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“人类”遭到非比寻常的“兽”蹂躏而灭亡了，除了独自从数百年沉睡中苏醒的青年威廉之外。现时，能代替“人类”打倒“兽”的，只有“圣剑”，及使用圣剑的妖精兵。可惜在战斗过后，“圣剑”虽能再次被他人使用，但用尽力量的妖精兵们却只能殒命。
在友人的介绍下，威廉找到一份兵器管理员的工作，但没想到被称作兵器的竟然是一群少女。作为妖精兵，她们的命运只有使用“圣剑”、燃烧生命并击退敌人。但至少，她们希望自己的存在能被他人记住，并且留下羁绊。
他为了死亡，选择了侦探之路……
时为2030年代。
集合在神秘侦探明智小五郎手下的“少年侦探团”。
他们以天赋的行动力，将大大小小的事件导向解决。
某天，成员花崎健介遇到了神秘的少年小林芳雄。
由于“正体不明的烟雾”而变成“无法死去”之身的小林，
期盼着自身的死，拒绝与他人的接触。
对于这样的他的存在怀有兴趣的花崎向他提出“要不要加入‘少年侦探团’?”……
小林与花崎。他们的相遇，
终将与世纪的犯罪者怪人二十面相和明智小五郎的因缘相互交错，
并推动两人的命运……