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位于东京都千代田区的传统高中音乃木坂学院，因为入读的学生人数骤减，所以正面临着废校的危机。穗乃果为了避免学校被废校，想到只要成为偶像，学校的名气便会增加，而入读学生的人数就会上升！所以，高坂穗乃果、南小鸟和园田海未决定一起努力成为偶像，希望可以凭借偶像的名气增加生源来挽救自己的校园。
活泼健气的高坂穗乃果（新田惠海 配音），温 文尔雅的园田海未（三森铃子 配音），温柔勇敢的南小鸟（内田彩 配音），聪明伶俐的混血儿绚濑绘里（南条爱乃 配音），我行我素的学生会长东条希（楠田亚衣奈 配音），傲娇大小姐西木野真姬 （堀絵梨子 配音），运动系少女星空凛（饭田里穂 配音），默默无闻的小泉花阳（久保由利香 配音），OTAKU宅女矢泽妮可（德井青空 配音），这些勇敢的少女组成了偶像团体，发誓要为了保护学校不被废校而做出绝对的努力。
一所位于东京都千代田区的传统高校“音乃木坂学院”，因为入读的学生人数骤减，所以正面临着废校的危机。其中有三名少女想到一条妙计——成为偶像，只要她们成为偶像，学校的名气便会增加，而入读学生的人数亦会上升。就这样，九位个性鲜明的少女决定一起努力成为偶像，希望可以凭借偶像的名气增加生源来挽救自己所喜爱的校园。
在“银座事件”活跃的主角伊丹耀司(动机是“这样下去同人志贩卖会就要中止了!”)，在事件后晋升为二等陆尉(相当于中尉)，并率领一只侦察队深入“特区”，在为了调查遭炎龙毁灭的村子时结识并与三位美少女(魔法使、精灵、亚神)一起行动。
这时垂涎“特区”利益的世界各国也开始干涉自卫队在“门”的另一边的行动。
“门”的另一边，自卫官不断与住在靠近自卫队的桥头堡的避难村民交流，日本(地球)的文化在“特区”逐渐的传播开来。