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藤田五郎(藤田五郎(ふじた ごろ)，Fujita Goro)
配音：福山润/歌剧出演：吉冈佑
在警视厅“妖怪课”(妖逻课)任职的警官，担当着监视有可以生产怪物的能力的人和妖怪的任务，虽然本人并非魂依，但手中的剑可以反映出妖怪的存在。
剑术非常了得(其真实身份为新撰组的斋藤一)。但却也因其阴沉有威严、充满压迫感的言行而被大家回避著。
最常逮捕的人是小泉八云，在游戏中于【藤田五郎・小泉八云线】常可以看到他的小泉八云两人吵吵闹闹的样子。
虽然外表看起来十分严肃，但在游戏【藤田五郎线】中可以看出他有着擅长料理和裁缝的有如家庭主妇的另一面。
住宅时常被人擅闯，最常擅闯藤田五郎家的人也是小泉八云，菱田春草也曾因为追猫而闯进藤田五郎的院子，藤田五郎曾经为此感慨“为什么大家都这么喜欢擅闯我家啊……”。
藤田五郎：“我可没有放跑你的打算，所以你也做好心理准备吧。”
泉镜花(泉鏡花(いずみ きょうか)，Izumi Kyoka)
配音：冈本信彦/歌剧出演：赤泽灯(胧月的黑猫)/北川尚弥(月虹的婚约者)
历史有名的文学剧作家。游戏本作里有着相当神经质的性格与严重洁癖，怕狗、怕打雷，说话毒舌的书生少年，常使用“白痴”(グズ)来辱骂芽衣。
非常喜欢甜食却又不坦率，因为害怕细菌，所以食物都要彻底消毒，连温酒都要热到会烫伤的程度才能放心，另外也绝对不吃生食或用手抓取过的食物。为此于【川上音二郎・泉镜花线】中，在第一次与音二郎(女装姿态)见面时，将音二郎赠送的红豆面包以火烤消毒而差点引发火灾。
被芽衣称作“弱点很多的人”。容易激动，也容易被激怒。虽然对芽衣总是不耐烦的样子，但其实是非常温柔的人。
从北陆英和学校中途退学后，因崇拜尾崎红叶，欲拜其为师而只身一人从金泽来到东京。目前暂住在老师尾崎红叶的家中。
兴趣是收集兔子的相关物品，虽然本人辩称只是因为是生肖幸运物才收集的，但明显不只是因为这样。
川上音二郎非常欣赏镜花的作品与才能，不时向镜花要求剧本供剧座演出。
泉镜花是本作中唯一与芽衣一样都具有魂依身份的男主角，在故事中教导芽衣许多关于魂依的知识。而在胧之刻时，他的肩膀上会趴着一只白色兔子，为其母亲遗物化成的玩偶付丧神。
是剧场版动画【弦月の小夜曲】与【花镜の幻想曲】的男主角。在游戏中与菱田春草两人被玩家戏称是“明治两大傲娇”、“最强书生组”。
泉镜花：“既然说了要到我的身边来，就给我快点过来，白痴。”
岩崎桃介(岩崎桃介(いわさき とすけ)，Iwasaki Tosuke)
配音：细谷佳正
PlayStation Vita移植版追加攻略角色，原型为明治时代著名企业家，福泽桃介。
发明家兼投资家，曾造访过美国。回国后，致力于电能相关研究，在庆应大学里有自己的研究室。
在【岩崎桃介线】中与芽衣初会时，毫不吝啬的给予没有明治时期金钱观的她一千圆做为车费(此金额在明治时期足以购置房产)，并毫不在意归还问题。
由于工作的缘由，除了对各种新鲜事物抱持强烈好奇心之外，谈吐中也拥有让人难以拒绝的强势，不时用言语戏弄芽衣。本人亦相当中意反应与见识都与众不同的她，时常抽空前往神乐坂的料亭指名在料亭接待的芽衣，也会强行指名带她出场游玩。
和川上音二郎是旧识，两人曾一起在福泽谕吉的塾中学习，但和中途放弃的音二郎不同，桃介是福泽谕吉最寄厚望的学生。
相当喜欢巧克力，基本上是随身携带的程度。巧克力在明治时期是相当高昂的奢侈甜品，能肆意享用这点也显示他不凡的财力。
为本作第三位具有魂依能力的角色，但不同于能与妖怪和平相处的镜花，桃介因为母亲的缘故，对妖怪有着难以言明的复杂恨意。
由于其财大气粗且强势的性格宛如职场言情小说的男主角，在同好之中被戏称“总裁”。
小泉八云(小泉八雲(こいずみ やくも)，Koizumi Yakumo)
配音：立花慎之介/歌剧出演：汐崎アイル
历史有名的文学家。东京帝国大学的英语讲师。目前居住在帝国饭店，是个在希腊出生，在爱尔兰长大的外国人，讲话中带有外国口音，非常喜欢日本文化。
两只眼睛颜色不同是因为其中一只眼睛是义眼，并非虹膜异色症。
由于儿时的特殊经历而对不可思议的事件非常有兴趣。是个举止得宜又开朗大方的人(实际上也有腹黑的一面)，知道芽衣喜欢牛肉后，也不时会请她吃。
私底下对各种日本妖怪(物の怪)很有研究，每天除了在大学授课，亦积极收集著各种怪谈与神秘的故事，同时也是个作家，游戏中亦提及其作品《无耳琴师芳一》。
似乎相当喜欢墓园的气氛，同时也很期待能在这些场所邂逅妖怪，在游戏【小泉八云线】中曾带着芽衣前往墓园“约会”。
知道芽衣的魂依身份后不时会她询问妖怪的线索，因为其怪异的言行举止与烦人的性格而时常被身为警官的藤田五郎逮捕。
对藤田五郎日本风味的宅邸情有独钟，常常擅闯他家“参观”。
小泉八云：“……小姑娘，请一直像这样在我的身边。”
川上音二郎(川上音二郎(かわかみ おとじろ)Kawakami Otojiro)
配音：鸟海浩辅/歌剧出演：游马晃祐
历史有名的剧团表演者。立志作为演员出人头地的美型青年，是川上一座的剧团团长，主要于明治座演出。
隐藏真实性别化名“音奴”(おとやこ)，以女装姿态作为艺妓在各个料理亭表演，借此赚取剧团的活动经费。
让知道自己真实性别的芽衣在外人面前称呼自己的女装姿态为“姐姐”(お姊さん)。
酒品似乎不太好，喝醉会发酒疯用胡子扎人，泉镜花因此深受其害。
温柔可靠，对他人的照料细心入微，擅长察觉状况，是个值得依赖的亲切大哥。
于【川上音二郎・泉镜花线】中，与泉镜花第二次在料理亭见面时，因醉酒失言而被镜花发现自己其实不是女人，从后两人开始有所交集。
平时爱称泉镜花为“小镜花”(镜花ちゃん)。虽然会戏弄他，也不时会与他拌嘴，但同时亦相当关心这位比自己年幼的朋友。与此同时对镜花创作的戏曲有着高度评价，并不时向镜花要求剧本供剧座演出，一直在他身后支持着他。
川上音二郎：“离开我也可以什么的，我从不记得我说过一句允许你这样的话。”
森鸥外(森鴎外(もり おうがい)，Mori Ogai)
配音：浪川大辅/歌剧出演：荒木宏文
历史有名的作家。本名森林太郎。是一个军医、同时也是作家。在官场上有着很大的名气，在社交界也相当活跃。
有留学经验，擅长英语、德语、法语，是一个超级精英，十一岁的时候就进入帝国大学医学部(今东京大学医学部)并以首席之姿毕业，同时也在菱田春草就读的东京美术学校担任讲师，是个全方位天才。
因为看到芽衣脸颊鼓起来的模样，于是将她昵称为“小松鼠”(子リスちゃん)。
虽然是个平稳高尚的好青年，但有时候也会表现出幼稚的小孩子行为。有身为军人的坚持，固定时间会做固定的事情。非常吃喜欢馒头茶泡饭(一种在白饭上放上1/4甜馒头后淋上热茶水的食物)，也热爱洗澡(行水)，宅邸中还有一个专门给他洗澡享受的华丽温室。
由于似乎经常不顾场合袒露身体四处走动，而被人认为有裸露癖，不过本人只是认为在自己家里放松一点也无所谓。
于【森鸥外・菱田春草线】中可得知第一次与菱田春草见面时曾经热情邀请他和自己一同洗澡，还大方地要借他毛巾，在春草严正拒绝后仍不死心，两人在宅邸中你跑我追起来，此行为似乎对春草造成了心灵阴影。
森鸥外：“因为你是我的婚约者。”
星白流(星白 流(ほしじろ ながれ)，声：山田奈都美)
对魔导学园学生会长，一头红色头发的娇小少女。
集合散漫、放任与自甘堕落这三种人格特质的怪人。平时总是神情松散，待在被炉里悠闲说话的样子简直就像一只猫。然而实际上却是一个善于利用别人的心机者，有着要将异端审问会占为己有的野心。
紧急情况时绝不慌乱，判断上冷静沉着，对无可挽回之事能果断舍弃。
是个无法感受到悲伤情绪的人格异常者，却有着很强烈的责任心，对学生因自己而死会感到非常自责。就某种角度而言，她与凤飒月是同一种类型的人。然而与他相比，流还算是有人情味。因为没有负面情绪，而无法与悲伤难过的人产生共鸣，但快乐与幸福等正面情绪可以，所以会为了自己而去帮助别人。
为了追捕梅菲斯特，使得除了泉堂以外的学生会成员全数阵亡，为此找上樱花合作。而在事件中泉堂身亡，让流失去所有学生会的伙伴。事件后与35试验小队结下了私底下的情报合作关系。
为对抗异端审问会反体制派现任的领导者，拉拢著对凤飒月而言有着利用价值的哮与樱花。
在发现凤飒月的本体是神后，为了阻止对方而将其引入异端同盟据点的北欧神话世界断片中，然后以雷神之锤破坏了该断片拖延住凤飒月的脚步而死。
凶煞(ホーンテッド，Haunted，声：游佐浩二)
幻想教团干部之一，S级指定危险人物。是一名喜欢尸首与制造僵尸的死灵法师(necromancer)，同时身兼召唤术师与炼金术师，据说在过去还曾是教会的神父。
外貌如同一名俊俏青年，性格则极为变态扭曲。热爱着所有人类，更爱着人类死亡前所展现的激情，因而热爱杀人。对于他而言，摧毁他人的希望而让人身陷绝望，就是他的最大的愉悦。
表面上是为了组织，实际上只为自己的扭曲美学而行动着。受幻想教团上层指派而负责进行救出重要人士的任务，不过因为个人嗜好的问题，结果把营救行动变成了恐怖攻击，造成大量无辜民众的伤亡。
魔法属性为“绝望”。魔法能力深不可测，再加上他非常的狡猾，数度让哮一行人陷入苦战。剑术高超，善于刺击，论于刺击的犀利度及精准度则在哮之上。持有刺剑型魔导遗产‘战乱魔剑’。
雾谷京夜(霧ケ谷 京夜(きりがや きょうや)，声：赤羽根健治)
哮从国中时代就认识的同班同学，第15小队的队长，也是对魔导学园的高材生。对于实力不够坚强的哮抱持轻视的态度，但也非常害怕斑鸠。
与小兔同样是属于奋力上进的类型，优秀的成绩皆是透过自身的努力获得。个性虽是蛮横霸道，但与队友间的羁绊非常坚定。
模拟战锦标赛袭击事件中队友全数遭到凶煞杀害，从此就决定向所有与魔导有关的存在报仇，因此接受飒月所提供的噬魔圣物“尼禄”，成为了魔女猎人。
与吉水明是一起长大青梅竹马，因为有她，京夜即便在极度恶劣的环境中长大，也能走上正道。虽知道不是本人，但仍是放不下吉水明的克隆人。在签下契约时，将“尼禄”的治愈能力转移给了吉水，以延长她身为克隆人而短暂的寿命。
梅菲斯特(メフィスト，Mephisto，声：大原沙耶香)
幻想教团干部之一，善于“附身”魔法，本质上跟凶煞一样属邪恶至极的魔女。在英雄召唤的事件中，原本是要跟凶煞联手解放禁忌区域，但在本质上跟凶煞合不来所以并未参与，其躯体被保管在禁忌区域中，一直透过附身魔法来吞噬他人灵魂借此强占他人的躯体，强占躯体就等于能够拥有该躯体本人的记忆、知识、习惯及经验，也因如此她能够完美的演绎那个人，使他人无法察觉有任何异状。
角色名字典自浮士德传说中出现的恶魔梅菲斯托费勒斯(Mephistopheles)
草薙树夕(草薙 キセキ，声：安济知佳)
哮的妹妹，闭锁在禁忌区域终极监狱的少女。
因为受到草薙家从太古时代就流传下来的鬼之诅咒影响，天生就拥有不确定古代属性“鬼”的异质力量，被草薙家称为“百鬼夜行”的鬼怪结晶，草薙家传统只要是被诅咒的女孩就必须处死，但到了树夕这一代，力量已经强大到即使遭到杀害也能不断复活，被关在需要不断修补的抗魔钢材制造的箱子里不见天日。
最后杀死除了哮以外的草薙家族。更因为力量失控屠杀数百名无辜民众，被视为SS级危险指定对象。现今被幽禁在禁忌区域中最深处的一处隔离设施，哮则不定时的抽空探望她。
在偶然下来到外界与兄长度过了美妙的一天，于“百鬼夜行”暴走后被审问会捕获，并交由Alchemist公司分析研究。
于凶煞的诱使下理解到要完成自己的愿望就只能毁灭掉除了兄长以外的一切，于是成功的控制住百鬼夜行并和哮彻底的决裂。
在兄长击退凶煞之后，在兄长队友的合作下阻止了继续身体不由自主地爆走，不过因为这样最后体力不支而昏倒在兄长怀中。
由于外表可爱，甫与其他女主角见面就受到众女的爱怜，真理甚至想要将她据为己有，但是被樱花和小兔阻碍，还被后两人吐嘈。
杉波伊砂(杉波 伊砂(すぎなみ いすか)，声：三瓶由布子)
斑鸠的姊妹，一样是Alchemist公司所制造出来的“人造天才”之一，因为卵子的捐赠者相同，所以两人长得非常相似。
与斑鸠同样是杉波中才能特别突出的天才，两人一同为Alchemist公司创下许多成果。但与开始向往外面的斑鸠不同，伊砂只要斑鸠在身旁，能继续做研究便满足了。
斑鸠叛逃后，伊砂阅读了她留下来的绘本，开始也如斑鸠一样产生人性。但Alchemist公司为避免重蹈覆辙，对伊砂处以“再教育”的处置。