佐佐木望

东京篇

主角绯村剑心流浪至东京，因为神谷薰的挽留而留在东京。其后认识了明神弥彦、相乐左之助及高荷惠等人，又与前幕府杀手鹈堂刃卫、御庭番众首领四乃森苍紫决斗，其间剑心经历了多次战斗，令剑心自觉慢慢变回昔日的刽子手拔刀斋(千人斩拔刀斋)(人斩り抜刀斎)。最后在与幕末时代的对手前新撰组第三小队组长斋藤一决战及得知志志雄一党的阴谋后，独自前往京都与志志雄一党对决。(漫画、电视动画)

京都篇

剑心为了阻止志志雄的计划得逞，独自离开东京前往京都。后来剑心的同伴亦逐一赶到京都寻找剑心，剑心从师傅比古清十郎身上学会飞天御剑流的最终奥义“天翔龙闪”后，与其同伴相乐左之助及斋藤一、四乃森苍紫联手，终于打败了志志雄一党。(漫画、电视动画)

追忆篇

故事发生于剑心在幕末身为长州派维新志士时担当刽子手的年代(东京篇之前的故事)。故事讲述剑心与第一任妻子雪代巴的过去，解明了剑心左边面颊的十字疤之谜。漫画版的追忆篇连载于人诛篇初期剑心的回忆自述，而OVA则独立讲述剑心的过去。(漫画、OVA)

OVA版本的追忆篇内容虽然与漫画原著并无太大出入，但其风格却与之前的电视动画版大大不同。彻底摆脱了少年漫画的风格，特别是拔刀斋出招时其没有像过往一般大喊出必杀技名称，而一般很难于少年漫画及电视动画中出现的大量血花四溅的残酷场面亦一一呈现。而本作于日本海外评价亦相当高，在美国的销售亦曾登上全年DVD销售榜的第7位。

人诛篇

由于雪代缘的阴谋，使剑心一度以为神谷薰被杀而意志消沈(神谷薰之死令当时少年JUMP周刊的读者引起一阵回响)。最后剑心回复斗志并打败雪代缘，雪代缘持着其姊的日记消失在剑心等人面前。(漫画)

番外篇

结束连载以后以SP模式连载两个番外篇，分别是《早春樱花》及《弥彦的逆刃刀》。前者提到了结局之后众人各自的新旅程，如左之助的世界一圈之旅到了蒙古。后者是弥彦以神谷活心流行侠仗义的活跃篇。

第零幕

2012年初由日本漫画杂志“JUMP SQ”公开了《浪客剑心》将于八月号开始推出新连载《第零幕》，与1999年结束的连载相隔十三年的新篇章。

北海道篇

2017年9月连载的新续篇，故事发生在“人诛篇”后5年(1885年)，绯村剑心和神谷薰动身前往北海道寻找薰的父亲神谷越路郎，同时和环游世界回来的左之助、在日本流浪的宗次郎、在北海道服刑的安慈、与调往北海道的斋藤一重逢。就连新撰组的永仓新八，也将在“北海道篇”出现。

一千年倏忽而去，公元1988年，妖邪帝王之城阿罗醐城出现东京上空，黑暗再次降临。就在人类世界危在旦夕之时，五位身穿铠甲救世主挺身而出……

位于东京西部的巨大“学园都市”。

在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。

最强而最凶的“恶”——一方通行，

扫平学园都市的“黑暗”!!

用语

某科学的势力

兵器

Numbers（ナンバーズ）

祸斗（禍斗（かと），Kato，声：渡部纱弓）

参见： § 人皮狭美

梼杌（檮杌（とうこつ），Toukotsu，声：真野步）

参见： § 菱形蛭魅

穷奇（窮奇（きゅうき），Kyuuki，声：小针彩希）

青色猎犬型机器人，公式强化后可与饕餮“视觉共享”。

饕餮（饕餮（とうてつ），Toutetsu）

紫色四足桌子型机器人，能力是“转移物质”。

浑沌（渾沌（こんとん），Konton）

土黄色球形外壳机器人，能力是“感知弱化”。

组织

DA（DA（ディーエー））

与理事侧和警备员侧为敌。亡本后来因为觉得他们做的太过火，派出食尸部队清除。因埃斯特通风报信与一方通行，回收最后之作任务失败。转而抓获御坂妹妹10046号作为人质，后来菱形需要御坂妹妹脑内10031次死亡记录，被多方势力（警备员、食尸部队、一方通行）找上前阻止。

食尸部队（屍食部隊（スカベンジャー），Scavenger）

统括理事会直属部队，成员数四人。在《死灵术师篇》中，被派遣消灭DA并回收御坂10046号，被乱入的一方通行打得落花流水，任务后遭到降级。

其后在《某科学的超电磁炮》的《天赋梦路篇》中接受委托回收“分身”，结尾因功（与首领的强硬态度）而回复原阶级。

每集列表

本书的主角——魔界的变种生物食脑奈罗，就是专门吃“谜”为生的魔界异种生物，在吃完了魔界的“谜”之后，来到人间寻找最极致的“谜”，而魔界的“瘴气”若是魔人的氧气，而“谜”就是魔人的粮食。之后，借着弥子的手顺利的解开了数个事件。凭着奈罗对于“谜”的敏锐感觉，弥子成为了著名的大侦探，谜虽然是由奈罗解开（吃掉）的，但是、用手指出犯人并且说出“犯人就是你！”的却是弥子，之后两个人便成立了一间侦探事务所，共同寻找极致的“谜”。

本作具有鲜明的人物性格、精妙的讽刺与黑色幽默、抽象画般怪异的构图和高度的独创性，是少年JUMP里独树一格的怪作，也因此在2004年获得获得Jump十二杰新人漫画赏。尤其当犯人被揪出来之时、犯人的“变脸”可以说是本作的代表特征。本作并不以本格派试着创造出一个又一个的精密陷阱算计以及犯案手法为主，也不特意铺陈凶手之所以形成犯案动机的经过，而是塑造了接近心理病态的犯案动机。另外，别于其他侦探漫画、主角走到哪里就死到哪里的模式，本作反其道而行，不是让事件找上他们，而是他们寻找事件。在本作中的各大事件并不会看到相似且公式化的犯罪内容和动机。

此外、在本作中使用了如潘洛斯三角、魔鬼叉子等含有视觉假象的图形做为封面或背景。

每集列表

漫画故事主要分为四部长篇，分别是最初的《队长小翼》、目标为争夺世青杯的《队长小翼世青篇》、以大空翼加盟西甲球队—巴塞罗那作为主线的《队长小翼 ROAD TO 2002》及争取奥运冠军的故事—《队长小翼 Golden-23》。另外，亦有多部短篇故事及外传，部分收录于长篇或短篇集当中。

小学篇

小学篇介绍了主角大空翼和其他主要角色，包括石崎了、若林源三、罗勃特本乡、岬太郎、日向小次郎、三杉淳、松山光等人的背景和在全国大赛中的比赛。故事早段讲述主角大空翼迁居至南葛市，因他就读的南葛小学与修哲小学争拗场地使用权，认识修哲小学的队长兼守门员若林源三，并在单挑时打败了他，若林源三不愤被打败，最后在两校友中不分高下。之后全国大赛展开，大空翼的出色的足球技术及得分能力使各人神服故邀请大空翼加盟南葛代表队，与若林源三成为队友出战全国大赛。他的天赋才能震惊了整个足球界，而该年日本小学足球界亦人才辈出，当年司职前锋的大空翼带领的南葛在分组赛首场败给了日向小次郎率领的明和小学(这场比赛也是全系列中，大空翼唯一输过的比赛)，但及后先后打败立花兄弟的花轮队、钢门中西的难波队、及三杉淳的武藏队杀入决赛，再斗明和小学。在若林源三复出下终于在加时打败斗志顽强的明和队夺得冠军。

中学篇

中学篇仍然是描述在日本举行的全国中学生足球比赛，不过加插了不少新人物，包括速度快及擅长隼射门的大友中学前锋新田瞬、来自大阪东一中学的王牌后卫杀手早田诚、来自九州比良户中学一刚一柔的二人组合次藤洋及佐野满等等。而若林源三、本乡和岬太郎在此时期都已经分别离开日本。由主角大空翼带领的南葛中学在连番苦战下杀入决赛，决赛对手正是决赛前所有比赛均被教练雪藏的日向小次郎所带领之东邦学园中学部;两队在激烈的对决(上半场、下半场、加时赛)后仍不分胜负，最终两队并列冠军，而大空翼于日本学界的足球生涯亦暂告一段落。

欧洲篇(世少篇)

欧洲篇故事紧接着中学篇而发生。在全国中学生足球比赛中脱颖而出的22位球员组成了日本少年代表队远征欧洲参加国际少年足球大赛，跟世界强队比赛。

日本队到达欧洲第一站汉堡，跟有史奈达、若林源三在阵的汉堡少年队进行一场练习赛，结果在缺少翼、岬的情况下以1:5惨败。之后，日本再败一场，终于激发日本队斗志以及引发若林和翼加入日本队，之后的赛事总算有力取胜。岬也在法国正式加入日本队。

日本队在法国举行的国际少年足球大赛，翼、岬、日向等人的出色表现，先后击败拥有欧洲第一钢门希林狄的意大利，有跟翼一样拥有一流个人技术的迪亚斯在阵的阿根廷，再加上打败一直被偏袒的主办国法国，最后于决赛打败欧洲第一军团，拥有年青球王史奈达的西德，勇夺冠军。

在决赛后，翼重遇了在他上中学前离开日本的恩师本乡，并准备加盟恩师执教的圣保罗，正式向职业球员之路进发。

队长小翼世青篇

世青篇故事环绕日本队在大空翼带领下参加世青杯。本篇有两个序幕，分别介绍了两个新角色“太阳王子”葵新伍和“神之子”山达拿的出场。而大空翼已经成为了巴西职业足球队圣保罗的10号球员。“神之子”山达拿的经典金句为:“我故意不让守门员碰到足球，以免弄断他的手腕。”(出现于第一期)

世少杯比赛三年后，世青杯比赛在布鲁尔加共和国举行，日本青年队再次集结，但是一个名叫贺茂港的人带领的RJ7队员将日本队打得体无完肤，主教练见上辰夫也突发疾病，贺茂港在此关头接下球队。由于日向、岬、政夫、和夫、次藤、早田、新田七个主力球员被逐出球队，日本青年军仅余下翼、三杉、井泽守、佐野及石崎等球员可用，晋级过程艰辛，其中对泰国一役更有翼中途伤出，幸好源三及新伍及时加入，令日本青年军顺利以外围赛冠军身份晋身决赛周。

面对人员不整的情况下，日本青年队奋力战斗，终于从亚洲区突围，晋身决赛周的日本队虽然有多名主力实力得以提升并归队，并于第二圈的分组赛及淘汰赛连番报捷，取得出线资格，以及勇夺亚洲杯冠军。

但是布鲁尔加共和国发生内战，世青赛面临取消。日本足协的片桐宗政提议日本接任主办，就这样世青赛得以顺利举行。正当好事看似到来，日本但在世青杯开赛前夕，中场球员岬却遇上车祸未能参赛(除非日本入决赛，这样就可以争取在决赛后备上阵)，并有可能因此挂靴。

缺少了岬，日本队在大空翼、日向及松山等球员坐镇下、再加上新伍及赤井等新加入球员的出色表现，先后击退空中战强队墨西哥、攻击力极强的乌拉圭、伤兵累累的意大利、合作一流, 拥有白夜骑士史提芬利云的欧洲劲旅瑞典及由全能足球指挥塔加尔富特带领的荷兰后杀入决赛，对手是由大空翼的恩师本乡罗伯特带领，被誉为冠军大热门而且一球未失的巴西。

在对巴西一役，一度被认为已经不可能再出赛的岬，于下半场带伤复出，让日本重新振作;而比赛尾段出场的巴西队10号后备球员拿度尼更成为了大空翼的最强对手。最后日本于加时击败巴西成功夺得世青杯冠军，击败了罗伯特率领的巴西队，大空翼超越恩师。

最后的获胜感言，大空翼呼吁全世界，停止无谓的战争，如果想战斗，就用足球来决胜负。赛后，翼正式与中泽早苗结婚。世青篇完结。

队长小翼 Road To 2002

主要描述大空翼在加盟加泰罗尼亚巴塞罗那之后，如何由巴塞罗那B队升级至A队，再从主将利华尔(原型为李华度)手中争取到出场比赛的机会。故事以巴塞罗那主场大战由拿度尼率领的皇家马德里作结(即西班牙德比)。

另外亦有描述日向小次郎及若林源三分别于尤文图斯及汉堡的遭遇，不过并没有交代若林源三在汉堡败于拜仁慕尼黑后的去向。

世青赛1年后，大空翼转会到巴塞罗那，而日向小次郎也到尤文图斯发展。而两个人却并非一帆风顺，大空翼练习表现出色，可是因与队伍中的世界第一球星利华尔位置重叠而被编到B队;日向也因为身体平衡原因，只在揭幕战上登场31分钟(零入球零助攻)即被换下，后来更被租借到意丙雷吉亚纳队。最先登陆海外的若林也处于危机之中，在汉堡对阵拜仁慕尼黑的比赛即使连番抵挡住拜仁的射球，但在最后一刻漠视主教练的战术，连累球队落败而在之后沦为替补。日本球员在海外面临前所未有的危机。

此时的日本J联赛正在如火如荼的展开，在世青赛中受伤的岬加盟了磐田山叶，并在揭幕战中击败了浦和红宝石。

西甲方面，巴萨自联赛开启后的战绩非常糟糕，球队核心利华尔在首场对华伦西亚的赛事，更是受伤休息，缺少利华尔的巴塞隆那四场不胜(1和3负)，法沙尔(范萨尔)面临下台危机;而大空翼正好在B队出色的完成了主教练范萨尔交给他的题目--10个进球10个助攻，被召回到巴塞罗那队。迎接大空翼的处子战就是世界上德比大战的巅峰，巴塞罗那对皇家马德里，面对拥有银河战舰般豪华阵容的皇家马德里，在大空翼的出色发挥下，以6比5战胜了皇马，大空翼更是拿到了3个进球和 3次助攻。ROAD TO 2002完结。

队长小翼 Road to 2002 Go for 2006

收录于《队长小翼　ROAD TO 2002》第15卷最尾的特别篇，以日向小次郎为主角，标题为《挫折尽头的太阳—日向小次郎物语 in ITALY》，一共5章。

队长小翼 Road To 2002 F.C.R.B. Stadium Opening Match

队长小翼 Golden-23 奥运篇

队长小翼 Olympics 2005年10月开始的最新连载。紧接Road to 2002故事，大空翼等等已经21岁，故事以日本U-22代表队参加奥运足球项目为主要骨干。故事以日本奥运代表队以奥运会为目标而进行的各场赛事为骨干，再加以大空翼、若林源三、拿度尼、山达拿等人于欧洲的表现贯穿全故事。

西甲德比大战过后，日本队也开始了奥运会足球比赛的准备功夫。主教练吉良耕三决定不召集海外球员(若林源三例外)，只用国内的适龄球员来征战奥运亚洲区预选赛。日本队以副队长松山光为首，配以岬太郎、三杉淳等技术型球员作为球队主要战力，其间亦加入了数个新角色，令整体实力有增无减。

当中不少球员重新发掘出自己的所长及潜力，如一向担任门将的若岛津一圆吉良耕三的梦想转型为“柱趸式前锋”、立花兄弟因其合拍程度转型成为防守中场、三杉淳以及松山光重返中场线等，令日本队的实力不致大幅度下降。另外, 风见、古川等数个新角色也加入，令整体实力有增无减。

日本为了准备, 先后约战拥有强大的双箭头的丹麦、以大量旅欧主力出击(包括J.J. 欧查德以及波巴克)的尼日利亚以及南美的巴拉圭进行友谊赛, 凭着出色的表现, 保持不败。第一预选的比赛因为除了在世青杯外围赛的一个强敌外, 另外的都是弱旅，日本队一路高奏凯歌。但是到了第二预选却受到了澳大利亚队的强力阻击，最后一场比赛中，日本队必须净胜澳大利亚三个球才能出线。最终岬太郎率领的日本队在最后阶段以4比1战胜对手，顺利进军马德里奥运会。GOLDEN-23完结。

队长小翼海外激斗篇

队长小翼海外激斗篇 IN CALCIO

紧接Golden-23故事，在日本奥运代表队成功打入奥运的同时，故事以小次郎所效力的雷吉纳与葵新伍所效力的FC阿尔比斯的一场激战为主要骨干。意丙收官战中，两队在联赛积分榜中只差一分的情况下，日向小次郎及葵新伍都为求协助球队顺利升上意乙，双方奋力一战。

奥运会预选赛结束后紧接着，意丙的联赛也将近尾声。

日向已来到意大利9个月，其带领的雷吉亚纳队截至联赛最后一轮位于第一而葵带领的阿尔卑斯队则位于第二位，两队都有机会升至意乙，而最后一轮，两队开始了面对面的对决,最终雷吉亚纳战胜了阿尔卑斯夺冠,由于第三名的球队落败,两队都进入了意乙。海外激斗篇 IN CALCIO完结。

队长小翼海外激斗篇 EN LA LIGA

在日向小次郎及葵新伍所效力的球队都成功升上意乙的同时，在西班牙又展开另一场激战。

故事以西甲一场由巴塞罗那对皇家马德里的德比战为骨干，作为巴塞罗那王牌球员的大空翼，在球队只落后榜首皇家马德里两分的情况下，为了协助球队升上联赛榜首，与皇家马德里展开一场激烈的比赛。

初夏，日本队前往墨西哥托卢卡高原进行最后的集训，日向、葵以及大空翼与队伍汇合，为了这次奥运会，更加努力的训练，此时，大空翼想起了这短短的一年在西班牙发生的种种，当然也包括那场第二轮的德比大战...

本故事是回忆大空翼巴萨与拿度尼皇马第二轮德比之战，还出现了一位神秘观众，德比大战最后以2比2结束，此时皇马的积分还是领先巴萨的，接下来还有两场比赛，巴萨是否能逆转呢?

神秘观众与翼有着一面之缘，那时候翼在跑步爬楼梯，突然被后方神秘男人超越，速度完全跟不上，后得知他以前也是踢足球的，名叫米迦勒(大天使)，是在教堂被神父带大。

在观看了翼和拿度尼的两场德比后，米迦勒燃起了足球热情，并加入了快被降级的努曼西亚队，皇马在西甲最后一轮被努曼西亚队击败，巴萨在打败由拿邓加带领的拉科鲁尼亚后，积分最终超过了皇马，升上榜首。

队长小翼 Rising Sun

在拿到奥运地区赛冠军后，目标锁定奥运冠军!大空翼凭借自己出色能力帮助巴塞罗那夺得西甲冠军，然而这只是日本起步的开始!

日本在奥运正赛开始前，先后打败了新西兰及墨西哥(8：1)，可是翼因为疲累过度而在练习中晕厥，他也争取快速康复以赶上正赛。

不久奥运会足球比赛正式开始，由西班牙对上喀麦隆，阵中的好手米迦勒表现技惊四座，让巴西的拿度尼及辛坦拿不禁明白此前被完胜并非偶然。

日本在分组赛被分在死亡之组(C组)，同组分别有世青杯对上的欧洲名门荷兰，世少杯对阵的南美的阿根廷，以及尼日利亚。日本以热门姿态杀入八强。 另一个焦点集中于巴西，这一次他们在分组赛与德国(世青杯以5:0淘汰对手)、中国及塞内加尔同组。德国今次以报回上次大败之仇为目标，最后一轮爆发激战……

队长小翼 Kids Dream

为了让新一代观众融入卡通，故事从头开始，从大空翼在小时候被足球保命，以足球当盾牌，利用它的弹力，把大空翼和球弹到对面马路的草地。十年后，母子从东京搬到静冈县南葛市，重新开始小学篇，但故事会延伸至2018年俄罗斯世界杯。

第01话 SYMPTOM 变异

膝丸灯为了救心上人百合子，参与地下格斗会，使自生能力觉醒。突然两位神秘人找到他，告诉他百合子已死的消息。膝丸灯悲愤欲绝，神秘人米歇尔和小町小吉邀请他加入U-NASA火星探测队。

第02话 DEPARTURE 出战

希拉喜欢舰长小町，她的爱慕之心所有人都看在眼里。经过39天的漫长旅程，ANNEX1号顺利进入火星大气层，所有舰员将要登陆火星。这时大家遭到火星蟑螂的突袭，众多队员遇难，计划眼看就要失败了…

第03话 TO MARS 前往灾星

舰长小町向总部反映情况，他发现一切都是设好的陷阱，此时ANNEX1号主引擎发生故障，向火星坠落。大家依次登陆火星，其他班成员都安全着陆，第六班却被蟑螂围攻，陷入险境。

第04话 WAR 全面战争

小町发现蟑螂们已经掌握了BUGES手术，并加以利用。面对强敌，队员们该如何是好，所谓的MO手术又是什么呢？

第05话 EXCEPTIONAL TWO 奇迹之子

阿莱克斯不敌腿部异常发达的蟑螂，蟑螂趁机驾驶飞船离开，船上的队员惊慌失措。灯得到大蓑蛾的能力，他用最强韧的丝帮助队员脱困，并与拥有异能的蟑螂决战。在另一边，米歇尔被龙虱缠住，双双掉入海中。身为陆地生物的米歇尔，极限活动时间只有两分钟，这么短的时间内，她能成功脱困么？

第07话 CRAB 猛士

米歇尔和灯联手干掉了龙虱，日美联合第二班暂时脱险，此时罗马第六班和日美联合第一班发出求救信号。因此阿西莫夫十分憎恨蟑螂及其背后隐藏的黑幕，他超强的螃蟹能力带领队员们轻松突围。

第08话 DER ZITTERAAL 电击生物

第09话 TOO SAD TO DIE 雷雨中的一粒

阿道夫始终无法原谅妻子出轨，他把所有的压力倾注在战斗中，疯狂宰杀蟑螂。此时高智慧蟑螂领袖带领训练有素的蟑螂军队出现，众人被围困陷入危机。阿道夫寡不敌众，几乎丧命，众队员拼尽全力保护他。失去意识的阿道夫靠A.E.D.苏醒，他爆发出坚强意志与火星异种激烈对抗。

第10话 DESIRE 愿望

伊娃本是富家千金，却因经济危机被父母强行卖给U-NASA。阿道夫早已精疲力竭，他为了保护伊娃死在蟑螂的飞石攻击下。

第11话 BOXER 拳击手

庆次作为一个朴素的拳击手却有着不凡的成就，成为世界轻量级冠军的他依旧每周回家看望病重的母亲，就在他前途大好的时候视网膜却脱落了。因为眼睛的问题庆次放弃的拳击，而母亲也因病过世，在接受人体改造时他选择了视力最好的生物，因为他想从本岛看到母亲长眠的小岛，如今踏上火星上的他再次找到了出拳的理由。

第12话 SHOOTING STAR 轨道与无轨道

小吉舰长眼前的蟑螂所掌握的BUGS手术是蚕蛾，而这本应该属于他深爱着的秋田奈奈绪，这场对战让他的思绪回到了从前。欧洲第三班调查的金字塔其实是火星异种的仓库，他们意识到蟑螂们已经掌握了很危险的武器，而前来火星的某个班已经叛变。用作飞船推进器的燃料罐攻向了日美第一班，缺少药物无法变身的队员们在火海中又遭遇了大批蟑螂的攻击。

第13话 TERRA FOR MARS 彼处与此处

一班二班已经汇合，由于人为干扰，火星与地球的通讯完全中断，此时上千只蟑螂包围了漆丸灯等人。在救助舰到达前的39天里，为了灭杀蟑螂，每个人的能力都运用极致。然而地球方面，并未依照计划发射救助舰，而蟑螂一早就知道ANNEX1号的整个计划，战士与阴谋家的战斗开始……

回收卡牌不久后，来了一位转校生，他是库洛·里多的母亲家族“李家”的后人——李小狼。李小狼在得知库洛牌的封印解除后，便来到日本打算回收卡牌。起初李小狼认为木之本樱无法胜任卡牌回收，故常和木之本樱争夺卡牌回收，但最后认同木之本樱回收卡牌的能力。在所有卡牌回收并写上名字后，封印书之另一守护者“月”便会进行审判，判断持有卡牌之人是否能成为卡牌的新主人。木之本樱在审判中改变原有的封印杖，创造出星封印杖，最终通过了审判者月的审判。

天才高中生夜神月发现了“死亡笔记”，只要将某人名字写在这本笔记本上，该人就会死。在用笔记本进行实验后，月与笔记本的前主人死神流愚相遇。

夜神月升上大学后开始与L正面接触并多次交锋。另一方面，著名偶像弥海砂从死神雷姆手中取得死亡笔记，成为“第二基拉”，海砂发现月是第一个基拉后决定协助他，但她的疏忽导致L得以找到足够的证据。在L逮捕海砂后，月展开一个复杂的计划，他为了救海砂而自愿让L拘禁自己，并在数日后放弃笔记本所有权，失去了与笔记本相关的记忆。

梅罗用一连串的犯罪手段试图接近基拉，他的计划导致夜神月之父、担任基拉搜查本部负责人的夜神总一郎死亡。而尼亚在调查之后怀疑现任的L就是基拉，他逼得夜神月不得不让海砂暂时放弃笔记本。夜神月透过电视台主播高田清美联络上自己的支持者魅上照，让他担任基拉。

游戏和城之内在岛上击败众多决斗者后打入决赛，而游戏也在最后击败贝卡斯。

埃及考古局长伊西丝来到日本，举办古埃及特展并将神之卡交给海马，希望他能以搜集“神之卡”为由、召开战斗城市大赛。整个童实野市都成为决斗的舞台，游戏和城之内在参赛过程中遭遇了猎卡集团“古鲁斯”与其首领马利克，他是企图找游戏复仇的守墓者一族。在最后、游戏、城之内、海马和马利克进入了决赛，就在大赛迈入终盘时，马利克体内邪恶的人格苏醒了。在准决赛和决赛中，游戏击倒海马和马利克，集齐三张神之卡。

设定

《游戏王》的世界里盛行一种集换卡牌游戏，而故事中期起的主题都是卡片决斗。决斗(デュエル)是《游戏王》系列的主题，也是该作品世界观里的主流文化。卡片决斗为回合制，进行决斗的人称为决斗者。在这种决斗中，双方决斗者会配戴名为“决斗盘”的便携式牌桌，透过从预备好的牌组中抽出卡片，发动卡片上的效果，召唤卡片上的怪兽攻击对手，借着将对手的生命值降低至零以取得胜利。对《游戏王》世界而言、卡牌决斗不仅是一种风行的游戏，更与整个世界的存亡息息相关。在该世界中，有着大量与卡片决斗相关的训练学校、提供高额奖金的决斗竞赛、当然也有窃取或伪造卡片的犯罪集团。在漫画、动画中的决斗所采取的规则和其改编集换纸牌游戏的规则有若干差异，实体游戏规则请见游戏王集换纸牌游戏。

故事中具有各种超自然力量，其中之一是“千年神器”，这是古埃及守护法老王的七件器具。神器会选择持有者，持有者可以发动“黑暗游戏”，指的是有着残酷规则的游戏，而黑暗游戏的输家通常会受到“惩罚游戏”的惩罚。在黑暗游戏里、卡片上的怪兽会实体化，而这个实体化与决斗盘的“虚拟影像系统”毫无关联，是由决斗者的精神力产生。主角武藤游戏拥有千年神器之一的千年积木。

《游戏王》的故事背景主要是位于日本的虚构都市童实野市，是主角居住的城市。该城市有高中、医院、港口、水族馆、商店街等各式设施