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在2030年，异世界通过卡片游戏“BUDDYFIGHT”与地球联系起来。异世界的怪物们在日常生活中为普遍的存在，它们会选择一个地球人作为伙伴在卡片游戏中战斗。

21世纪初，日本的首都东京被外部入侵者“姆”(Mu)用半圆形的障壁与外界隔绝，身处障壁外部的人称该障壁为“东京木星”(Tokyo Jupiter，因障壁的外观酷似木星)，身处内部的人则相信“东京以外的世界已经灭亡”。数年之后，居住在东京的主角神名绫人在赶往模拟考试的试场途中，遇上了电车意外。绫人在寻找救援的途中，遇到了一名神秘少女“美嶋玲香”，并在她的引导之下，到了一座地下神殿。此时，东京上空突然出现了会“唱歌”的神秘“物体”，并与绫人产生了“共鸣”，使他在神殿倒下了。在混乱的意识之中，绫人说了一声“RahXephon”。然后，神殿内的“巨人”觉醒了……

天才高中生夜神月发现了“死亡笔记”，只要将某人名字写在这本笔记本上，该人就会死。在用笔记本进行实验后，月与笔记本的前主人死神流愚相遇。流愚因为无聊而将笔记本带到人间，而月告诉流愚，他将透过杀死罪犯来创造没有犯罪者的“新世界”，而这项连续杀人的行为也让他得到“基拉”的外号。

基拉的杀戮引起国际刑警组织和世界最强侦探L的注意，L指使囚犯透过仅在日本关东地区播放的节目宣告自己是L，并且即将缉拿基拉，同时宣称这是全球直播节目。在月中计杀死了该囚犯后，L得以锁定基拉位在关东。之后，L派出FBI探员追查基拉，但都遭夜神月杀害。夜神月升上大学后开始与L正面接触并多次交锋。另一方面，著名偶像弥海砂从死神雷姆手中取得死亡笔记，成为“第二基拉”，海砂发现月是第一个基拉后决定协助他，但她的疏忽导致L得以找到足够的证据。在L逮捕海砂后，月展开一个复杂的计划，他为了救海砂而自愿让L拘禁自己，并在数日后放弃笔记本所有权，失去了与笔记本相关的记忆。

在拘禁期间出现了第三个基拉，由于月和海砂皆不可能在拘禁期间杀人，因此两人被释放。L和月联手追查第三基拉，发现他是四叶集团的火口。月从火口手中拿到笔记本后，取回自己身为基拉的记忆并下手杀死火口。同时月还设局让海砂处于可能被L逮捕的危险中，逼得爱上海砂的雷姆不得不杀死L来保护海砂，由于刻意杀人来延长他人寿命违反死神规定，雷姆因而身亡。在L死后，月继续他创造新世界的计划，同时扮演着第二任“L”。

四年后，基拉得到公众的支持，而两位继承L的少年也出现了：与美国政府搭上线的尼亚，以及勾结黑手党的梅罗。梅罗用一连串的犯罪手段试图接近基拉，他的计划导致夜神月之父、担任基拉搜查本部负责人的夜神总一郎死亡。而尼亚在调查之后怀疑现任的L就是基拉，他逼得夜神月不得不让海砂暂时放弃笔记本。夜神月透过电视台主播高田清美联络上自己的支持者魅上照，让他担任基拉。梅罗发现高田与夜神月有连系后便绑架高田，高田杀死梅罗，而夜神月杀死了高田。这起绑架让魅上露出破绽，进而使尼亚发现魅上与月的连系，并得出月就是基拉的结论。尼亚揭穿月是基拉的真相，但月仍企图杀死尼亚，搜查本部成员之一的松田朝月开枪，受伤的月哀求流愚杀死知道自己身份的人，但流愚认为月大势已去且无法再取悦自己，便用笔记本杀死了月。

基拉死后一年犯罪率慢慢攀升到以往的高度，世间开始有人组织怀念基拉的团体，弥海砂在得知月的死讯后选在隔年情人节自杀身亡。

史雷(木村良平 配音)虽然身为人类，却在天族的养育下长大。人类无法感知到天族的存在，可史雷却因为其拥有的强大灵力而让这两个格格不入的种族产生了交集。为了解开遗迹崩塌的谜团，为了推进历史的前进，史雷踏上了旅途，并且在误打误撞之中拔起了石缝中的圣剑，成为了净化凭魔的导师。

成熟冷静的米库里欧(逢坂良太 配音)、善良正义的少女艾利夏(茅野爱衣 配音)、开朗热情的罗洁(小松未可子 配音)、外表成熟个性却略显天真的莱拉(下屋则子 配音)、独来独往对人类缺乏信任的埃德娜(福圆美里 配音)，一路上，史雷结识了一位又一位个性迥异的同伴，会有怎样的答案在终点等待着他们呢?

故事发生在绿色都市：风祭。居住于这座以“文明与绿色共存”为理念而兴建的都市里的天王寺瑚太朗，与神户小鸟、吉野晴彦等伙伴过着平凡的每一天。在那么和平的风祭市里，每年都有一段时间特别热闹，那就是举城欢庆的收获祭。为了这个类似于文化祭的大型活动，瑚太朗开始干起收集新闻素材的工作。

同一时间，瑚太朗的身边也开始出现种种无法解释的奇怪事件，而在风祭这个地方，正盛行着各种未知生物以及超自然现象之类的流言。瑚太朗开始着手调查这些事件，并向超自然研究会会长千里朱音寻求帮助，还把自己所认识的同学们也一并卷了进来。这其实是瑚太朗的小小冒险心在作怪。“要是能跟伙伴们一起打打闹闹地生活下去，那该多好啊。”瑚太朗这时还没有意识到，自己的行动已经和探寻那谁也不知道的“真实”联系在了一起。那个女孩的命运，能够被改写吗。故事依照顺序总共分成三个部分：超自然研究社成员篇、月球(Moon)篇、地球(Terra)篇。

超自然研究社成员篇(游戏对应路线：小鸟、千早、朱音、静流、露西娅路线;动画对应集数：第一期1-13集)

天王寺瑚太朗和小鸟、千早、朱音、静流、露西娅组成超自然研究社，结识了千早的名义兄长(管家)咲夜，开始着手调查风祭市的超自然事件。过程中瑚太朗开始和超自然研究社成员建立深厚的情谊，遇见了神秘的少女——篝，同时也发掘出自己的超能力。但随着站在顺从星球意识和主导净化地球立场的“盖亚”组织与主张站在人类方奋斗的超能力者组织“守护者”的冲突浮出台面，超自然研究社成员亦因各自理念不同和卧底身份曝光而开始疏远彼此。游戏中视乎玩家决定和超自然研究社成员发展不同结局。

月球(Moon)篇(游戏对应路线：月球线;动画对应集数：第二期14-16集)

天王寺瑚太朗趁夜于荒废的风祭市游荡期间，在雏菊之丘遇见了独自进行研究的篝，经过几度挫折后终如愿与篝顺利交流。篝向瑚太朗透露自己身为星球意识的化身，同时道出地球的资源和能量已被消耗至所剩无几，现时瑚太朗所处的世界其实转移和运用地球残存的万能之力建立的月球世界。她在数度利用箱廷理论推演能够延续世界的可能性的过程中，因为遇及瓶颈导致进度停滞不前，此时瑚太朗在篝的推演版图留下“希望有一天还能和你相见”的留言和签名，帮助篝创造延续世界的全新可能性，同时也查觉自己存在着先前于各种可能性世界和超自然研究社成员互动的记忆，以及数年的记忆空白。

同一时间，“盖亚”组织的幕后领导者加岛樱遣送众多魔物阻挠瑚太朗和篝的计划，瑚太朗集结先前在各种可能性世界邂逅的超自然研究社成员及咲夜前来援助，瑚太朗的同学们也随之应战，“盖亚”和“守护者”阵营亦展开对决;但后来超自然研究社、瑚太朗的同学们、部分“盖亚”和“守护者”的成员陆续不敌阵亡，连召唤各世界可能的自己和变身成魔物姿态迎战的咲夜也为此牺牲，最终月球篝为了实践延续世界的可能，将月球上所有的能量连同瑚太朗传送至已荒芜的地球。

地球(Terra)篇(游戏对应路线：地球线;动画对应集数：第二期17-24集)

最后的章篇中，揭晓了天王寺瑚太朗的过去：瑚太朗在少时和隶属“盖亚”组织的双亲不睦，为了宣泄自我而经常在树林间猎杀小型魔物，直至某次“盖亚”和“守护者”的阵营冲突中，瑚太朗被风祭区“守护者”阵营领导者江坂宗源所救，受其发掘加入“守护者”组织锻炼。瑚太朗在此世界执行任务期间邂逅和选择放过地球的篝，自愿参与“守护者”战区任务期间察觉“守护者”阵营和自己理念相悖，遂救出被“盖亚”培训为魔物使的孩童和抢先接触尚未加入“守护者”的超能力者，创办兼容魔物使和超能力者的第三势力阵营。为了帮助地球篝创造延续星球可能性的“星球的美好回忆”，瑚太朗开始担任渗透“盖亚”和“守护者”双方阵营的间谍，背叛“守护者”阵营和亲友;然而加岛樱仍主导“盖亚”阵营让篝启动毁灭地球的“救济”行动。最后瑚太朗委托“守护者”同僚今宫新和西九条灯花救出幸存者，为阻止“救济”和地球篝汇合与亲自手刃后者，随后自己受过度运用超能力的副作用影响魔物化而变成一株大树。

“救济”落幕三年后，当年的幸存者展开全新的生活;瑚太朗发现的魔物及超能力的运用技术和事迹也一并公诸于世;被灯花抚养成长的小鸟、千早、朱音、静流、露西娅为实验己身技术，从瑚太朗化身的大树召唤出魔物化的后者。瑚太朗偕同五人缔结契约，带领一行人飞向和登陆月球，故事以六人和种苗型态(动画版为人形状态)的月球篝再会作结。

在大约30年前，地球被一种突如其来的生物攻击，而这种生物被分类为第一种灾害指定异来生物，通称“Unknown”。

由于“Unknown”拥有压倒性的力量，人类惨被蹂躏，世界亦惨遭破坏。此时，人类出动全部力量抵抗，几经辛苦下才获得胜利。虽然战争结束，但人类仍不时遭受“Unknown”的零星攻击。

为了对抗这种永无止境的威胁，东京、神奈川及千叶这三个都市便组织起来，成立“南关东防卫机构”。居于这三个都市的少年少女拥有一种名为〈世界〉的特殊能力，具有与“Unknown”对战的能力。他们不仅要背负世界的命运，还要在一个名为排行榜的制度中为了贡献度与他人竞争，经常守着人类领域的最前线。

重考两年才考上大学，研究所毕业的男主角海崎新太(27岁)，由于和上司起冲突，第一份工作只做三个月就离职，也因此找工作处处碰壁，成为一个尼特族。

在某一个夜晚返家的路上，遇上了自称重生研究所职员的夜明了(27岁)，夜明了邀请海崎新太作为受试者，参加为期一年的重生实验研究计划：海崎新太和夜明了皆服用一颗药丸，服后会变回17岁的外表，但心智、记忆、体能等皆保持27岁，然后两人一起入读同一所指定高中的三年级同一班别，让受试者(海崎新太)重新体验17岁的高中三年级生活，借由这个“重新开始”的机会，重新学习、改变自身。同时支援者(夜明了)成为同班同学，以作观察及支援，并把受试者的变化、表现及行为，详记于《重生实验报告书》。

受试期间，受试者的生活费用由重生研究所负责。一年过后，实验完毕，受试者会变回服用药丸前的年龄外貌，重生研究所会参考《重生实验报告书》，为受试者推荐合适工作。就这样，漫无目标的海崎新太，在生活费的诱惑下服用药丸，以17岁的外表、27岁的内在，重新返回高中就读三年级，一场充满欢笑泪水的校园青春喜剧就此展开。

没有神社供奉、缺少香火的落魄神明夜斗，因居无定所，无所事事，饱餐不定，导致手下的神器纷纷跳槽。怀抱“受万民景仰”这个伟大理想的他，只好只身在此岸与彼岸间徘徊，为五块钱的香油钱(五斗米)折腰，接受上至斩妖除魔，下至修东修西的各类委托。

有一日，可爱的女中学生日和在那儿遇到了居无定所、没有工作、自称是“神”的夜斗，并开始一同生活。

四月十日。春假在昨天结束，今天早上就是所谓的开学日。五河士道被可爱的妹妹琴里吵醒后，原本以为今天也会如同往常般度过平凡的一天;直到他遇见一名被称为“精灵”的少女，伴随着一阵突如其来的冲击波，街道就这样消失得无影无踪。在宛如陨石撞击而变成环形山的街道一隅，一名少女正站在坑洞的正中央。“你也是来杀我的吧?”摧毁世界的灾难、充满谜团的怪物、被世界否定的少女。阻止这一切的方法只有两种：歼灭或对话。身穿军服的琴里对士道说：“所以你必须与精灵约会，并且让对方迷恋上你!”新世代“Boy Meet Girls”故事，隆重登场!

精灵(精霊(せいれい))

在与这个世界相异的邻界存在着神秘的生命体。关于其产生的原因与存在的意义至今仍被谜团所包覆，并且在战斗上拥有强大的能力，而当之出现在这边的世界之际，会引起被称为空间震的大爆炸，人类便将这些引发特殊灾害的特定生命体，当成是天敌般的存在并畏惧著。

精灵的外貌性格各不相同，但共同的特点是，都具有强大的战斗能力。其战斗力来自每人独有的被称为“灵装”的力量服装，以及被称为“天使”的独有武器。小说中借用了卡巴拉(生命树)的概念，生命树的十大要素质点与精灵一一对应，精灵名字中的数字为质点编号，天使名为质点守护天使名，灵装名为质点神名。目前得知的精灵除威斯考特外皆为女性，且外表皆为年轻少女，实际年龄不明。

根据二亚所言，所有精灵原本可能皆是人类。而从澪口中证实，除十香外，其他精灵均为吸收灵魂结晶的人类。在三大“罪人”艾略特·伍德曼、艾萨克·威斯考特、艾莲·梅瑟斯的不明目的下，创造出了第一个精灵。变成精灵后，身体将不会再成长，不过被封印的精灵能够正常的成长。

空间震(空間震)

当存在于邻界的精灵现界时，会造成空间的剧烈摇晃及造成损坏的大爆炸，空间震即此一状况之统称。在爆炸中心的建筑物及地面设施都会像火山口一样被消灭殆尽，而周围也会因为爆炸的产生而蒙受损坏。最初一次空间震发生于30年前，造成了近1亿5000万人的死伤人数，被称为“欧亚大空灾”(ユーラシア大空災)，其后世界各地皆频繁发生此一现象。而在那之后的六个月──南关东大空灾之后就像平息似的，不再发生空间震。但是在5年前，在士道他们所居住的天宫地区又开使发生此一灾害。在爆炸“余震”到来以前，会发生名为“空间的地震”此一征兆现象，就如把石头丢入水中会有涟漪，涟漪就是空间震。

一般人并不清楚造成此一现象的原因，知晓此现象的仅有以对付精灵为目的的AST、SSS及DEM公司与以保护精灵为目的的〈拉塔托斯克〉Ratatosk。另外也有精灵现界但却没有发生空间震的情况，造成此一现象的依然成谜。

再者，也存在着依据精灵自身的意识所引发的空间震，当引发的空间震的规模与另一空间震相同时则可以被相抵销。

现界、消失(現界、消失(ロスト))

当平常在另一个相邻的世界休眠的精灵出现在人类世界的情况被称之为“现界”，而当精灵从人类世界返回相邻的世界实则谓之“消失”〈LOST〉。在邻界休眠的精灵由于不知名的原因被人类世界“拉扯过来”伴随着“现界”的现象引发而产生空间震，经过一定的时间后再“消失”返回邻界。发生这样的现象不仅无关精灵本身的意志，而且精灵也不知道产生的原因。而“现界”的情况又依据空间震的产生有无而划分定义为2种，其前者(有产生空间震)的情况被称之为“通常现界”，而后者则称为“静穆现界”，但同样无法得知产生现界差异的原因。

通常现界后的精灵，必定会遭遇AST的袭击。也不知是否有与此有关，在与AST有交战的状况下，与本人意志无关的“消失”现象会发生在较短的时间内，当“消失”现象产生，AST的该次精灵讨伐作战行动旋即告终。但是，也有不被AST观测到的静穆现界的精灵，一如作品中所述，能长时间内停留在人类世界。十香第一次的静穆现界发生时遭到AST的攻击，再加上被激怒之故(其深信士道已遭杀害)，而将AST逼至全员歼灭绝境，该事件最终并没有“消失”的现象。

被士道封印力量的精灵无法从人类世界“消失”返回。

原作漫画

双星相识篇(漫画第1-18话;动画第1-20话)

阴阳师候补的少年焰魔堂辘轳舍弃了过去想成为阴阳师的梦想，每天浑浑噩噩的度日。某天，辘轳与同为阴阳师的少女化野红绪一同被选为“双星之阴阳师”，赋予了两人将会结合，诞下“神子(太极)”以终结长年来和“污秽”的战斗的使命，并强制两人同居过着夫妇生活。被迫接受而对此感到不满的两人就此踏上了同心协力祓除污秽的道路之上。

双星黎明篇(漫画第19-33话)

双星两人为了前往土御门岛打倒石镜悠斗，斑鸠家的斑鸠士门和斑鸠小夜对双星进行测试，期间由于小夜咒力太强，因而被婆娑罗圣丸和冰铇发现并将其绑走，双方便展开激战，最终成功击倒圣丸和冰铇、救回小夜，但却也让红绪失去了咒力。

土御门诸岛篇/御前试合篇(漫画第34-50话)

辘轳与音海茧良终于抵达了众星云集之岛──土御门岛，上岛后面对众人对双星的质疑，拒绝加入十二家，反而自己成立了焰魔堂宗家，努力修行并寻找伙伴并参加比武大会“波达罗盈城御前试合”。大会中对上岛上实力第三的水度坂勘九郎，由于自身经历与勘九郎相似，因此协助勘九郎解除心结，最后苦战后获得胜利，并羸取了岛上众人的认同。

化野红绪篇/觉醒太阴篇(漫画第51-54话)

失去咒力红绪相当绝望之时，此时红绪的仇人神威突然出现，并提议去找婆娑罗千怒以恢复咒力。找到千怒后，千怒举行觉醒太阴的仪式，同时也告知双星诞生的历史及力量来源。期间，婆娑罗赫夜也正在寻找双星，并与神威对上。

悠斗讨伐战篇/婆娑罗对决篇(漫画第55-76话)

在御前试合落幕的同时，婆娑罗无恶与杠在祸野深处策划着阴阳师毁灭计划。在阴阳师们执行祓除污秽作战时，以加布罗为首的银镜、卧蛇、四皇子等四名婆娑罗与悠斗突然同时在各个地点现身发动攻击，并虐杀了一大群的阴阳师。同一时间，上位婆娑罗无恶带领大量污秽入侵土御门岛，引起巨大的混乱和阴阳师的伤亡。失纵已久的悠斗，也终于与焰魔堂辘轳展开决战。

动画原创

列岛霸乱篇(动画第21-31话)

全国各地发生的“龙黑点”事件令现实世界渐渐堕入地狱，为了阻止这场异变，最强阴阳师集团“十二天将”与神秘女孩小枝联手阻止敌人。阴阳师VS污秽的史诗决战重磅上演。

天地鸣动篇(动画第32-40话)

“龙黑点”事件后，被暗无封印起来的阴阳师首领有马能否化险为夷再次登场。十二天将的能力与过去各是什么。当主角等人焰魔堂辘轳和化野红绪亲眼目睹惨烈的战斗后，他们的羁绊是否会更进一步。

破星篇(动画第41-50话;动画版最终章)

激战过后耗损咒力的十二天将落入暗无的陷阱。辘轳将与宿敌悠斗展开最后的激烈交锋，面对实力强大的悠斗，被称为“双星阴阳师”的少年少女会想出什么方法成功应对，席卷现实世界与祸野的终极大战隆重揭幕，胜利的天平会倾向哪一边。

故事讲述主角桃园奈奈生沉迷赌博的父亲突然人间蒸发，主角被讨债的人上门赶出家。走投无路的桃园奈奈生，在那时拯救了被狗追赶的软弱男子。男子得知奈奈生的境况后，突然说出“把我的家转让给你吧”的话。虽然奈奈生感到难以置信，但还是半信半疑地跟着去。但目的地竟是一间荒废了的神社。那个软弱的男子身份更是一名离家出走的土地神--御影。作为神社转让的代价，奈奈生接受御影提出的条件，为后者担任代理土地神的职责，管理御影的辖区兼聆听实现信众的愿望。随着奈奈生成为新任代理土地神，面对各种妖怪和神祇引起的诸类事件，她的心智历练随之成长，还和担任神使的狐神使巴卫结下不解之缘。生活亦从此产生巨幅的变化……。

平凡的中学二年级少年影山茂夫，因其微弱的存在感而遭人戏称为“路人”，但不起眼的他其实是强大的天生超能力者。历经每一次的成长，路人开始认为自己的超能力是危险的存在，为了不让超能力失控，路人一直在无意识的情形下压抑著自己的情感。虽然只想平凡的度过每一天，但各种麻烦却接二连三找上他，随着被压抑的情感在内心一点点膨胀，路人体内积累的力量也蠢蠢欲动。

在其心灵导师灵幻新隆的辅导下尝试与自己的力量共存，然而环绕着其超能力，他逐渐认识其他的超能力者、恶灵、各种组织，而周围的人和势力也因为他空前的力量不断地卷入受伤害又得到救赎，在力量和感情的冲突中，他逐渐学会如何和自己的超能力相处，并必须开始在闭锁情绪和能力的选择外，思量如何在危险的世界当中，善用自己的力量与人们共存。