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草薙护堂，他是一位弑神之人。弑神之人能够篡夺神的权能，而拥有那种力量的人类王者，被称为“Campione─弑神者─”，同时他们也被称为霸王或是魔王。拥有这些秘密的高中生草薙护堂，期盼的只是平淡无奇的日常生活而已，但是自称护堂爱人的女魔术师──艾莉卡，却让他卷入与不顺从之神的邂逅！？
在弑神者的世界里，人们编织了各式各样的神话，而神话又造就了各式各样的诸神，众神本应也如在各自的神话中维持着本应有的角色，使世界正常运行，但却不是所有神也安本分地顺从自身的神话角色，这些被称为“不顺从之神”是会带来灾祸的，因此出现了一些能够击倒“不顺从之神”的人们。被称为“Campione”弑神者的他们，除了拥有弑神力，也是被称为至高的王的魔法师。新的神话所交织出的BATTLE FANTASY开幕。
“我愿意成为你的式神，一直在你身边，永远保护你。”
很久以前，年幼的男孩对着女孩定下约定，在他还不知道“将来”的意义之前──
在战争不断的中世纪时代，在法兰西王国与英格兰王国交战之百年战争中，各国的魔女以此战争作为赚钱的途径。而法国之魔女玛利亚则厌恶战争，多次插手中止多次战争。
某天突然出现了名为“龙”的怪物，让整个世界陷入恐慌之中，唯一能对抗它们的，就只有拥有灭龙之力，且多数都是少女的“D”。而身为唯一例外的男主角物部悠，有一天突然接受调职令来到密得加尔，除了必须要在全是少女的学校生活之外，同时还必须运用“D”的能力与龙对抗。
“D”("D")
黑之弗栗多现身之后，开始持有灭龙异能的孩子的总称，全称为“Type Dragon”。
与弗栗多同样持有上位元素生成能力，并从空无一物的地方将上位元素变换成任意物质。此种能力拥有相当高的价值，过去亦曾有为了抢夺“D”演变成战争的情况。因此联合国决定把“D”规定为龙的一种，并视为世界全体的资源，由国际组织阿斯嘉进行管理。
目前“D”对现在的产业已是不可或缺的存在。若是失去密得加尔的供给，会令已经将近枯竭的资源价格暴涨甚至引发世界大战的危机。同时，目前而言也被认为只有“D”具有打倒龙的可能性。
愈是接近弗栗多通过的场所，“D”的发生率就愈有偏高的倾向。因此弗栗多最初出现的日本，诞生了最多的“D”，因此在密得加尔的学生中以亚洲少女居多，而密得加尔亦是以日语为公用语言。此外，由于“D”的能力觉醒往往是在第二性征之前或之后的孩子，“D”以15—16岁居多。相对地年幼的“D”较少。
在20岁前后或是怀孕就会开始失去上位元素生成能力(实际上大约三个月能力才会完全消失)。
据弗栗多所言，“D”不想失去上位元素生成能力的唯一方法是成为真正的龙。而弗栗多给予“D”上位元素生成能力的真正原因是藉其设计的自动生物体变换机制，让“D”的身体进化为龙。不管进化为任何的龙，都会使“D”的能力永久固定，不因年龄增长或怀孕而消退。相反，身体成熟之后如无与龙同步的可能，就会失去上位元素生成能力。
龙纹(竜紋)
为“D”与生俱来的印记。龙纹的大小会随上位元素生成能力而改变。
其实是弗栗多所设计，让“D”变成同种的龙(即龙伴侣)的连结手段。满足两个条件以后，龙与“D”就会透过龙纹建立精神连结。
连结建立以后的表现是被龙看上的“D”的龙纹会开始变色，在一段时间以后，肉体的固有波长亦会同步而令龙纹完全变色。一旦该龙纹变色的“D”接触看上她的龙，就会变成同种的龙。若果两只龙看上同一名“D”，龙纹的颜色为支配力较强的龙。
有意思的是，人类姿态的抗体龙种与“D”(如伊莉丝等人)因为一开始就有着“人类”这个相同性质，所以无需肉体同步的过程，在精神上也容易同步。
在二年前的克拉肯之战前都没有人知道这事，证实这事实以后却足以令人震惊。在那之后也让密得加尔的机能出现根本上的改变。因此在密得加尔准备讨伐巴西利斯克以前，甚至以临时实施健康检查之名检查“D”的龙纹有否变色。
第14卷、安哥鲁莫亚1号袭来时，弗栗多借由调整人类形代，以修改悠的生物体变换机制并且所借予的部分真正的第七权能。使得他以后接获安哥鲁莫亚的瞬间，发动机制转变为同种。
龙化
为生物转变为龙的现象，目前原因有三。
第一种是借由弗栗多提供能使用上位元素的因子，再和与其频率完全同步的龙接触后，以自身上位元素作生物体变换为同种的龙(龙伴侣)。这方式甚至可覆盖以下龙化的原因。但持有“全知回路”的话，可对自身的生物体变换作出干涉。
第二种是完全的继承龙的权能，并且使用其完全甚至以上的力量，在期间作生物体变换并且变成相对应的龙。弗栗多解释这是容器为配合内容物而改变，但洛基少佐指出改变的原因是器量太小。某个意义上，变成赫瑞德玛也算是这类龙化。
第三种仅适用于权能“全知回路”，为取代原中枢系统以后成为其新中枢。这种龙化需要的不是生物体变换，而是能够发出操纵植物网络的电波。
权能(権能，Authority)
本作对于龙的各种能力的总称，由世界所孕育的龙都是获得这能力所变异而成的。
虽然可藉上位元素变换成其他权能，但其实以不经过上位元素的方式，比较能发挥权能本来的力量。
如因持有者自然死亡或自尽等原因的没有继承对象，权能就会碎片化并且扩散削弱。
此外，持有权能的龙亦可借由伴侣关系或借由看上时的精神连结，主动分散让渡给其他人使用，但分散以后的力量会因扩散而有所减弱。
单一个体(例如人类)能从先天获得或后天继承或让渡的权能数量不明。
上位元素(上位元素(ダークマター)，Dark matter)
“D”所生成的万能因子总称，外观如同棒球大小的黑色球体。使用时会伴随着次元微动。
能够变换成任何物质或现象(包括其他权能)，最广泛应用的转换物质为空气，可以用来攻击、防御与移动。
上位元素理论上也能进行活体变化，这行为被称为“生物体变换”，最简单的表现是治愈自己或他人的伤口。然而生物的身体实在太过复杂，不是单凭想像就能重现，一般被认为如不是龙或是脑部有着同等的处理能力的话无法作生物体变换。但其实是弗栗多对奇力以外的“D”设下限制，以免她俩能够进行生物体变换。
于第七次灾厄当中，该元素成为了黑之乌洛波罗斯的权能。现在该权能由弗栗多所继承，而“D”能生成上位元素是因为弗栗多散布能使用上位元素的因子。
上位元素理论(上位元素理論)
一个由学者们提出的假说名称。上位元素不是任何物质或现象，就物理上的定义来说，甚至不算是存在。由于普通人类无法理解只有“D”才能以感觉理解到的上位元素的存在，因而创立该理论作为假设。
该理论假设上位元素可以变换成三次元世界中的任意物质，因此它被认为有可能是高一个次元的物质。假若上位元素是四次元物质，那么为了定义它的存在，就需要四条轴线。
至于第四条轴线为何则仍然未明。目前最有力的说法为那是与精神十分相近的某种存在，因为上位元素的型态会随着生成者的意志而改变。
秘银(ミスリル，Mithril)
理论上最安定的物质，只能借由上位元素变换而成。
除伊莉丝外，即使失败也只是比重不对，因而变质成相近的金属。
基本上能够防御所有攻击，但唯独对反物质无效。另外强力的“灾厄时间”亦会将其风化消灭。
为克拉肯的触手与克拉肯兹拜于少女模样时的头髪的构成物质。
灾害指定(災害指定)
这时，这些“D”的行为会被视为灾害指定。被视为灾害指定的“D”将不被视为人类，而是被视为歼灭目标。目前的例子为奇力·史尔特尔·穆斯贝尔海姆。
信奉龙团体(ドラゴン信仰団体)
排斥龙团体(ドラゴン排斥団体)
把龙视为人类敌人并且主张将其排除的团体。亦是与信奉龙团体相互敌对的团体。
故事发生在前传故事《鹫尾须美是勇者》两年后，神世纪300年。主要讲述初中二年级学生结城友奈，天天在学校里过着与很多朋友一同听课、进行社团活动、玩耍的平稳生活。不管怎么看这都是非常普通的女孩的生活日程，但是只有一点与其他孩子不同的地方，那就是她所属的名为“勇者部”的社团活动。以部长犬吠埼风为中心的该社团的活动内容与被谜团包围的叫做Vertex的不可思议的存在有关系。本作正是以友奈等人的“勇者部”的活动为主线进行相关叙述的。
一处位于乡下的宁静村庄，发生家畜陆续诡异死亡的奇妙案件。 为了解决这起案件，一位穿着显眼服装的名叫“隐神”的男子， 被从东京找来此地。在调查过程中，男子与一名居住村内，被旁人叫“ 泥田坊”，有着神秘气息的少年相遇。
白血球、红血球、血小板、巨噬细胞、记忆细胞、细胞毒性T细胞、NK细胞、B细胞、肥大细胞……等等。人类细胞的数量，大约有60万亿个！它们全体，在人体内全年365天、一天24小时不眠不休地工作!那里有着细胞们不为人知的故事!Sirius新人奖出身的清水茜描绘的、细胞拟人化的奇思妙想!”
本作品是将人体内细胞拟人化的作品，为获得了第27回少年Sirius新人奖大奖、具有很大影响力的漫画《细胞的故事》(『細胞の話』)的连载化，同时也是作者清水茜的初次连载作品。主角定位为白血球和红血球，角色统一为细胞种类的名称，所以并没有单独名字，细菌之类的会被描绘成怪物。
本作是爱情喜剧，故事以男主角上杉风太郎将在未来与中野家五胞胎姐妹中的一人结婚为展开，以倒叙的方式回顾风太郎与五姐妹相识的故事，之后也多次穿插结婚场景。因为五胞胎长相相同从而留下悬念，让读者无从得知风太郎的结婚对象。本作最后有说明上杉风太郎结婚的对象，而末尾时也让五胞胎以相同的装扮，都穿着新娘礼服，让风太郎找出真正的新娘。
以下内容透剧（慎看）
在学园祭时，风太郎已和五姐妹说“喜欢五姐妹”，他会在学园祭最后告诉她们他选择的答案。学园祭最后，五姐妹和风太郎约好，五姐妹待在不同的位置，由风太郎去的位置代表他的答案。风太郎去原先四叶应该会在的保健室，遇到已离开保健室，回来拿东西的四叶，风太郎要询问四叶心意时被四叶拒绝，四叶逃离保健室，在公园被风太郎追到，四叶表白她一直都喜欢风太郎。后来风太郎在和四叶一日约会时表白并且求婚。
五年后，一花已是知名演员，因为四叶和风太郎的婚礼回到日本，去机杨接她的是已经成为老师的五月，二乃和三玖一起租用了上杉母亲原来的料理店，开了咖啡厅。四叶也来到咖啡厅，五姐妹决定在婚礼前再扮成装扮、发型完全相同的新娘，让风太郎找出真正的新娘。风太郎顺利的认出每一个姐妹，并向四叶以外的四姐妹表达心意。四叶也在婚礼时表达对家人的谢意。婚礼结束后，五姐妹都留下来要参加蜜月旅行，而且想去的地点不同，风太郎想到以前曾有和五姐妹一起要参加旅行，五姐妹意见不一的情形。
深夜的京都花街，舞妓结束表演工作后会返回屋形(舞妓的宿舍)生活。担任此处料理人的16岁少女野月季代(キヨ)在屋形为舞妓们献上温暖的料理，同时反映着舞妓的日常生活。
故事发生在绿色都市：风祭。居住于这座以“文明与绿色共存”为理念而兴建的都市里的天王寺瑚太朗，与神户小鸟、吉野晴彦等伙伴过着平凡的每一天。在那么和平的风祭市里，每年都有一段时间特别热闹，那就是举城欢庆的收获祭。为了这个类似于文化祭的大型活动，瑚太朗开始干起收集新闻素材的工作。
超自然研究社成员篇(游戏对应路线：小鸟、千早、朱音、静流、露西娅路线;动画对应集数：第一期1-13集)
天王寺瑚太朗和小鸟、千早、朱音、静流、露西娅组成超自然研究社，结识了千早的名义兄长(管家)咲夜，开始着手调查风祭市的超自然事件。过程中瑚太朗开始和超自然研究社成员建立深厚的情谊，遇见了神秘的少女——篝，同时也发掘出自己的超能力。但随着站在顺从星球意识和主导净化地球立场的“盖亚”组织与主张站在人类方奋斗的超能力者组织“守护者”的冲突浮出台面，超自然研究社成员亦因各自理念不同和卧底身份曝光而开始疏远彼此。游戏中视乎玩家决定和超自然研究社成员发展不同结局。
月球(Moon)篇(游戏对应路线：月球线;动画对应集数：第二期14-16集)
天王寺瑚太朗趁夜于荒废的风祭市游荡期间，在雏菊之丘遇见了独自进行研究的篝，经过几度挫折后终如愿与篝顺利交流。篝向瑚太朗透露自己身为星球意识的化身，同时道出地球的资源和能量已被消耗至所剩无几，现时瑚太朗所处的世界其实转移和运用地球残存的万能之力建立的月球世界。她在数度利用箱廷理论推演能够延续世界的可能性的过程中，因为遇及瓶颈导致进度停滞不前，此时瑚太朗在篝的推演版图留下“希望有一天还能和你相见”的留言和签名，帮助篝创造延续世界的全新可能性，同时也查觉自己存在着先前于各种可能性世界和超自然研究社成员互动的记忆，以及数年的记忆空白。
同一时间，“盖亚”组织的幕后领导者加岛樱遣送众多魔物阻挠瑚太朗和篝的计划，瑚太朗集结先前在各种可能性世界邂逅的超自然研究社成员及咲夜前来援助，瑚太朗的同学们也随之应战，“盖亚”和“守护者”阵营亦展开对决;但后来超自然研究社、瑚太朗的同学们、部分“盖亚”和“守护者”的成员陆续不敌阵亡，连召唤各世界可能的自己和变身成魔物姿态迎战的咲夜也为此牺牲，最终月球篝为了实践延续世界的可能，将月球上所有的能量连同瑚太朗传送至已荒芜的地球。
地球(Terra)篇(游戏对应路线：地球线;动画对应集数：第二期17-24集)
最后的章篇中，揭晓了天王寺瑚太朗的过去：瑚太朗在少时和隶属“盖亚”组织的双亲不睦，为了宣泄自我而经常在树林间猎杀小型魔物，直至某次“盖亚”和“守护者”的阵营冲突中，瑚太朗被风祭区“守护者”阵营领导者江坂宗源所救，受其发掘加入“守护者”组织锻炼。瑚太朗在此世界执行任务期间邂逅和选择放过地球的篝，自愿参与“守护者”战区任务期间察觉“守护者”阵营和自己理念相悖，遂救出被“盖亚”培训为魔物使的孩童和抢先接触尚未加入“守护者”的超能力者，创办兼容魔物使和超能力者的第三势力阵营。为了帮助地球篝创造延续星球可能性的“星球的美好回忆”，瑚太朗开始担任渗透“盖亚”和“守护者”双方阵营的间谍，背叛“守护者”阵营和亲友;然而加岛樱仍主导“盖亚”阵营让篝启动毁灭地球的“救济”行动。最后瑚太朗委托“守护者”同僚今宫新和西九条灯花救出幸存者，为阻止“救济”和地球篝汇合与亲自手刃后者，随后自己受过度运用超能力的副作用影响魔物化而变成一株大树。
“救济”落幕三年后，当年的幸存者展开全新的生活;瑚太朗发现的魔物及超能力的运用技术和事迹也一并公诸于世;被灯花抚养成长的小鸟、千早、朱音、静流、露西娅为实验己身技术，从瑚太朗化身的大树召唤出魔物化的后者。瑚太朗偕同五人缔结契约，带领一行人飞向和登陆月球，故事以六人和种苗型态(动画版为人形状态)的月球篝再会作结。