。修被游真各种折腾，为了防止不习惯这个世界的游真做出太过脱线的事，决定监视他而一同行动。这期间，与实力派精英迅悠一和被近界民盯上的少女雨取千佳相遇。
黑触发争夺战篇(漫画第14～32话;动画第一期8～16话)
某天，游真是近界民的事被BORDER得知了，游真以一敌四与三轮队战斗后大胜，后来在迅介入调解的情况下结束了战斗。但是，BORDER本部司令城户策划消灭游真回收他的黑触发。对此迅让游真加入BORDER玉狛支部来保护他。游真最初拒绝了入队，最后为了帮助想入队寻找和救助被掳去近界民世界的哥哥和友人的千佳，决定与修一起入队。
为了夺取游真的黑触发，本部向玉狛支部派去了城户派的远征部队(太刀川队、冬岛队、风间队)以及三轮队，要他们四队联手拿下游真，但是迅和忍田派联手，与A级5位的岚山队共同作战，迅使用黑触发的力量成功打退了对方。之后，迅以自己的黑触发风刃换来了游真的BORDER入队许可。
BORDER入队篇(漫画第33～43话 ;动画第一期17～21话)
游真和千佳终于如愿以偿的进入BORDER。当天进行的训练中两人展现出了超于常人的才能。另一边，修也和A级队员风间进行了模拟战。
大规模侵略战篇(漫画第44～85话 ;动画第一期22～37话)
某天，三门市再次开启了无数的门，近界的其中一个国家，军事大国阿夫特克拉托尔来侵略。开始了和新型三离子兵拉比特以及包含黑触发使用者在内的多名人形近界民的大规模战役。
逃亡者篇(动画第一期49～64话)
动画原创故事，讲述未知的乱星国家强行袭击。
B级RANK战上篇(漫画第86～116话 ;动画第一期38～48话、第一期65～73话)
游真和修将在侵略战获得的点数全部给予千佳让她得以升到B级，而游真则靠着个人RANK战赚取点数，也同样升到B级。
之后三人正式结成B级部队“玉狛第二”，开始以入选远征部队为目的参加B级RANK战。
远征舰防卫战篇(漫画第117～136话 ;动画第二期1～4)
为了抵抗神之国的附属国-伽罗普拉要阻止玄界的远征计划，而开始了和三离子兵爱朵拉、三离子犬多葛以及伽罗普拉多名人形近界民的远征舰防卫战役。
B级RANK战下篇(漫画第137～199话 ;动画第二期5～)
高层同意让休斯加入到Border组织，其条件是要先让雨取独自加入远征队，因此三云他们为了可以加入远征部队而朝着B级前两名队伍可入选远征部队为目的迈进。
远征选拔篇(漫画第200话～)
与现实世界相邻、充满各种谜团的里世界，有着各种以真实怪谈之姿流传下来的危险存在出没，诸如“扭来扭去”、“八尺大人”等等。对生活感到倦怠的女大学生纸越空鱼，于里世界目睹“那个”而差点丧命时，与仁科鸟子结下不解之缘，她的人生从此彻底改变。为了研究与赚钱，以及搜救珍视之人，鸟子和空鱼一脚踏进这个不平凡的世界。
里世界(裏世界)
另一个领域，无法用常识判断的空间。
有超越常识的陷阱。
遍布怪物，物理攻击无效，只能冒着被同化的风险“理解”对方后物理攻击才有效。
里世界的物种已经开始渗透现实空间，并且开始影响现有的和平。
门(ゲート)
连接现实世界与里世界的通道。
形成原因成迷，也会突然消失，在现实空间穿过它就能去往里世界。
比如特定顺序出入电梯、都市怪谈中的灵异点，都有可能存在一个影响现实的“门”。
陷阱(グリッチ)
在里世界会出现的特殊点，进入该地方就会被烧成灰烬。
这种点不可见，只能人工探测，是一种天然的陷阱。
第四类接触者(第四種接触者)
科学UFO之父海尼克博士把人类与未知领域接触分为三类：第一类是目击、第二类是侵入、第三类是接触。
而第四类是小樱提出的，特指受到了肉体上的影响的观察者。
以滑板为题材，在故事中“S”是指从封锁的矿山上用滑板滑下、规则无用的危险刺激竞速比赛。非常喜欢滑板的高二学生“暦（レキ）”、与没有玩过滑板的转学生“蓝加（ランガ）”就这么被卷入了比赛之中...
「S」是在封锁的矿山中乘着滑板滑落、无视规则的危险而秘密的竞技。而在此项竞技当中展开的「BEEF（决斗）」也令无数人为之疯狂。历与来自加拿大的归国子女及转学生·兰加一起前往开办「S」的山中，从未玩过滑板的兰加被卷入了「S」当中……!?与心术不正的滑板手以及AI滑板手等拥有不为人知的另一面、个性丰富的滑板手们共同展开的热血滑板竞技战斗×无限的可能性，就此开始——!!