坂本真绫

故事主人翁市之宫行是企业社长的儿子，时刻准备着继承那间世界顶尖的家族企业。从年幼的时候开始，父亲就告诉他“不欠人，不求人”的道理，生活时时遵守家训。

可是，在一次意外溺水，行被住在桥下荒川钓鱼的少女妮诺救回性命，就此欠下救命之恩。为了报恩，妮诺要求行跟她谈恋爱，永远在一起。行碍于家训惟有答应，自己也开始在桥下生活。不过，荒川区这地方远比市之宫行想像更为怪异，大部分居民正是被社会认定为带着疯狂幻想的“电波族”。行跟着荒川桥下居民生活的期间，不但和包含妮诺在内的桥下居民产生深厚的羁绊，逐渐改变过往的认知和价值观，同时也发现桥下地区不为人知的秘密。

在南边岛屿和双亲共同生活的11岁少年多马，某日在岛上的一处遗迹遇到了一位少女。少女名叫海尔嘉，是个沉默寡言、总是重复绘着未知地方的风景，还说想去风景所在地的奇妙女孩。于是，多玛和爱慕海尔嘉的少年－吉德两人便决定要带海尔嘉到那个“她想去的地方”。

另有一群充满迷团、一身黑衣，每隔几十年就会出现的“贝佛鲁的孩子们”，他们经过长久的岁月，为的只是要追寻一号人物。即使在反复的岁月中疲于奔命，又有谜样少年－杜玛从中搅局减少他们的同伴，他们仍然一心一意不停地寻找少女。

还有一位追查少年少女连续失踪事件的刑警－库克，在搜查过程得知了“贝佛鲁的孩子们”之存在。进一步深入探查发现这群孩子充满神秘、无法解释的现象，以及后来现身的神秘青年，究竟失踪的孩子们身上到底隐藏着什么不为人知的秘密？

平行的三个故事到最后复杂地纠结在一起，超越了五百年的时光，而这所有的一切都源于某个行星的悲剧。

每集标题

《Kanon》故事主题主要围绕着五位少女，这些女孩的生活与同一位少年有关联。相泽祐一是一名高中二年级生，曾在来到游戏故事开始前7年来到故事的舞台“北国小镇”，当时佑一寄住在母亲的妹妹水濑秋子和她女儿名雪的家里。7年后几乎忘记该处记忆。之后他遇到几位少女，并慢慢恢复记忆。

与祐一的过去有关联另一个女孩是在高中三年级就读的川澄舞。于夜晚溜进学校和“魔物”战斗，虽然因为非常的沉默寡言又背负着孤独一人的战斗且深夜溜进学校和“魔物”战斗所造成的破坏而被周遭的人视为不良少女、问题学生。祐一遇到的第五位女主角美坂栞从小身体孱弱，从高中入学起也是长期缺席没去上学，但是偶而会穿着便服溜进学校里。祐一在学校注意到她后，开始与她交谈。
 

随着接连不断的大规模战争结束，各国军队编入“国联”军队。此次侵袭人类的大灾难被称为第二次冲击，“国联”发表的大灾难原因是“大质量的陨石撞击南极”。实际上却是为了在其他使徒觉醒之前将第一使徒亚当还原成卵的结果，而秘密组织SEELE凭借其巨大影响力隐瞒了事实真相。

SEELE经由《死海文书》获悉了相关讯息，事先采取了一系列措施。使徒拥有强大的A.T.力场(绝对领域)，一般的武器无法消灭它，为阻止使徒毁灭人类而设立Gehirn开发泛用人型决战兵器——人造人Evangelion(简称：EVA)，并且建立起要塞都市——第3新东京市，也是Gehirn总部所在地。Gehirn之后改组为NERV，全力推行人类补完计划。

剧情

剧中的2015年，在被称为“第二次冲击”的全球大灾难过去十五年后，14岁的碇真嗣应其关系疏远的父亲碇源堂的要求来到了未来都市第3新东京市。其父正是特殊准军事组织NERV的司令。在抵达这个城市后，真嗣目击了作战部队对不明物体“使徒”的作战。死海古卷曾预言过使徒这种巨型怪物的觉醒，而NERV的巨型人形生物兵器EVA是唯一能阻止使徒毁灭人类的武器。为了驾驶这种人形兵器，驾驶员必须在EVA内部与其进行神经系统的同步。NERV成员葛城美里护送真嗣进入NERV复杂的地下都市，在那里真嗣的父亲迫使他驾驶EVA初号机对阵使徒。

没有受过训练的真嗣在战斗中很快就被打倒，进而使得初号机失控，并自行野蛮地消灭了使徒。经过住院治疗后，真嗣搬到美里住处并开始在第三新东京市的定居生活。在第二次战斗中真嗣在情绪激动下不顾命令摧毁了一个使徒，但之后被指责而产生负面情绪，并试图逃跑。

最终真嗣面对美里并决定继续担任驾驶员。与此同时，此前在实验中受损的EVA零号机已被修复，而真嗣试图与其驾驶员——神秘而冷漠的14岁女孩绫波丽交流。美里制定的一项名叫“屋岛作战”的作战计划成功的击败了另一个使徒，但驾驶EVA零号机的绫波在战斗中受伤，而真嗣也险些丧命。

在打倒海上出现的使徒后，EVA二号机的驾驶员——一个同样14岁的女孩惣流·明日香·兰格雷，也搬来同美里和真嗣住在一起。之后真嗣同明日香一起联手击败了一个会分身的使徒。

真嗣班上一个名叫铃原冬二的男孩被选作EVA三号机的驾驶员，但在他第一次进行同步测试时，三号机突然被使徒控制。在真嗣拒绝同被认定为使徒的三号机战斗后，他驾驶的初号机被切断操控，并由独立的模拟插入栓系统所取代，因而初号机野蛮地撕开了三号机并压碎了载有冬二的插入栓。真嗣在这次与被迫对冬二驾驶的三号机进行的作战中心受重伤，并暂时退出驾驶EVA，但为了消灭之后新出现的已经接连打倒明日香和丽的使徒而被迫回归。在接下来的战斗中，明日香因为被使徒进行了心理攻击，失去了自信心陷入了精神崩溃。丽为了救真嗣而启动零号机的自毁系统与使徒同归于尽。当美里和真嗣之后前往医院时，在那里发现还活着的丽，但其自称是“第三个丽”。美里迫使律子透露NERV的黑暗另一面，EVA墓地以及模拟插入栓系统是使用丽的克隆人来运行的。

有着各种不同种族的的神秘世界ミスタルシア。由于想要征服世界的魔族侵略派的侵略行为而到处发生着战争，而人类、天界、魔族稳健派为了防止侵略派的世界征服而一起在世界各地战斗着。由此世界变成了由天界、人类、魔界及在暗处活动的“混沌之暗”同在的混沌模样。

在大陆上有这么一个传说，以前存在过拥有高魔法技术、并由此技术将大岛浮上天的超级大国“天上人”，而它现在留下来的只有各地的浮游城，而它以魔偶技术为首的魔法技术则沉睡于大陆各地。

故事发生在一个人魔神三个种族混杂的世界。两千年前，有着银黑色翅膀的恶龙巴哈姆特为这个世界带来濒临灭绝的危机。当时三个种族跨越隔阂通力合作，牺牲无数生命才把巴哈姆特封印。在恶魔与神族担当终极一击的主导下，封印的关键钥匙被一分为二，被两边分别掌握。接下来，世界经历二千多年的和平日子，但不知从何时开始，人类开始视巴哈姆特为至高无上的唯一存在，而恶魔与神族之间的战争亦没有停止。某日，某位少女夺走由神掌握的封印钥匙，世界的平衡于是开始被破坏。巴哈姆特的复活与咆啸，再度把世界卷入绝望的深渊