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2003年，在英国威尔士梅尔帝亚纳魔法学校学习魔法并以第一名毕业的涅吉·史普林菲尔德(ネギ·スプリングフィールド)(虚岁10岁)，目标是成为像他爸爸一样的“伟大的魔法师”(Magister Magi)。毕业的修业课程是“a teacher in Japan”——被指派到日本埼玉县麻帆良学园担任实习教师。想不到，他竟然被分配到“女子中学”，到有31个人的问题班级“2年A班”(2-A)担任班导师……
2019年，日本遭到来自平行世界的军国主义“真国日本”入侵，未能进入令和时代即被征服。时至10年后的2029年，日本已沦为真国日本的附属国“幻国日本”，曾经兴盛一时的动画、漫画、偶像等亚文化也完全断绝。但秘密结社“Arahabaki”为了守护亚文化而向真国发起挑战，他们的主力兵器“Garanndoll”则是以少女战士为动力源，这些少女被称为“电池少女”。
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西历2019年，日本的改元在即。
突然出现在上空的异次元裂缝。那里有天地逆转的异世界“真国日本”。
维持着过去的军国主义——永世持续昭和时代的平行世界使用使现行兵器无效的煤气兵器“幻雾”和巨大人形兵器“伽蓝”，对我们的日本进行军事侵略。瞬间掌握政府，实现事实上的征服。
我们没有迎来“令和”的时代……
——十年后。作为真国的附属国脱胎换骨了的幻国·日本。
在严格的审查中，曾经盛极一时的漫画、动画、偶像等亚文化已经完全灭绝了。
但是，死宅仍未灭亡!
为了保护亚文化，存在着一个与真国针锋相对的集团。
这个集团是秘密结社“阿拉巴基”。主力兵器“伽蓝达尔”和成为其动力源而战斗的少女们。
人们称她们为电池少女……
“这虽然是游戏，但可不是闹着玩的(これは、ゲームであっても、遊びではない)。” 2022年，大厂牌电子机械制造商“ARGUS”发表了-“NERvGear”-能连结虚拟世界的机器。完全且普及的虚拟现实终于能够实现。
艾恩葛朗特篇(アインクラッド，Aincrad)
第1部。小说版：第1・2卷、第8卷、进击篇(プログレッシブ);动画版：第1-14话(第1期)
桐人(桐谷和人)是使用NERvGear 游玩VRMMORPG“Sword Art Online”的玩家。很幸运的参与过封闭测试、并买下正式版的和人，在2022年11月6日与正式营运就马上“完全潜行Full Dive”的9999名玩家一起，享受着正式版的SAO世界。
但感动是短暂的，四小时多后，桐人发现封测时确实存在的登出指令竟然消失。认为只是系统暂时出错的桐人以及开始陷入混乱的所有玩家一起被传送到开始地点广场，但头上传来的不是等待许久的故障公告，而是自称是SAO游戏设计者“茅场晶彦”的人淡淡开始的死亡游戏说明：不能登出是游戏的正常现象，只有打倒位于“艾恩葛朗特顶楼第100层的Final Boss”——达成完全攻略——才是离开这个世界唯一的方法。并且，在游戏内Game Over或是尝试脱下NERvGear，玩家会立刻被NERvGear发出的高频率微波破坏脑部而死亡。
因为恐惧的影响，最初的一个月内死亡人数就突破了2000多人，然而玩家们终究习惯了这个真实存在的异世界。两年后的今日(2024年10月17日)，尚有6000多名玩家存活，最前线已推进到第74层，桐人在第74层中使出了二刀流，并打倒了头目-青眼恶魔。在第75层中，桐人发现血盟骑士团的团长-希兹克利夫就是最终Boss茅场晶彦...
进击篇(プログレッシブ)
第1部前传。小说版：《SAOP》第1～卷;动画版：第2话(第1期)
死亡游戏开始后的一个月(2022年12月2日)，在艾恩葛朗特当中已经有约二千名玩家死亡。谁都无法突破第1层而封测玩家与一般玩家陷入一直互不相让的时候，由自称骑士的玩家迪亚贝尔主导终于举行首次的头目攻略战。于是桐人(黑色剑士)在那场第1次头目攻略战会议场合中与帮忙的少女亚丝娜(未来的血盟骑士团副团长)变成组成二人组。但是迪亚贝尔因为在楼层头目的战斗中身故的结果，桐人为了平息封测玩家与一般玩家的对立而不得已被迫自封“封弊者”的恶名，失去形象的攻略玩家们也因为攻略方针的不同而彻底分裂为二个派别，更进一步从内部煽动派别对立对玩家们对战滥杀(PK)，也就是拟意图逾越杀人界线“煽动PK集团”的样子现象。尽管桐人与亚丝娜在攻略集团当中身受立场微妙，又私底下对立与煽动PK集团派别之间的暗潮汹涌居中协商而奔走的同时亦自行前往挑战攻略艾恩葛朗特。
妖精之舞篇(フェアリィ・ダンス，Fairy Dance)
第2部。小说版：第3・4卷;动画版：第15-25话(第1期)
经过桐人(桐谷和人)和希兹克利夫在艾恩葛朗特75层的死斗后，包括桐人在内的6000名SAO玩家，回到了现实世界。但包括明日奈在内，尚有300名玩家仍然昏迷不醒。SAO的营运公司也被明日奈父亲的公司收购。在2025年1月19日，和人探望仍在病床的明日奈时，遭到明日奈父亲的养子须乡伸之的鄙视挑衅。之后和人从在艾基尔那得到了亚丝娜可能被囚禁在另一款VRMMORPG“Alfheim Online”的情报。桐人为了解救亚丝娜而进入了该游戏，初到这异世界时，遇见了自己的表妹莉法(桐谷直叶)...
幽灵子弹篇(ファントム・バレット，Phantom Bullet)
第3部。小说版：第5・6卷;动画版：第1-14话、第14.5话(第2期)
桐人(桐谷和人)在莉法等人的帮助下、打破须乡伸之阴谋救出亚丝娜后的2025年12月。
菊冈诚二郎以半威胁半利诱的方式请和人协助调查发生在VR射击游戏“Gun Gale Online”内的奇异事件：“自称‘死枪(Death Gun)’的玩家拥有枪击游戏内角色而杀死现实玩家的能力。”
第一次进入这陌生的世界的桐人，首先须适应的是自己身体成了长发伪娘，而在一阵手忙脚乱之中，遇有着天蓝色短发的女孩伸出援手，与桐人联手挑战“死枪”……
圣剑Excalibur篇(アーリー・アンド・レイト，Calibur)
外传。小说版：第8卷;动画版：第15-17话(第2期)
在结束“死枪事件”后，桐人(桐谷和人)回到ALO进行游戏，来自GGO的新伙伴“诗乃”也在ALO 建立了新角色——猫妖族弓箭手后加入了桐人的队伍。2025年12月28日，一行人决定前往ALO的“幽兹海姆”，目标取得最稀有道具“圣剑Excalibur”的新冒险。本篇故事的神话设定取自《诗体埃达》(Poetic Edda)的《皇家手稿 - 索列姆之歌(英语：Þrymskviða)》(Thrym's Poem)。
圣母圣咏篇(マザーズ・ロザリオ，Mother's Rosario)
外传。小说版：第7卷;动画版：第18-24话(第2期)
“死枪事件”结束的数周后(2026年1月)。在某次ALO大型改版时，导入了崭新的“原创剑技”系统。而在ALO的艾恩葛朗特24层出现一名谜样女孩，她以自己前所未见的十一连击原创剑技作为赌注与别人进行决斗。击败了甚至包含未开启二刀流的桐人(桐谷和人)在内的60名玩家，而赢得“绝剑”的称号。
对此产生兴趣的亚丝娜开始寻找这位拥有比桐人更快反应速度的玩家。在亚丝娜与她对决后，这名女孩邀请亚丝娜加入自己的队伍，并拜托亚丝娜一件让亚丝娜意想不到的事情。同时意外的牵扯出这名女孩背后一连串的故事。
序列之争 (オーディナル・スケール，Ordinal Scale)
是原作川原砾依据《刀剑神域》小说为基础的全新作品，并以电影化方式制作。
2026年4月，划时代的新型AR(增强现实 )专用可穿戴式装置“Augma”，搭配《序列之争 》(Ordinal Scale，OS)开始贩售。
剧情主轴承接动画版第二季的时间序之后
主条目：刀剑神域：序列之争
Alicization 篇(アリシゼーション，Alicization)
第4部前半部分(人界篇)。小说版：第9～14卷;动画版：第1-24话(第3期第1部)
“死枪事件”结束的半年后(2026年6月)，桐人(桐谷和人)答应菊冈诚二郎去参加新款OLG的测试。没想到在打工空档时，在现实世界中竟遇上艾恩葛朗特时的杀人公会“微笑棺木”、也是“死枪”事件的余党前来复仇。在和人负伤送医后，从病房中消失。亚丝娜为了寻找和人，找上茅场晶彦的恋人——神代凛子寻求其协助。
Alicization Under World 大战篇(アリシゼーション アンダーワールド大戦，Alicization War of Under World)
第4部后半部分(大战篇)，简称“WoU”。小说版：第15～18卷;动画版：第1-话(第3期第2・3部)
桐人与将人界人民变成可怕武器的“公理教会”以及身为人界统治者系统管理者亚多米尼.史特蕾达的艰苦战斗结束的代价是尤吉欧过世与本身失去意志。与桐人并肩作战的“整合骑士”爱丽丝带着桐人远离卢利特村过着与世无争的生活。但是知情人界与暗之国的全面战争一触即发的爱丽丝带着桐人前往战场。另一方面在现实世界当中设置Under World的“海龟”设施因为神秘袭击者们而受到占领。亚丝娜携手桐人为营救苏醒的完全人工智能爱丽丝决定登入Under World。然后开始率领袭击者们取得人类灵魂的加百列也以暗神贝库达身份登入Under World并拟以侵略人界夺取爱丽丝，虽然这样拉大对抗爱丽丝们人界军战力落差之际因为亚丝娜以创世神史提西亚之姿降临参战而扭转。但是因为海外VRMMO玩家大量投入的策略使得双方陷入混乱，爱丽丝因为加百列趁火打劫不幸地被绑架而人界军与暗之国军暂时停战遂转向营救，在那里出现的是同样化身女神的莉法与诗乃，响应结衣的愿望而前来营救的克莱因们日本的VRMMO玩家们。再次陷入战况当中是这次身为加百列部属的瓦沙克是SAO最坏的杀人魔PoH率领全新的势力，对着亚丝娜们的身心穷追不舍。
Moon cradle 篇(ムーン・クレイドル，Moon Cradle)
第4部外传。小说版：第19・20卷
桐人与亚丝娜被困Under World 200年期间初期发生的故事。
在大战终结而成为一个Under World当中人界与暗之国的人们开始往来，成为人界方代表的桐人考虑到这种和平无法长久、应该避免争端而向Under World宣传着现实世界的先进技术。在那当中不幸再次发生不应该发生的杀人事件，在这事态之际桐人开始与成为见习整合骑士的学妹骑士罗妮耶共同搜查。
Unital Ring 篇(ユナイタル・リング，Unital Ring)
第5部。小说版：第21卷、第23～卷
桐人与亚丝娜从Under World回归现实世界一个半月之后(2026年9月)，虽然在现实世界获得身躯的爱丽丝面貌就在ALO小木屋中的桐人与亚丝娜们身旁，却不幸地突然遭到强制转移到谜一般的游戏“Unital Ring”。强制转移开启了来自超过数百种虚拟世界将近数十万玩家规模人数的残酷开放世界生存游戏的序幕。
迷宫都市欧拉丽是一座拥有雄伟地下迷宫(通称“地下城”)的巨大都市。为了实现英雄故事中“在地下城邂逅迷人女主角”而进入迷宫的少年贝尔·克朗尼，却被强大怪物“弥诺陶洛斯”袭击。危急之际，上级冒险者艾丝·华伦斯坦出面拯救了贝尔，被艾丝的英勇举动感动的贝尔更因此爱慕著对方，将对方当成目标，希望能成为配得上她的男人。
男囚篇
随着私立八光学园从女校改为男女合校，五名男学生清志、葛人、真吾、让、安德鲁作为首批男学生入学，他们将与全校1016名女学生共学。
入学后不久，五名男学生策划偷窥女子澡堂，但立刻遭到里学生会逮捕，送入校内监狱后施以各种刑罚和劳动。期间主角清志与他的同学栗原千代立下观看相扑比赛之约，为了达成约定开始筹备逃狱，在葛人的帮助下、清志偷到女生制服并成功乔装越狱。岂知在赴约之后、千代意外发现清志的背包里藏有女生制服，且该制服的原主人就是千代，由于千代正巧是里学生会会长万里的妹妹，越狱计划立刻被揭发，在连坐处罚下、五人刑期被延长。但是、以将男学生退学为目标的万里并不满足，与副会长芽衣子一同设计了“DTO”(男生退学计划)。
受到DTO的影响，真吾和安德鲁被诬陷越狱，在面临三次越狱就将退学的绝境下，清志与学园理事长交涉并成功争取了一天时间。最后，五名男学生和千代、真由美、里学生会亲卫队长杏子共同合作、找出了DTO的相关档案并向理事长告发里学生会的行为，成功为自己平反并得到释放，而陷害他们的里学生会也因而入监。
女囚篇
脱狱后的男学生们重获自由，生活回归正轨并陆续邂逅心仪的对象发展感情。清志无意间发现表学生会设局陷害里学生会的实情，被表学生会陷害再度入狱。表学生会几度从中挑拨陷害，导致芽衣子精神退化至小学时期，清志和万里更被表学生会设局拍下让人误会的镜头。千代因为被凯特派人威胁逼褪内裤拍照，为防备反击打伤三名学姐短暂入狱，对万里产生误会，最终透过清志和万里安抚恢复正常，表现良好获准出狱。
男学生们意外发现仅有里学生执导校园时期才会举办“湿身T恤派对”的事实，遂答应清志帮助里学生会成功脱狱。为了威胁凯特不得公开此段影片，万里不惜和花合作，引诱凯特录下双人赤身接触的影片。为了决定八光学院的执导权，男学生们、里学生会、男学生们的友人结成合作联盟，决定在骑马战和表学生会一决胜负。
另一方面，安德鲁因为芽衣子精神受打击退回小学时期深受打击，被表学生会的丽莎囚禁驯服，成为表学生会的参战人员。
运动会篇
运动会当日，表学生会和里学生会的结盟正式开战。表学生会为打击男学生们和里学生会的结盟队伍，于骑马战里借着言语挑拨、揭露结盟队伍成员的隐私弱点、操控作为坐骑的安德鲁等手段打击对方，正当众人一筹莫展之际，芽衣子因为忆起和万里的约定，蜕变成更坚强的精神回归。
另一方面，理事长外出期间，为解救名作佩斯的小狗不慎坠崖丧失记忆，邂逅艳遇对象被其灌输是其未婚夫的错误认知，于山林遭艳遇对象的未婚夫追击。本处于对立状态的双方，因为于山林遇险合作智退巨熊，救了佩斯和饲主才化险为夷。恢复记忆的理事长遂透过艳遇对象和其未婚夫协助搭乘直升机赶回校园。未料凯特为对付里学生会的结盟，解开光子的发带导致大规模连锁效应发生，令会场烟火误击理事长搭乘的直升机。最终运动会因为理事长平安回到校园，坠毁的直升机摧毁屹立20年的惩罚栋，表里学生会的对决结果受此事影响平局落幕。
出狱篇
运动会落幕后，男生们、千代、佐藤、杏子、真由美、里学生会为了庆祝成功出狱，决定举办烤肉派对。清志透过表里学生会的资助，积极筹备烤肉派对暨计划向千代告白，却在烤肉派对当日获知万里决定出国留学。安德鲁为了追回丽莎婉拒参与烤肉派对。其余人为了追上万里、准备烤肉派对暨千代的生日惊喜，选择兵分三路行动，但是最终芽衣子和凯特未能赶上万里的班机，男生们和各自心仪的对象则因为迷途和玩乐而错过派对地点。
清志抵达烤肉派对会场时，花现身告知千代攸关她和清志发生的种种纠葛，试图让千代拒绝清志未遂，待清志终于费尽说服千代同意交往时，花亲自动手扯落清志的裤子，导致清志失禁及其和花交换内裤的秘密当场曝光，清志和千代的恋情也随之告吹。
故事最后，万里带着复杂但挟带感谢的心情登上班机离开日本;千代则变得和剧情初期的万里一样厌恶男生，成为继任里学生会会长。
由贝鲁联社在战时开发的新技术“身体机能扩张技术”。
经由这一技术使得身体的一部分或全部机械化的人们，被称作扩张者。
在这个扩张者与非扩张者的肉身人类混杂的社会中，经常不断发生冲突，而解决这些问题的“处理屋”，就是乾十三所从事的职业。
而十三自己，也是头部为巨大枪支的“扩张者”。
某天，十三被某个全身扩张者巨汉委托保护一位少年。
少年名叫荒吐铁朗。是从贝鲁联社被诱拐来的少年。
但十三接受委托后，就遭到贝鲁联社的追杀，铁朗也被夺走了。
十三也因此与支配城市的贝鲁联社发生了争端……究竟诱拐了铁朗的全身扩张者男人是什么人？
贝鲁联社与铁朗的关系又是如何？