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在UNLIMITED篇开始的三年后，睡醒时发现再次置身于自家卧室的武，日历上的日期是2001年10月22日，以为UNLIMITED篇的一系列事件只是一场梦境。他发现自己经过时间跳跃又一次来到了UNLIMITED篇的起点。他并不愿意接受UNLIMITED篇的结局，于是决定以唯一知道这个世界的未来的人类的身份，为了帮助夕呼老师完成“ALTERNATIVE4”计划而再次敲开联合国军横滨基地的大门。再次被编入207实验部队的武，带着3年之间的军事经验和未来的记忆，以及不输给伙伴们的觉悟，再次迎向挑战。
虽然游戏伊始重现了UNLIMITED篇的事件，但是武很快作出了足够的改变，影响了这个世界未来的走向，发生了未曾出现的事物。
ALTERNATIVE篇有更加严肃的基调。âge称这是一个爱与勇气的童话故事(あいとゆうきのおとぎばなし)
黑社会干部X超能力少女的城市生活喜剧!在芦川组干部·新田的房间落下的奇妙的楕圆形的物体，那是所有的开始!在神秘物体里面有一个没表情的少女·雏。隐瞒着少女的来历，黑社会干部和超能力少女危险而爆笑的同居生活开始了!