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以让人陷入不幸的恶魔塔罗牌（ディアボロス·タロット，Diabolos）及与之对抗的元素精灵塔罗牌（エレメンタル·タロット，Elemental）两种塔罗牌所支配的世界为舞台，为了从恶魔塔罗牌中所寄宿的魔物手里守护世界，使用元素精灵塔罗牌进行战斗的四个少女为主人公的战斗幻想作品。描写非出自本意而被迫战斗、培养友情与牵绊的成长。
2013年2月20日开设绘有一张塔罗牌的预告网站，并于3月2日正式开设官方网站。发布正式标题与主要角色声优后，于3月30日动画内容博览会2013的活动上发表《穿透幻影的太阳@ACE2013》作品概要。
这个世界分为善和恶两个部分。恶魔塔罗牌掌控着属于恶的黑暗世界，而自然塔罗牌则身为抗衡黑暗的存在，一直制约着恶魔塔罗牌对于世界的吞噬。太阳灯里（门胁舞以 配音）是一个平凡的少女，幻想着能够成为和母亲一样的塔罗牌占卜师。一天夜里，灯里突然遭到了魔物的袭击，塔罗牌的力量将灯舞带进了一个魔幻的世界之中国，在那里，灯舞是手持长剑的剑士。
原来，这个世界上存在着拥有成为精灵塔罗牌的使用者的特殊能力的少女，而灯里就是其中一个。在灯里的力量觉醒之后，她被相关部门带往了一所专门保护和训练这样的少女的学校之中。
元素精灵塔罗牌（エレメンタル·タロット）
塔罗牌使者所持有的牌，是通过血缘关系流传到下一代。
恶魔塔罗牌（ディアボロス·タロット）
使人变成Daemonia的黑色牌，通过别人的邪念散播。
永恒塔罗牌（アイオーン·タロット）
元素精灵塔罗牌及恶魔塔罗牌的起源塔罗牌，也是母牌。
セフィロ·フィオーレ
塔罗牌使培养的机构。
レグザリオ
神秘的组织。
星界盒子/阿斯特拉库斯（アストラルクス）
阶层的世界。感情，欲望及潜在意识的交会点。
Lumen模式（ルーメンモード）、Teneburai模式（テネブライモード）
Daemonia（ダエモニア）
影魔，一种类似病毒的生命体，通过附身人利用宿主的生命之树 。会传播与感染拥有憎恨，嫉妒，绝望心理的人。利用塔罗牌的恶魔。
被称为改变命运的恶魔。
命运时之沙漏（Clessidra）
为了两个生命交配而存在的舞台，外表像沙漏，进入的人类的强大的潜在意识会被实体化，时间会被多次轮回。
对牌
与主角的塔罗牌相对，由于本身是同一起源的母牌，如果对牌被杀，会和对牌的塔罗牌使融合。
为对抗残暴罪犯，存在着警察无法应对的治安危机的世界之中，出现了一种弥补警察不足的武装侦探，在法律限制内解决个人或组织的委托，通称“武侦”。2009年，东京武侦高中是专门培育武侦的特殊学校，学生的义务是必须携带枪械与刀剑，在这所学校侦探科二年级的男主角远山金次，被自己所拥有的某种特殊体质(一种会在某种契机之下使大脑细胞高度活性化，并且附带某种奇怪的副作用)所深深困扰著，对于这一点他始终希望对其他人保密，只祈求能过平凡的校园生活…
可惜事与愿违，二年级的远山金次在某天上学途中被卷入一起“武侦杀手”的炸弹魔攻击，在身处绝境时，一位美少女从天而降，从此金次与强袭科的超精英─S级武侦神崎·H·亚里亚相遇(外表可爱、身材娇小却非常有能力，同时也是个狂暴并富有攻击性的女孩)，就这样，被迫与最强武侦亚里亚组队的金次，开始了面对凶恶罪犯的日常生活，而他冀望的平凡生活也逐渐远去…
武侦相关
武侦(武装侦探)
为了对抗凶恶化犯罪而新设的国家资格。
武侦等级由低到高为E级、D级、C级、B级、A级、S级以及R级。
S级的评定标准是可以单人对战一个特种部队中队。而R级则可以对战整个大队，甚至可以单人灭掉一个极小国的全部军队。
S级的人数极少，R级更是全世界仅有七名的强者(取Royal字的头字R，代表其实力足以单独保护国家元首或王室)。
E级之下，还有一般不会用到的F级。
超侦
泛指使用超能力进行搜查及作战的武侦。
超侦以G为等级，G后面会有带有数字，数字越大代表能力越强。
双武者
会使用双刀、双枪或是任何双手同时使用武器技巧的武侦通称。
亚鲁卡达
在武侦之间广泛流传的一种近身格斗技的通称。
在防弹技术长足进步的时代，多数的手枪弹药已经无法打穿武侦所穿着的防弹衣，而两名穿着防弹衣的武侦之间发生近距离格斗战时，手枪不是一种贯穿杀伤性武器，而是作为一种重击武器被使用(被击中虽然打不死，但还是会很痛)，这种战斗就被称为亚鲁卡达。熟练的武侦甚至能利用手枪的冲击力加速或是改变身体轨迹。
不只是手枪，多数拥有双武者称号的武侦也会交替使用小刀或是匕首等近身武器作战。
武侦宪章：
武侦宪章第一条：相信同伴，帮助同伴。
武侦宪章第二条：与委托人订下的契约，必须确实遵守。
武侦宪章第三条：要有实力，不过在那之前，必须先走在正道上。
武侦宪章第四条：武侦应当自立自强，对方没求援就不该出手干涉。
武侦宪章第五条：行动快速。武侦必须以先发制人为第一宗旨。
武侦宪章第六条：自我思考，独立行动。
武侦宪章第七条：凡事要做最坏的打算，乐观去行动。
武侦宪章第八条：任务必须彻底完成。
武侦宪章第九条：放眼世界。展翅高飞，不分国籍人种，共同奋战。
武侦宪章第十条：不要放弃，武侦绝不放弃。
(此宪章是以作者在高中时的母校校训为蓝本，并加以修改而成。)
注意：此为作品中国际武侦联盟创立的宪章，与日本武侦法不同，勿混淆。
2019年，日本遭到来自平行世界的军国主义“真国日本”入侵，未能进入令和时代即被征服。时至10年后的2029年，日本已沦为真国日本的附属国“幻国日本”，曾经兴盛一时的动画、漫画、偶像等亚文化也完全断绝。但秘密结社“Arahabaki”为了守护亚文化而向真国发起挑战，他们的主力兵器“Garanndoll”则是以少女战士为动力源，这些少女被称为“电池少女”。
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西历2019年，日本的改元在即。
突然出现在上空的异次元裂缝。那里有天地逆转的异世界“真国日本”。
维持着过去的军国主义——永世持续昭和时代的平行世界使用使现行兵器无效的煤气兵器“幻雾”和巨大人形兵器“伽蓝”，对我们的日本进行军事侵略。瞬间掌握政府，实现事实上的征服。
我们没有迎来“令和”的时代……
——十年后。作为真国的附属国脱胎换骨了的幻国·日本。
在严格的审查中，曾经盛极一时的漫画、动画、偶像等亚文化已经完全灭绝了。
但是，死宅仍未灭亡!
为了保护亚文化，存在着一个与真国针锋相对的集团。
这个集团是秘密结社“阿拉巴基”。主力兵器“伽蓝达尔”和成为其动力源而战斗的少女们。
人们称她们为电池少女……
《干物妹!小埋》描述女高中生土间埋与她的哥哥土间大平一起生活的故事。在学校里八面玲珑的小埋，一回到家就变成了游手好闲的干物妹，花大量的时间躺在地板上玩游戏，并不断指使她的哥哥做各种杂事，这也因此让大平感到十分苦恼。在这段生活中，有着另类性格的小埋与她的同学本场切绘成为了朋友，还遇到了在学校的竞争对手橘·希尔芬福特，而这两人的哥哥都是与大平同一间办公室的同事。
居住在日本九州福冈县空美町里的男主角——樱井智树，以和平至上为座右铭，自小睡觉时偶尔梦见同一个梦：一个长了翅膀的女性向自己求救。然后有一天晚上遇到从天而降及自称是“娱乐型人造天使”的不明生物——伊卡洛斯，伊卡洛斯把降落后见到的第一位人类，也就是智树称呼为“主人”，自此两人同居在一起，开始智树的脱轨生活……。
“我毕业于东中，叫做凉宫春日。我对普通的人类没有兴趣。你们之中要是有外星人、未来人、异世界人或者超能力者的话，就尽管来找我吧。”这是凉宫春日的宣言，也是她对于平庸生活的挑战。
我们可能在很小时就不再相信圣诞老人的存在，也慢慢不会再对外星人，特异功能等等产生幻想。在生活的教化下习惯于平淡无奇的生活。可是不安于现状的凉宫同学却勇敢的建立起SOS团，用强烈的意志去试图改造这个了无新意的世界。她的忧郁，究竟从何而来，又将从何而去。
虽然同班同学阿虚、寡言读书少女长门有希、萌萌学姐朝比奈实玖瑠、神秘转校生古泉一树等人都被她牵扯进来，但是阿虚以外的三人却有着凉宫春日不知道的大秘密。
集数调乱次序
由于集数和内容上的限制，制作团体希望把《凉宫春日的忧郁》最后一章当作2006年版本结尾。结果有人想出把集数调乱播放的想法，为动画界上史无前例，同时亦代表着凉宫春日这个角色本来就厌倦世俗眼光，不喜欢人生平铺直叙地渡过，亦能够在视觉上让观众感受到角色凉宫春日的定位桥段之一。但因为这手法与故事中的时空观和剧情并没有太大关连，因此是一种联想式科幻手法。
朝比奈实玖瑠的冒险 Episode 00
制作团体为了表现学生社团自行拍摄电影时所犯的的错误，故意采用低劣作画，如光源失误的重现，无关的路人或工作人员被拍进去，和登场人物讲台词非常不自然的现象等等，而只使用 4:3 的显示范围更是造成轰动。据制作团体表示，采用朝比奈实玖瑠的冒险Episode00作为2006年版第一话是希望观众在视觉底下体会到凉宫春日的烦闷。
Someday In The Rain
在《Someday In The Rain》中，演出的山本宽打破了原作故事由主角第一身视野自述构成的界限，于这个原创集数加插第三身的视野去解构角色。最明显的部分是SOS团的社团教室改以远镜显示全景，而非其他集数所用的近镜和人物大特写。另外，长门有希于社团教室读书的实况，背景广播更加入来自日本各地的名句，以动漫界为主;中国香港J2版则加入地道名句，同样以动漫界为主。参看下方〈中国香港版本的本地化译制、“非常烂对白”环节〉段落。
取景
剧中大部分的场景，取自兵库县的西宫市，而每次SOS团校外活动的集合地点“光阳园车站”，是取自市内的甲阳园车站。而剧中的县立北高等学校，也是取自兵库县立西宫北高等学校，而这间学校也是作者谷川流的母校，这间学校之前也因为阪神大地震中而遭到破坏。
人物表情
监督石原立也于《涼宮ハルヒの公式》的访谈中称，希望能尽量避免一般动画中“人物头上冒汗珠，或者额头上画井号表示生气”这种平常在漫画中常见的表现方式。如此一来虽然是动画，但人物的表情却近似于真人(如忧郁3中春日的嘟嘴表情)，十分的生动活泼。
马勒(Gustav Mahler)第八交响曲的引用
在动画播放顺序第六集(观看顺序十四集)，在14分55秒开始，引用马勒的第八交响曲第一部分后半为背景音乐，至19分12秒为止。(由第258小节开始，至约第431小节终)
名作致敬
例如《神秘信号》故事中，古泉的绝招便是同样由京都动画所制作的惊爆危机系列作的副标题。《Live Alive》中，看板上的“恋爱的必杀咖喱(恋の必殺カレー)”便是十八禁美少女游戏《To Heart 2》中柚原春夏的拿手料理。第八集“孤岛症候群.后编”的后半段，春日在进行推理的场景，有着模仿逆转裁判内人物动作的戏份。被模仿的角色主要是成步堂龙一(凉宫春日)和御剑怜侍(古泉一树)。朝比奈于后段也有稍稍模仿绫里真宵的颔首动作。除此以外不胜枚举。
片尾曲《ハレ晴レユカイ》舞步
对于制作团体自身而言，片头曲和片尾曲其实都能够演绎角色，跟大多动画公式的低成本分镜演出和预算截然不同。其中片尾曲《ハレ晴レユカイ》(晴天好心情)播出后大受欢迎，片中SOS团团员5人以凉宫春日为首跳出舞步，故大部分人称之《SOS团团舞》或《凉宫舞》。部分人更把自己跳舞的片段上载，世界各地亦有组织表演此舞。及后，官方更推出了完整版的凉宫舞片段。
猫人(ねこマン)
原作小说没有的角色，曾于动画官方网站、动画中的赞助厂商列表之背景、〈射手座之日〉里实玖瑠舰队等多处登场。事实上是替凉宫春日献声的声优平野绫所绘。平野绫在片头曲的歌词上的涂鸦作品，被石原立也监督看见，于是让它们在动画中出场。猫人的特点是额头上有各式各样的文字。
官方网站
动画的官方网站也故意不采用一般动画网站的模式，而是直接将书中SOS团所制作的官方网站重现在现实的互联网上。除了模仿完全没有设计网站才能的阿虚所制作出的网站外，在各集播出后，网站也有所更动：〈神秘信号〉先后播出后，本来SOS团的团徽便改为ZOZ团);。2006年12月18日至21 日其间，为了将《凉宫春日的消失》的剧情反映出来，官方的网站因此而“关闭”了三天。在另外网站中也置放了在剧中凉宫春日所拍摄，朝比奈实玖瑠的角色扮演照片，不过却没有直接的超链接，而是需要由爱好者自行发现，现在已删去。于7月7日(日本是在公历七月七日庆祝七夕而非农历七月七日)，网站会先跳至七夕许愿页面，将〈竹叶狂想曲〉的剧情反映出来。
凉宫春日的叹息动画和小说的关系
凉宫春日的忧郁小说第二本“凉宫春日的叹息”有275页，而在2009年版动画所播放的五话凉宫春日的叹息在剧情上刚刚平分了页数，即55页一话，每一话故事都刚好在每55页完结的位置停止，所以会看见这五话中结尾和开头会有点奇怪。
登场过的吉他型号
在动画第十二集《Live Alive》里登场的吉他分别为
凉宫春日-品牌：Italia 型号：Mondial Classic
长门有希-品牌：Gibson 型号：LTD SG Special Classic White
在“凉宫ハルヒの激奏”演唱会里平野绫拿的吉他为
品牌：Fender 型号：MUSTANG RED 1969
“这虽然是游戏，但可不是闹着玩的(これは、ゲームであっても、遊びではない)。” 2022年，大厂牌电子机械制造商“ARGUS”发表了-“NERvGear”-能连结虚拟世界的机器。完全且普及的虚拟现实终于能够实现。
艾恩葛朗特篇(アインクラッド，Aincrad)
第1部。小说版：第1・2卷、第8卷、进击篇(プログレッシブ);动画版：第1-14话(第1期)
桐人(桐谷和人)是使用NERvGear 游玩VRMMORPG“Sword Art Online”的玩家。很幸运的参与过封闭测试、并买下正式版的和人，在2022年11月6日与正式营运就马上“完全潜行Full Dive”的9999名玩家一起，享受着正式版的SAO世界。
但感动是短暂的，四小时多后，桐人发现封测时确实存在的登出指令竟然消失。认为只是系统暂时出错的桐人以及开始陷入混乱的所有玩家一起被传送到开始地点广场，但头上传来的不是等待许久的故障公告，而是自称是SAO游戏设计者“茅场晶彦”的人淡淡开始的死亡游戏说明：不能登出是游戏的正常现象，只有打倒位于“艾恩葛朗特顶楼第100层的Final Boss”——达成完全攻略——才是离开这个世界唯一的方法。并且，在游戏内Game Over或是尝试脱下NERvGear，玩家会立刻被NERvGear发出的高频率微波破坏脑部而死亡。
因为恐惧的影响，最初的一个月内死亡人数就突破了2000多人，然而玩家们终究习惯了这个真实存在的异世界。两年后的今日(2024年10月17日)，尚有6000多名玩家存活，最前线已推进到第74层，桐人在第74层中使出了二刀流，并打倒了头目-青眼恶魔。在第75层中，桐人发现血盟骑士团的团长-希兹克利夫就是最终Boss茅场晶彦...
进击篇(プログレッシブ)
第1部前传。小说版：《SAOP》第1～卷;动画版：第2话(第1期)
死亡游戏开始后的一个月(2022年12月2日)，在艾恩葛朗特当中已经有约二千名玩家死亡。谁都无法突破第1层而封测玩家与一般玩家陷入一直互不相让的时候，由自称骑士的玩家迪亚贝尔主导终于举行首次的头目攻略战。于是桐人(黑色剑士)在那场第1次头目攻略战会议场合中与帮忙的少女亚丝娜(未来的血盟骑士团副团长)变成组成二人组。但是迪亚贝尔因为在楼层头目的战斗中身故的结果，桐人为了平息封测玩家与一般玩家的对立而不得已被迫自封“封弊者”的恶名，失去形象的攻略玩家们也因为攻略方针的不同而彻底分裂为二个派别，更进一步从内部煽动派别对立对玩家们对战滥杀(PK)，也就是拟意图逾越杀人界线“煽动PK集团”的样子现象。尽管桐人与亚丝娜在攻略集团当中身受立场微妙，又私底下对立与煽动PK集团派别之间的暗潮汹涌居中协商而奔走的同时亦自行前往挑战攻略艾恩葛朗特。
妖精之舞篇(フェアリィ・ダンス，Fairy Dance)
第2部。小说版：第3・4卷;动画版：第15-25话(第1期)
经过桐人(桐谷和人)和希兹克利夫在艾恩葛朗特75层的死斗后，包括桐人在内的6000名SAO玩家，回到了现实世界。但包括明日奈在内，尚有300名玩家仍然昏迷不醒。SAO的营运公司也被明日奈父亲的公司收购。在2025年1月19日，和人探望仍在病床的明日奈时，遭到明日奈父亲的养子须乡伸之的鄙视挑衅。之后和人从在艾基尔那得到了亚丝娜可能被囚禁在另一款VRMMORPG“Alfheim Online”的情报。桐人为了解救亚丝娜而进入了该游戏，初到这异世界时，遇见了自己的表妹莉法(桐谷直叶)...
幽灵子弹篇(ファントム・バレット，Phantom Bullet)
第3部。小说版：第5・6卷;动画版：第1-14话、第14.5话(第2期)
桐人(桐谷和人)在莉法等人的帮助下、打破须乡伸之阴谋救出亚丝娜后的2025年12月。
菊冈诚二郎以半威胁半利诱的方式请和人协助调查发生在VR射击游戏“Gun Gale Online”内的奇异事件：“自称‘死枪(Death Gun)’的玩家拥有枪击游戏内角色而杀死现实玩家的能力。”
第一次进入这陌生的世界的桐人，首先须适应的是自己身体成了长发伪娘，而在一阵手忙脚乱之中，遇有着天蓝色短发的女孩伸出援手，与桐人联手挑战“死枪”……
圣剑Excalibur篇(アーリー・アンド・レイト，Calibur)
外传。小说版：第8卷;动画版：第15-17话(第2期)
在结束“死枪事件”后，桐人(桐谷和人)回到ALO进行游戏，来自GGO的新伙伴“诗乃”也在ALO 建立了新角色——猫妖族弓箭手后加入了桐人的队伍。2025年12月28日，一行人决定前往ALO的“幽兹海姆”，目标取得最稀有道具“圣剑Excalibur”的新冒险。本篇故事的神话设定取自《诗体埃达》(Poetic Edda)的《皇家手稿 - 索列姆之歌(英语：Þrymskviða)》(Thrym's Poem)。
圣母圣咏篇(マザーズ・ロザリオ，Mother's Rosario)
外传。小说版：第7卷;动画版：第18-24话(第2期)
“死枪事件”结束的数周后(2026年1月)。在某次ALO大型改版时，导入了崭新的“原创剑技”系统。而在ALO的艾恩葛朗特24层出现一名谜样女孩，她以自己前所未见的十一连击原创剑技作为赌注与别人进行决斗。击败了甚至包含未开启二刀流的桐人(桐谷和人)在内的60名玩家，而赢得“绝剑”的称号。
对此产生兴趣的亚丝娜开始寻找这位拥有比桐人更快反应速度的玩家。在亚丝娜与她对决后，这名女孩邀请亚丝娜加入自己的队伍，并拜托亚丝娜一件让亚丝娜意想不到的事情。同时意外的牵扯出这名女孩背后一连串的故事。
序列之争 (オーディナル・スケール，Ordinal Scale)
是原作川原砾依据《刀剑神域》小说为基础的全新作品，并以电影化方式制作。
2026年4月，划时代的新型AR(增强现实 )专用可穿戴式装置“Augma”，搭配《序列之争 》(Ordinal Scale，OS)开始贩售。
剧情主轴承接动画版第二季的时间序之后
主条目：刀剑神域：序列之争
Alicization 篇(アリシゼーション，Alicization)
第4部前半部分(人界篇)。小说版：第9～14卷;动画版：第1-24话(第3期第1部)
“死枪事件”结束的半年后(2026年6月)，桐人(桐谷和人)答应菊冈诚二郎去参加新款OLG的测试。没想到在打工空档时，在现实世界中竟遇上艾恩葛朗特时的杀人公会“微笑棺木”、也是“死枪”事件的余党前来复仇。在和人负伤送医后，从病房中消失。亚丝娜为了寻找和人，找上茅场晶彦的恋人——神代凛子寻求其协助。
Alicization Under World 大战篇(アリシゼーション アンダーワールド大戦，Alicization War of Under World)
第4部后半部分(大战篇)，简称“WoU”。小说版：第15～18卷;动画版：第1-话(第3期第2・3部)
桐人与将人界人民变成可怕武器的“公理教会”以及身为人界统治者系统管理者亚多米尼.史特蕾达的艰苦战斗结束的代价是尤吉欧过世与本身失去意志。与桐人并肩作战的“整合骑士”爱丽丝带着桐人远离卢利特村过着与世无争的生活。但是知情人界与暗之国的全面战争一触即发的爱丽丝带着桐人前往战场。另一方面在现实世界当中设置Under World的“海龟”设施因为神秘袭击者们而受到占领。亚丝娜携手桐人为营救苏醒的完全人工智能爱丽丝决定登入Under World。然后开始率领袭击者们取得人类灵魂的加百列也以暗神贝库达身份登入Under World并拟以侵略人界夺取爱丽丝，虽然这样拉大对抗爱丽丝们人界军战力落差之际因为亚丝娜以创世神史提西亚之姿降临参战而扭转。但是因为海外VRMMO玩家大量投入的策略使得双方陷入混乱，爱丽丝因为加百列趁火打劫不幸地被绑架而人界军与暗之国军暂时停战遂转向营救，在那里出现的是同样化身女神的莉法与诗乃，响应结衣的愿望而前来营救的克莱因们日本的VRMMO玩家们。再次陷入战况当中是这次身为加百列部属的瓦沙克是SAO最坏的杀人魔PoH率领全新的势力，对着亚丝娜们的身心穷追不舍。
Moon cradle 篇(ムーン・クレイドル，Moon Cradle)
第4部外传。小说版：第19・20卷
桐人与亚丝娜被困Under World 200年期间初期发生的故事。
在大战终结而成为一个Under World当中人界与暗之国的人们开始往来，成为人界方代表的桐人考虑到这种和平无法长久、应该避免争端而向Under World宣传着现实世界的先进技术。在那当中不幸再次发生不应该发生的杀人事件，在这事态之际桐人开始与成为见习整合骑士的学妹骑士罗妮耶共同搜查。
Unital Ring 篇(ユナイタル・リング，Unital Ring)
第5部。小说版：第21卷、第23～卷
桐人与亚丝娜从Under World回归现实世界一个半月之后(2026年9月)，虽然在现实世界获得身躯的爱丽丝面貌就在ALO小木屋中的桐人与亚丝娜们身旁，却不幸地突然遭到强制转移到谜一般的游戏“Unital Ring”。强制转移开启了来自超过数百种虚拟世界将近数十万玩家规模人数的残酷开放世界生存游戏的序幕。
故事舞台是公元2078年，日常中残留些微魔法的长崎市。主角是魔法使一族的末裔、17岁的月白瞳美，是个从小就仅能看见黑白二色的世界、对人闭上心扉、讨厌魔法的女孩。有天，她的祖母-大魔法使月白琥珀使用时间魔法将她送往60年前，并要求她去见17岁的自己。
来到公元2018年的时空，瞳美掉入葵唯翔的房间，从窗户离去时被与唯翔同社团的川合胡桃和风野浅葱看见。众人误以为是唯翔的女朋友，并带她前往月白家的魔法屋，由于高中的琥珀正在英国留学，她便接受月白家的收留。其后瞳美发现家传耳饰遗失，透过魔法找到遗落于唯翔的房间，与唯翔交谈时解释所有误会系源自魔法失误，并意外发现她可以看见唯翔绘画作品的色彩，想进一步询问却被唯翔拒绝。
月白家安排瞳美入读南丘高中，到校初日再度遇上摄影美术社成员。为澄清朋友误会，唯翔要求瞳美施展魔法证明身份（证明瞳美为魔法师且确实是因为魔法失误而出现在唯翔房间），不擅魔法的瞳美勉强施展但魔法呈现效果不佳，场面尴尬。而后独处时唯翔答应再给瞳美观赏绘画作品，并表示期待她能成功学会魔法。社团招生体验活动后，瞳美加入摄影美术社。
收到消息的琥珀提早结束留学回到日本与瞳美见面，个性开朗的琥珀很快与摄影美术社成员结识，并且鼓励瞳美告诉同社成员自己来自未来的身份。后琥珀以魔法使身份入社，社团改名为魔法摄影美术社。
此时唯翔创作遇到瓶颈，为鼓励唯翔，瞳美在琥珀指导下成功自制魔法星砂相赠。社团外出活动时，瞳美无意识地发动魔法进入唯翔画中世界，发现画作深处出现各种阴郁、负面的图案，她查觉此为唯翔内心黑暗面，以及他想放弃绘画的挣扎，追问之下引起唯翔强烈反感而离去，关系转僵。事后唯翔对瞳美道歉，承诺不会放弃创作，并希望瞳美能在他的作品中找回失去的色彩，两人和好后瞳美短暂恢复色觉。琥珀对瞳美暂时恢复色觉的契机展开调查，告知瞳美她可能在无意识间施展魔法封印自身色觉，而为了调查解除条件，琥珀让唯翔和瞳美进行各种相处，初始别扭的两人在实验后开始以名字相称。
随着对社团的投入，瞳美对摄影愈加热忱，向社长山吹将学习技巧，将却于两人独处时告白，不知如何回应的瞳美开始缺席社团活动，随后决定正面回复拒绝将的心意。同时暗恋将的浅葱在察觉到将的告白后不知所措而回避著瞳美，但在两人坦白心意后，很快就重修旧好。
琥珀决定在文化祭举办可让大家进入画作游玩的活动。唯翔负责作画，瞳美则在琥珀指导下成功练成进入画作的高级魔法。众社员一同遨游画作世界时，唯翔在未知深处遇见年幼的瞳美，对话过程中唯翔发现她早已封闭内心情感。魔法结束后瞳美告知唯翔自己的过去：母亲是月白家首个不会魔法的成员，在自己成功使用魔法后抛弃她离家而去。瞳美归咎于自己为了使用魔法讨母亲欢心，却没考量到母亲对于无法使用魔法的厌恶，瞳美由此开始讨厌魔法、封闭内心，并把所有结果（包括失去色觉之事）当作惩罚概括承受。吐露心事的瞳美在唯翔极力开导下改变自责的心态，并感到如释重负。
文化祭前夕瞳美多次凭空消失又出现，但本人对消失期间发生的事情毫无印象。琥珀判断此为发动时间魔法后，时空修正现象把时空旅人拉入时间缝隙中，因此瞳美才会凭空消失。必须尽快于魔法效果最强的新月之时、同时也是文化季最终日，将瞳美送回未来，否则她将永远受困在时间缝隙。众人开始协助搜集时间魔法所需的大量高级星砂，但瞳美对于是否该回去一事十分纠结，她不想离开同社团的伙伴，特别是失去与唯翔的牵绊。回到家中，瞳美将思慕之情写于纸飞机上，并利用魔法传送给唯翔，随后两人在夜晚独自碰面，互相倾诉思念。
最后时间里，瞳美和众人度过难忘的文化祭。时间魔法发动期间，众人一一与瞳美道别，但唯翔仅简短告别而未表白心意。突然间魔法失控，瞳美跟前来相救的唯翔落入未知空间。此时两人终于说出心里话，感谢对方拯救了自己封闭的内心，并互相告白。而后未知空间随即解除，瞳美的色觉完全恢复，并成功回到未来。但琥珀察觉自己的时间魔法其实并未成功，原来最初60年后的自己在使用时间魔法时，早已设定当瞳美解开施加在自己身上的魔法时，就是她时空旅行的极限。所以瞳美带来的信件中并未提及将她送回未来的方法，就是因为她清楚知道高中时的琥珀无法驾驭。故琥珀暗自下定决心，要持续精进实力成为伟大的魔法使。
回到60年后的瞳美，终于理解祖母用意，明白自己也可以追求幸福。回到魔法屋，琥珀拿出社团成员们为瞳美准备的时光胶囊。由于时空旅人无法携带行李，他们决定把当时的相片制作成相簿，送给未来的瞳美留作纪念。唯翔则为瞳美创作名为“七彩的企鹅”绘本，讲述黑白企鹅（象征瞳美）和各种动物（社团伙伴们）的故事，而该绘本正是瞳美年幼时常与母亲一起阅读的书，在瞳美失去色觉后，七彩的企鹅绘本也成为瞳美唯一可以看见色彩的物品。
回到学校，瞳美主动和同学攀谈，并重新加入魔法摄影美术部，开启了拥有色彩的人生。而故事尾声时，瞳美独自到墓园追悼的未知坟墓，对象可能为瞳美的高祖母、曾祖父母、母亲、甚至是唯翔（依最终话唯翔开头之独白推测），然真相为何则留待观众自行想像。
私立樱才学园，原本是传统的女子高中，但因少子化问题影响，不得不改制为男女合校。作为改制后第一年入学的28名男性新生之一的津田隆利，偶然之下被拉入了学生会。在外人看来，学生会是美女如云的天堂。但是津田身边的三位学生会女干部：会长天草篠、书记七条天空和会计萩村铃性格都非常独特，尤其是会长和书记常常在正经事上突然开黄腔，甚至还无意间教坏了其他清纯的女学生。于是津田开始了他每天在学生会的吐槽生活……
年轻的王子维恩，年仅16岁。
父亲因疾病病倒后，维恩肩上背负的是一个资源、人才和兵力都很缺乏的北方弱小国家。
文武双全又深受臣子信赖的他，其实心里有个不为人知的愿望。
「好想把国家卖了逃走啊──!」
但是，在外交上讨好大国，却出乎预料地独占了利益;
与邻国交战时本来只打算小赢一点，结果竟大获全胜。
虽然赚得了名声，却离卖国目标愈来愈远，臣民也士气高昂，让他骑虎难下!?
充满惊奇的弱小国家经营故事开幕!
黑发少女“缠流子”在某一天突然转入了“本能字学园”，在这里她遇见了“美木杉美九郎”老师以及好友，甚至穿上了以“战维”为名的谜样纤维编成的战衣和“鬼龙院皋月”为首的整个学校为敌，所有故事就在此，环绕着热血及友情展开。
阴云密布的本能町，在神秘恐怖的本能字学园，高高在上的学生会长鬼龙院皋月（柚木凉香 配音）只手遮天，她通过“极制服”统领校内的学生，极制服由所佩戴的星星数量分级，级别越高拥有的战斗力就越强。这一天，一个背着单片太刀剪的女孩出现在本能字学园门口。她叫缠流子（小清水亚美 配音 ），为了调查杀害父亲的真正凶手而来到这个凶险的所在。谁知她刚刚到来不久，便遭到蟇郡苛（稻田彻 配音）、猿投山渦（桧山修之 配音）等学生会四天王的阻击。
关键时刻，缠流子意外得到父亲制作的黑色神衣，由此战斗力大增。连番激烈的战斗在本能字学园展开……
本能字学院(本能字学園(ほんのうじがくえん))
流子转校所到的巨型都市学院，由鬼龙院家族掌控，最大首脑是学生会长鬼龙院皋月，下有学生会四大天王负责各项工作分配。
本能市(本能町(ほんのうまち))
本能市学园所在的城市，位于东京湾中的人工岛，为鬼龙院家的私有地。全市根据学生住民的星级分有不同居住区域，并由此而伴有巨大的区域性贫富差距。学生一旦被勒令退学则同时会被赶出本能市。
最终回后半片段中，该城市最后沉入海面下。
极制服(極制服(ごくせいふく))
皋月赋予学生会成员的特殊学校制服，能够让人获得远超普通人的力量。
从三星到一星共分为三种等级，而普通无星学生则只能穿着普通学校制服。学生会中枢的四天王为三星，社团部长为两星。
制服的制作仅由本能字学园裁缝部完成，并使用了称为战斗生命战维的材料。
并且极制服中的星数是以混入衣料中的生命战维百分比来计算，一星为10%、二星为20%、三星为30%。
神衣(神衣(かむい))
使用100%生命战维缝制而成。流子的鲜血和皋月的纯洁皆为神衣。设计暴露度极高。神衣的使用者必须为神衣献出自身的血液才能够发挥神衣所赋予的力量。要发挥出神衣的全部力量必须要求神衣和使用者融为一体，而由此同时会增加神衣的暴露度。
第三话中表明，神衣是由100%战斗生命纤维所组成的服装，且在主人完全抛弃羞耻心并接纳其存在的时候才能发挥最大的战斗力。否则神衣会无意识的吸取主人的血液，使主人越发衰弱。能够吸收对手极制服上的战斗生命纤维。
生命战维(生命戦維(せいめいせんい))
缝制极制服和神衣的特殊纤维材料。一星极制服中占比10%，两星极制服占比20%，而神衣则100%由生命战维缝制而成。
所有生命战维皆来自于名为“原初生命战维”的外星生命体上，吸收能量的方式为透过感应生物体内的神经电流来增强力量，但因地球的生物并无法负荷生命战维带来的力量，因此改为附着在体外的方式来吸收电能。
战维丧失(戦維喪失(せんいそうしつ))
描述极制服的使用者败给流子和鲜血的状态。具有“战意丧失”和“纤维丧失”的双重意义。此时极制服的木端会粉碎成灰，同时战斗生命纤维也会被鲜血所吸收。
十三话中针目缝也用类似的技巧使鲜血被击破。
No迟到Day(NO遅刻デー(ノーちこくデー))
为整顿无星学生的纪律，风纪部每学期所举行的例行学校活动。清晨4时贫民窟会响起警笛声以示活动开始，学生必须克服重重陷阱并在8时30分前到校并在班会上点名报到。迟到者会被勒令退学。没能穿越陷阱的学生往往会自行举办模拟班会，表示接受被退学的现实。
这一天贫民窟学生并不能乘坐单轨电车上学，而必须经由风纪委员部所规定的、陷阱重重的道路到达学校。
反制服游击队(反制服ゲリラ(はんせいふくゲリラ))
裸体海滩的隶属突击队，目的为反抗生命战维。
干扰弹(ジャミング弾)
针对极制服而开发的类似缝针状的子弹。使用特殊的金属制成。射入神衣或者极制服即可切断使用者和战斗生命纤维的联系，使对方无力化。并在大文化体育祭中被本能字学园改良加以利用。
绊糸(絆糸(ばんし))
无论是极制服或神衣都必备的、类似神经中枢的关键。同时也是使生命战维的能力能够具现化在衣服上的重点。
一至三星的极制服都只有一条绊糸，但神衣的绊糸却不只一条，因此鲜血在其中一条绊糸被切断之后依然能够运作自如。
原初生命战维(原初生命戦維(げんしょせいめいせんい)
于数万年前降临在地球上的外星生命体，并选择当时灵长目中具有较高智能的智人为寄生对象，而此一行为也促使了人类的进化。但并未在人类的历史中留名，但其却选择在人类进化到具有相当水平的程度前进入休眠，因此仅对人类留下了“穿衣蔽体”的习惯。在故事开始前二十年，由鬼龙院罗晓接触到此一生命体，并协助其完成终极目标。
受到罗晓的呼唤而带着所有的Covers前往本能字学园。之后短暂回归鬼龙院宅，接着确定已储存能量完毕之后便自地下突破，笔直地往本能字学园前进。
据宝火所述，当生命战维成功覆盖整个行星之后，会吸收整个行星的生体能源并直接引爆，使生命战维再次散布到宇宙中作繁殖，此即地球上的原初生命战维的终极目标。
被流子打破核心之后落在本能町外的海面上，而后被罗晓操控，回到本能字学园来意图吸收在场所有人类，被苛与裸体海滩强行破坏后与缝及罗晓融合。
Covers(カバーズ)
由原初生命战维产生的布片状士兵，在初始状态必须仰赖原初生命战维的丝线传递能量。一旦将人类吸收进去后便能将人类作为能量来源而不需要原初生命战维的能量供给，仅有碎成两半的缚斩-蛟龙、饿虎，以及两把片剪太刀能够确实破坏Covers。
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