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文久三年。倒幕派击败了佐幕派，刀剑的时代宣告结束―――幕末时代。作为刀剑男士的堀川国广和曾经一同被主人用作战斗武器的和泉守兼定，奔跑在雨中的山路。刀剑男士在审神者的激励下，开启了付丧神的道路。他们的使命是将企图改变历史的时间溯行军打倒，以守护“正确的历史”。与陆奥守吉行、药研藤四郎、蜻蛉切、鹤丸国永这些新的伙伴一起，在动荡的时代投身到与时间溯行军的战斗中。刀刃挥舞，刀光剑影。刀剑男士、即刻出阵。
在梵蒂冈内，有一个专门受理全球的“神迹申请”并负责检证其真伪的机关——“圣座(聖徒の座)”，而隶属圣座的神父则会被称作奇迹调查官。
天才科学家平贺·约瑟夫·庚及暗号解读专家罗贝多·尼可拉斯均是圣座的奇迹调查官，他们经常调查在世界各地所发生的神迹。但在调查期间，却逐渐揭露一些被隐藏的事件及阴谋。