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上条当麻是学园都市的一名高中生。在这座位于东京都西部的封闭都市中，学生占到了总人口的八成，“超能力开发”被列为绝大多数学生的必修课，在Level 0到Level 5的等级排名上相互竞争。不幸地，上条当麻被评定为无能力者；但他的右手有着能将一切异能消除的不明力量，他本人称其为“幻想杀手”。似乎是连同神的祝福一同抹杀的关系，他每天都过着不幸的生活。
暑假的一天，在宿舍的阳台上，上条当麻遇见了一位挂在阳台栏杆上的修女。她自称“禁书目录Index”，脑海中装有十万三千册“魔道书”，正在从不为人所知的“魔法”世界逃亡。就这样，上条一脚踏进了魔法与科学的纷争。
本作的世界观以现实世界为蓝本，但并未说明详细历史时期，大致可以推测故事发生在虚构的近未来[d]。其历史与现实世界有共通点（如前两次世界大战、冷战等；亚雷斯塔更是现实中存在的人物），但也有显著的差异。
学园都市是科学势力的大本营，同时也是本作的主要舞台。位于日本东京西部，居住着230万人口，其中八成人口是学生，而这些学生大都是超能力开发的实验对象。学园都市具有领先世界20-30年的科技实力，掌握着多种近未来高科技兵器，并公开地培养超能力者；事实上是由统括理事会所主导的、严格封闭的国中之国。
而魔法势力则较为分散，主要由名目繁多的宗教组织和魔法结社构成，也有不属于任何组织的魔法师存在。教会势力中，十字教有三大主要教派：英国清教、罗马正教和俄罗斯正教（分别以英国圣公会、天主教和东正教为原型）；而魔法结社则包括以黄金黎明为源头的黄金系结社、依靠北欧神话理论的“捣蛋鬼”，阿兹特克系的“有翼者的归来”等。魔法势力之间常会出于各自不同的目的互相斗争，魔法师出于个人信念私自行动的现象也广泛存在。
在魔法势力与科学势力之外，尚有两不从属的一般组织与国家，如美国；作品中也出现了许多虚构的政权，除学园都市外，还有“伊莉沙里纳独立国同盟”、“巴格吉城”等。
本作中，除“现实世界”之外，尚存在更高等级的、无法以一般手段探知的其他次元的“位相”；神、魔神、天使、妖精、无法以语言名状的高等级存在[e]，也均在作品中有所提及。
日本战国时代，争夺霸权的战国武将们被突然出现的“鬼神”杀死，在之后的150年间，反抗鬼神支配的人们组成“武士团”并为了追求自由而战。自幼崇拜武士的武藏和小次郎梦想着建立最强的武士团，但将鬼怪尊为神的人们反而认为武士是邪恶的存在。因此，武藏无法说出自己的梦想，小次郎也因身为武士之子而遭人疏远。某天，武藏目击到鬼怪屠杀人类的场景，他为了实现和小次郎共同的梦想，决定对抗拥有强大力量的鬼怪。
漫画
作者：大高忍
出版社：日本 讲谈社
连载杂志：周刊少年Magazine→别册少年Magazine
连载网站：Magazine Pocket（マガジンポケット）
连载期间：周刊少年Magazine：
2018年第28号－2021年第6号
别册少年Magazine：
2021年3月号－连载中
册数：日本 13卷（2021年8月）
话数：124（2021年12月）
电视动画
原作：大高忍
导演：柳泽哲也
剧本统筹：国泽真理子
人物设定：岸田隆宏
音乐：深泽秀行
动画制作：A.C.G.T
预定播放日：2022年1月5日
故事发生在面积占据东京都的三分之一，居住着230万名人口且其中八成人口是学生的巨大都市“学园都市”。学园都市的学生均会接受超能力开发，借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。能力者以范围和威力分为无能力者Level 0至超能力者Level 5。
主角御坂美琴是学园都市中仅七位超能力者Level 5的其中一人，排行第三。她是拥有操纵电击能力的“电击使”，因其特有的绝招(将硬币以音速的3倍的初始速度发射)“超电磁炮Railgun”而得名。
本作通过美琴的视角来描绘学园都市的平常而不平凡的日常生活，也叙述学园都市秘密进行非人道性质的实验，从而使大家对于本作及本篇《魔法禁书目录》的背景(世界观中科学侧)的认识慢慢变得清楚。
深夜的京都花街，舞妓结束表演工作后会返回屋形(舞妓的宿舍)生活。担任此处料理人的16岁少女野月季代(キヨ)在屋形为舞妓们献上温暖的料理，同时反映着舞妓的日常生活。
来自神奈川县横滨市的见习魔女“木幡真琴”是位年仅15岁的少女，为了遵循新人魔女修练的传统，她带着黑猫使魔“千户”来到位于青森县弘前市的表兄妹“圭”和“千夏”家中寄宿，展开充满惊喜的魔女日常。
木幡真琴(篠田南 配音)是一名见习魔女，同时亦是一名十五岁的高中一年级女生。魔女界有一个约定俗成的规矩，那就是在十五岁成人礼之后，魔女们便要走上社会开始独自生活，进行魔女的修行。如此，真琴孤身一人来到了青森县，居住在堂兄仓本圭(菅原慎介 配音)家中，转入了这里的高中，开始了崭新的生活。
在这里，真琴结识了许多善良的朋友们，天真可爱对魔女稍稍有些害怕的仓木千夏(铃木绘里 配音)、家中经营着酒铺的石渡直(三上枝织 配音)、误食了魔法药而在白天会变成狗面的犬养(日野麻里 配音)、和母亲与幽灵雏(金元寿子 配音)一起经营咖啡店的椎名杏子(井口裕香 配音)。在这些朋友们的陪伴下，有笑有泪的剧目拉开了序幕。
从长崎搬到镰仓的女高中生舞仓祐美，打算每天骑自行车上学，但因为不会骑车而差点撞到了就读同个高中的秋月巴，之后在巴的帮助下，祐美逐渐掌握了骑自行车的技巧。会骑自行车后开始产生兴趣的祐美，决定创立女子自行车社。