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上条当麻是学园都市的一名高中生。在这座位于东京都西部的封闭都市中，学生占到了总人口的八成，“超能力开发”被列为绝大多数学生的必修课，在Level 0到Level 5的等级排名上相互竞争。不幸地，上条当麻被评定为无能力者；但他的右手有着能将一切异能消除的不明力量，他本人称其为“幻想杀手”。似乎是连同神的祝福一同抹杀的关系，他每天都过着不幸的生活。
暑假的一天，在宿舍的阳台上，上条当麻遇见了一位挂在阳台栏杆上的修女。她自称“禁书目录Index”，脑海中装有十万三千册“魔道书”，正在从不为人所知的“魔法”世界逃亡。就这样，上条一脚踏进了魔法与科学的纷争。
本作的世界观以现实世界为蓝本，但并未说明详细历史时期，大致可以推测故事发生在虚构的近未来[d]。其历史与现实世界有共通点（如前两次世界大战、冷战等；亚雷斯塔更是现实中存在的人物），但也有显著的差异。
学园都市是科学势力的大本营，同时也是本作的主要舞台。位于日本东京西部，居住着230万人口，其中八成人口是学生，而这些学生大都是超能力开发的实验对象。学园都市具有领先世界20-30年的科技实力，掌握着多种近未来高科技兵器，并公开地培养超能力者；事实上是由统括理事会所主导的、严格封闭的国中之国。
而魔法势力则较为分散，主要由名目繁多的宗教组织和魔法结社构成，也有不属于任何组织的魔法师存在。教会势力中，十字教有三大主要教派：英国清教、罗马正教和俄罗斯正教（分别以英国圣公会、天主教和东正教为原型）；而魔法结社则包括以黄金黎明为源头的黄金系结社、依靠北欧神话理论的“捣蛋鬼”，阿兹特克系的“有翼者的归来”等。魔法势力之间常会出于各自不同的目的互相斗争，魔法师出于个人信念私自行动的现象也广泛存在。
在魔法势力与科学势力之外，尚有两不从属的一般组织与国家，如美国；作品中也出现了许多虚构的政权，除学园都市外，还有“伊莉沙里纳独立国同盟”、“巴格吉城”等。
本作中，除“现实世界”之外，尚存在更高等级的、无法以一般手段探知的其他次元的“位相”；神、魔神、天使、妖精、无法以语言名状的高等级存在[e]，也均在作品中有所提及。
故事发生在面积占据东京都的三分之一，居住着230万名人口且其中八成人口是学生的巨大都市“学园都市”。学园都市的学生均会接受超能力开发，借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。能力者以范围和威力分为无能力者Level 0至超能力者Level 5。
主角御坂美琴是学园都市中仅七位超能力者Level 5的其中一人，排行第三。她是拥有操纵电击能力的“电击使”，因其特有的绝招(将硬币以音速的3倍的初始速度发射)“超电磁炮Railgun”而得名。
本作通过美琴的视角来描绘学园都市的平常而不平凡的日常生活，也叙述学园都市秘密进行非人道性质的实验，从而使大家对于本作及本篇《魔法禁书目录》的背景(世界观中科学侧)的认识慢慢变得清楚。
第四真祖——是只存在于传说中的世界最强之吸血鬼。而这位驾驭12眷兽、散播灾难的幻之吸血鬼据说在日本出现了。为了监视并抹杀这位“第四真祖”，政府所属的狮子王机关决定派遣攻魔师“剑巫”完成任务。而不知为何，被选为监视者的竟是一位见习“剑巫”少女——姬柊雪菜。
携带着对真祖用最强灵枪的她赶赴妖魔纵横的魔族特区-人工岛“弦神市”，而和她遭遇的“第四真祖”的真实身份却是……
弦神岛(絃神島(いとがみじま))
弦神岛是一座用树脂、金属、有机物，经魔术建造而成漂浮在太平洋上的人工岛，人类与魔族并存的都市。位处太平洋正中央，漂浮于东京南方海上三百三十公里附近的人工岛。由名为Giga Float的超大型浮体构造物相连而成。
总人口约五十六万人。尽管行政划分上被称为东京都弦神市，实际上则是拥有独立政治系统的特别行政区。用以保护濒临灭绝的魔族和研究他们的肌体组织与特殊能力。
岛上的大部分居民都是研究员及其家属，以及获得都市承认的特殊能力者。当然这里面也包括作为研究对象的魔族，而作为回报，这些帮助特区运营的魔族们也会被赋予相应的市民权益，他们可以和人类一样学习、劳动、生活。登录魔族(指的是合法居住生活在弦神市的魔族)，都会在手腕上配备着方魔力感应器或是警报功能用的手环，可以借此手环来分辨人类和魔族。弦神市为学术都市。制药、精密机械、高科技素材产业等大企业，或是知名大学的研究机构，都密布于这座岛屿。此外，由于弦神市是“魔族特区”，平时并不接受企业、研究机构关系者及家人以外的人士参访。
实为“圣歼”魔术的一部分，在获得咎神遗产的守护者葛莲妲的认可后，咎神遗产(实为一座巨大的军事要塞)便会通过“圣歼”魔术的修改世界能力，从“异境”降临于现实世界，而浅葱将此遗产称为“咎神的方舟”。另外，咎神遗产的面积大约是弦神岛的120至150倍。
从小说短篇(雪菜√Before:After)中得知20年后弦神岛被取消其名，领土扩大百倍，成为“晓之帝国”中心。
“抹消地区”
弦神岛二十七号废弃区，因意外事故而沉入海底的人工岛东南地区的遗址，现在是从地图上消去的“抹消地区”。
聚集著来寻找女人的嫖客，以男人为目标的女人，沉溺在酒和非法药物中的中毒者，暴力集团和非法滞留的未登录魔族等。
在这里魔族登陆证手镯是失效的，即使魔族使用暴力也不会有人注意到。
基石之门
位于弦神岛中央的巨大复合建筑物。有十二层楼，岛内最高的建筑物，外型如倒金字塔。
内部有市政厅等国家厅舍，以及众多旅馆与商业机构，发挥着岛内重镇功能，在海面下，有多达四十层的人工岛管理设施。
直径不到两公里的建筑物身兼连接部，将弦神岛四座人工岛连结在一起。人工岛之间受海流或风浪影响而产生的扭曲或震动，都是由基石之门吸收缓冲，如果没有这部分运作，弦神岛的地区会有立刻发生碰撞的可能，或在分解后漂流于洋上，“基要之石”的名称，跟这栋重要设施相符。
石英之门
是位于旧东南区中央的巨大建筑物。建筑物的主要部分建有六层，过去弦神市的市政厅、人工岛管理公社的本社就设立在这里。外壁积极采用经魔术强化过的ADAMAS玻璃，建筑物整体上看起来是座巨大的宝石宫殿。位于宫殿中央的，是类似六角水晶的巨大时钟塔。这是一座把极东“魔族特区”弦神岛的技术告知世界的，具有历史意义的魔术建筑物。
警备森严，弦神岛的特区警备队其中一个大队就常驻于这里。
监狱结界(監獄結界)
存在于弦神岛的极机密设施，连管理公社亦不知其所在，并被市民称之为都市传说。收容凶恶魔导罪犯的设施。
其本体是那月十年前进入睡眠状态所维持的魔术，因是那月构筑出来的假想世界，被收监者无法用外力破坏，唯有协力者从外面使用空间魔法才能进入及破坏。
亚迪拉德修道院
是阿尔迪基亚的前任国王为夏音的母亲建造的修道院。五年前发生贤者的灵血的暴走，在修道院的人全部都死了。而制止了“灵血”暴走的是叶濑夏音——一位拥有着罕见灵力的小女孩和在背后守望着她的叶濑贤生。院长是妮娜·亚迪拉德。
焰光之宴(焔光の宴)
第四真祖觉醒的仪式，在尼勒普西自治区居住的普通市民有二百六十万人。据说其中约百分之十五已经由于大规模感染疑似吸血鬼化了。他们所供给的魔力，使得第四真祖觉醒，而焰光之宴的余波也使弦神岛旧东南地区的两万八千人感染疑似吸血鬼化。疑似吸血鬼化的人们并不一定会导致死亡。几天后感染症就会沉静化。
毕竟“原初的奥劳拉”的目的并不是他们的性命，只是记忆，吸血鬼真祖们之所以拥有傲人的强大力量，只因为他们是最古老的吸血鬼。不死不老的他们所蓄积的巨量固有堆积时间就是他们力量的泉源，但被造出来的第四真祖没有回忆……没有过去历史的蓄积。所以她需要通过吞噬他人的记忆来补充觉醒所必要的魔力，变成活祭品的人们会失去很多对本人而言非常重要的记忆，就算是疑似吸血鬼化了，与“原初”接触过的人类都会以期间的回忆为突破口，被直接剥夺记忆。
因此跟第四真祖有关的记忆会丧失殆尽。第四真祖被人们称为梦幻之吸血鬼的理由，也是因为其记忆榨取的能力。
‘圣歼’(“聖殲”)
世界各地遗下大量破坏及大量虐杀的痕迹。传闻由第四真祖引起并且与原初的罪人以及所有魔族的始祖彼之者的战斗。地上已经被破坏几次。他不仅知道第四真祖，自动继位后抹杀并引起圣歼这种唤醒瞬间已杀死的炸弹理论模式，第四真祖现在可能还不知道。该隐的巫女蓝羽浅葱可能被认为是一个触发者。
同族相噬
对长生不老的吸血鬼来说，“血”是魔力的来源，也是用于召唤眷兽的媒介，同时更是其存在的基底。活得长久的吸血鬼会透过吸更多的血，在血中蓄积更强大的魔力。“旧世代”的吸血鬼会拥有比年轻世代更强的力量，正是出于这层缘故。不过，年轻世代的吸血鬼要迅速获得强大力量，其实并非没有办法，只要从强悍吸血鬼的血当中，直接夺取其魔力就行了。
由吸血鬼去夺取象征其他吸血鬼存在的血。但也有说法指出，通常并不可能吞噬比自己强大的吸血鬼的血。这是因为就算吸光了对方的血，也会被对方从身体内侧占据肉体及意识。被理应吞噬的对象反过来吞噬自己，这就是“同族相噬”的危险性，同时也是年轻世代无法打倒位阶高于自己的吸血鬼之由。
堕魂Lost
魔女的最终形态，让恶魔吞噬掉自身的灵魂从而使肉体化为真正的恶魔。
公元2195年，谜一般的兵器群“木星蜥蜴”突然出现，并以压倒性的战斗力占领了火星的殖民地以及月球的背面。地球的各地均有被称为“郁金香”的母舰降落。与此同时，民间企业尼尔加重工(ネルガル重工，NERGAL)完成了实验战舰ND-001抚子号(ナデシコ，Nadesico, 纳迪斯高/力高号)的建设。
即使是对着木星蜥蜴的兵器，装备在抚子号上的兵器依然具有技术上的优势，包括扭曲力场(Distortion Field)防护罩以及重力波炮，使得抚子号成为了当时唯一能与木星蜥蜴抗衡的战舰。在人员的任命上，由于采取了“能力一流，不问性格”的选拔方针，结果使得整艘舰的工作人员都是些有点“特殊性格”的人。
火星出生的主角天河明人，在一次偶然的机会遇见了儿时玩伴御统百合香。想再次与百合香相会的明人，一直跟在她的后面，并意外地登上了准备出港的抚子号。其后明人虽然被聘请为抚子号的厨师，但却发生了一些意外，使得明人要驾驶舰载的机动兵器艾斯特巴利斯(Aestivalis)进行战斗……
本故事就讲述一班在抚子号上的成员的经历，他们一方面和木星蜥蜴作战，另一方面又要在地球政府吞并的压力下力求独立自主，而他们随着不断的战斗，渐渐揭开隐藏在背后的惊人事实真相……
在人类逐渐无法使用魔法的世界里，人们为了对付还拥有残存魔力的人类，成立了培训“异端审问官”的机关“对魔导学园”。主角草薙哮在这个以枪械为主要武器的环境里，仍旧使用刀剑战斗，而他所率领的第35试验小队，更是由一群劣等生所组成。某日，身为顶尖“魔女猎人”的超精英枪械高手-凤樱花加入了这只小队，让第35试验小队开始有了改变。
四月十日。春假在昨天结束，今天早上就是所谓的开学日。五河士道被可爱的妹妹琴里吵醒后，原本以为今天也会如同往常般度过平凡的一天;直到他遇见一名被称为“精灵”的少女，伴随着一阵突如其来的冲击波，街道就这样消失得无影无踪。在宛如陨石撞击而变成环形山的街道一隅，一名少女正站在坑洞的正中央。“你也是来杀我的吧?”摧毁世界的灾难、充满谜团的怪物、被世界否定的少女。阻止这一切的方法只有两种：歼灭或对话。身穿军服的琴里对士道说：“所以你必须与精灵约会，并且让对方迷恋上你!”新世代“Boy Meet Girls”故事，隆重登场!
精灵(精霊(せいれい))
在与这个世界相异的邻界存在着神秘的生命体。关于其产生的原因与存在的意义至今仍被谜团所包覆，并且在战斗上拥有强大的能力，而当之出现在这边的世界之际，会引起被称为空间震的大爆炸，人类便将这些引发特殊灾害的特定生命体，当成是天敌般的存在并畏惧著。
精灵的外貌性格各不相同，但共同的特点是，都具有强大的战斗能力。其战斗力来自每人独有的被称为“灵装”的力量服装，以及被称为“天使”的独有武器。小说中借用了卡巴拉(生命树)的概念，生命树的十大要素质点与精灵一一对应，精灵名字中的数字为质点编号，天使名为质点守护天使名，灵装名为质点神名。目前得知的精灵除威斯考特外皆为女性，且外表皆为年轻少女，实际年龄不明。
根据二亚所言，所有精灵原本可能皆是人类。而从澪口中证实，除十香外，其他精灵均为吸收灵魂结晶的人类。在三大“罪人”艾略特·伍德曼、艾萨克·威斯考特、艾莲·梅瑟斯的不明目的下，创造出了第一个精灵。变成精灵后，身体将不会再成长，不过被封印的精灵能够正常的成长。
空间震(空間震)
当存在于邻界的精灵现界时，会造成空间的剧烈摇晃及造成损坏的大爆炸，空间震即此一状况之统称。在爆炸中心的建筑物及地面设施都会像火山口一样被消灭殆尽，而周围也会因为爆炸的产生而蒙受损坏。最初一次空间震发生于30年前，造成了近1亿5000万人的死伤人数，被称为“欧亚大空灾”(ユーラシア大空災)，其后世界各地皆频繁发生此一现象。而在那之后的六个月──南关东大空灾之后就像平息似的，不再发生空间震。但是在5年前，在士道他们所居住的天宫地区又开使发生此一灾害。在爆炸“余震”到来以前，会发生名为“空间的地震”此一征兆现象，就如把石头丢入水中会有涟漪，涟漪就是空间震。
一般人并不清楚造成此一现象的原因，知晓此现象的仅有以对付精灵为目的的AST、SSS及DEM公司与以保护精灵为目的的〈拉塔托斯克〉Ratatosk。另外也有精灵现界但却没有发生空间震的情况，造成此一现象的依然成谜。
再者，也存在着依据精灵自身的意识所引发的空间震，当引发的空间震的规模与另一空间震相同时则可以被相抵销。
现界、消失(現界、消失(ロスト))
当平常在另一个相邻的世界休眠的精灵出现在人类世界的情况被称之为“现界”，而当精灵从人类世界返回相邻的世界实则谓之“消失”〈LOST〉。在邻界休眠的精灵由于不知名的原因被人类世界“拉扯过来”伴随着“现界”的现象引发而产生空间震，经过一定的时间后再“消失”返回邻界。发生这样的现象不仅无关精灵本身的意志，而且精灵也不知道产生的原因。而“现界”的情况又依据空间震的产生有无而划分定义为2种，其前者(有产生空间震)的情况被称之为“通常现界”，而后者则称为“静穆现界”，但同样无法得知产生现界差异的原因。
通常现界后的精灵，必定会遭遇AST的袭击。也不知是否有与此有关，在与AST有交战的状况下，与本人意志无关的“消失”现象会发生在较短的时间内，当“消失”现象产生，AST的该次精灵讨伐作战行动旋即告终。但是，也有不被AST观测到的静穆现界的精灵，一如作品中所述，能长时间内停留在人类世界。十香第一次的静穆现界发生时遭到AST的攻击，再加上被激怒之故(其深信士道已遭杀害)，而将AST逼至全员歼灭绝境，该事件最终并没有“消失”的现象。
被士道封印力量的精灵无法从人类世界“消失”返回。