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某天突然出现了名为“龙”的怪物，让整个世界陷入恐慌之中，唯一能对抗它们的，就只有拥有灭龙之力，且多数都是少女的“D”。而身为唯一例外的男主角物部悠，有一天突然接受调职令来到密得加尔，除了必须要在全是少女的学校生活之外，同时还必须运用“D”的能力与龙对抗。
“D”("D")
黑之弗栗多现身之后，开始持有灭龙异能的孩子的总称，全称为“Type Dragon”。
与弗栗多同样持有上位元素生成能力，并从空无一物的地方将上位元素变换成任意物质。此种能力拥有相当高的价值，过去亦曾有为了抢夺“D”演变成战争的情况。因此联合国决定把“D”规定为龙的一种，并视为世界全体的资源，由国际组织阿斯嘉进行管理。
最初阿斯嘉旗下的军事组织尼福尔以保护之名，捕捉全世界各地的“D”，并将之隔离在名为密得加尔的孤岛。但随着“D”的年龄成长，也开始主张人权。以后连有力财阀和历史悠久王家的女儿中也出现了“D”，令取得契机的密得加尔取得了自治权。
目前“D”对现在的产业已是不可或缺的存在。若是失去密得加尔的供给，会令已经将近枯竭的资源价格暴涨甚至引发世界大战的危机。同时，目前而言也被认为只有“D”具有打倒龙的可能性。
愈是接近弗栗多通过的场所，“D”的发生率就愈有偏高的倾向。因此弗栗多最初出现的日本，诞生了最多的“D”，因此在密得加尔的学生中以亚洲少女居多，而密得加尔亦是以日语为公用语言。此外，由于“D”的能力觉醒往往是在第二性征之前或之后的孩子，“D”以15—16岁居多。相对地年幼的“D”较少。
在20岁前后或是怀孕就会开始失去上位元素生成能力(实际上大约三个月能力才会完全消失)。
据弗栗多所言，“D”不想失去上位元素生成能力的唯一方法是成为真正的龙。而弗栗多给予“D”上位元素生成能力的真正原因是藉其设计的自动生物体变换机制，让“D”的身体进化为龙。不管进化为任何的龙，都会使“D”的能力永久固定，不因年龄增长或怀孕而消退。相反，身体成熟之后如无与龙同步的可能，就会失去上位元素生成能力。
龙纹(竜紋)
为“D”与生俱来的印记。龙纹的大小会随上位元素生成能力而改变。
其实是弗栗多所设计，让“D”变成同种的龙(即龙伴侣)的连结手段。龙要选中“D”需要两个条件，一是龙方面有着强烈渴望“伴侣”的冲动，二是发情状态的“D”当中有精神波长吻合之人。满足两个条件以后，龙与“D”就会透过龙纹建立精神连结。
连结建立以后的表现是被龙看上的“D”的龙纹会开始变色，在一段时间以后，肉体的固有波长亦会同步而令龙纹完全变色。一旦该龙纹变色的“D”接触看上她的龙，就会变成同种的龙。若果两只龙看上同一名“D”，龙纹的颜色为支配力较强的龙。
有意思的是，人类姿态的抗体龙种与“D”(如伊莉丝等人)因为一开始就有着“人类”这个相同性质，所以无需肉体同步的过程，在精神上也容易同步。
在二年前的克拉肯之战前都没有人知道这事，证实这事实以后却足以令人震惊。在那之后也让密得加尔的机能出现根本上的改变。因此在密得加尔准备讨伐巴西利斯克以前，甚至以临时实施健康检查之名检查“D”的龙纹有否变色。
第14卷、安哥鲁莫亚1号袭来时，弗栗多借由调整人类形代，以修改悠的生物体变换机制并且所借予的部分真正的第七权能。使得他以后接获安哥鲁莫亚的瞬间，发动机制转变为同种。
龙化
为生物转变为龙的现象，目前原因有三。
第一种是借由弗栗多提供能使用上位元素的因子，再和与其频率完全同步的龙接触后，以自身上位元素作生物体变换为同种的龙(龙伴侣)。这方式甚至可覆盖以下龙化的原因。但持有“全知回路”的话，可对自身的生物体变换作出干涉。
第二种是完全的继承龙的权能，并且使用其完全甚至以上的力量，在期间作生物体变换并且变成相对应的龙。弗栗多解释这是容器为配合内容物而改变，但洛基少佐指出改变的原因是器量太小。某个意义上，变成赫瑞德玛也算是这类龙化。
第三种仅适用于权能“全知回路”，为取代原中枢系统以后成为其新中枢。这种龙化需要的不是生物体变换，而是能够发出操纵植物网络的电波。反过来的话，就是从脑中被植入病毒以后，被其侵蚀意识并受到控制。
权能(権能，Authority)
本作对于龙的各种能力的总称，由世界所孕育的龙都是获得这能力所变异而成的。
虽然可藉上位元素变换成其他权能，但其实以不经过上位元素的方式，比较能发挥权能本来的力量。
权能继承自何处是以因果的深浅来决定。其中最强的因果是产生于“杀戮者与被杀者”之间，其次是亲子血缘。只要涉及血与杀害的因果，继承率就大增。
如因持有者自然死亡或自尽等原因的没有继承对象，权能就会碎片化并且扩散削弱。
此外，持有权能的龙亦可借由伴侣关系或借由看上时的精神连结，主动分散让渡给其他人使用，但分散以后的力量会因扩散而有所减弱。
单一个体(例如人类)能从先天获得或后天继承或让渡的权能数量不明。
上位元素(上位元素(ダークマター)，Dark matter)
“D”所生成的万能因子总称，外观如同棒球大小的黑色球体。使用时会伴随着次元微动。
能够变换成任何物质或现象(包括其他权能)，最广泛应用的转换物质为空气，可以用来攻击、防御与移动。
上位元素理论上也能进行活体变化，这行为被称为“生物体变换”，最简单的表现是治愈自己或他人的伤口。然而生物的身体实在太过复杂，不是单凭想像就能重现，一般被认为如不是龙或是脑部有着同等的处理能力的话无法作生物体变换。但其实是弗栗多对奇力以外的“D”设下限制，以免她俩能够进行生物体变换。
事实上上位元素是星球的未来及生命的根源，当其耗尽，世界也将终结。生成上位元素，就是在预支未来。如变换为无机物，对其残量几乎不会有影响;但将上位元素花费在生命时，就会消耗“未来的可能性”，特别是涉及“起死回生”时。
于第七次灾厄当中，该元素成为了黑之乌洛波罗斯的权能。现在该权能由弗栗多所继承，而“D”能生成上位元素是因为弗栗多散布能使用上位元素的因子。
上位元素理论(上位元素理論)
一个由学者们提出的假说名称。上位元素不是任何物质或现象，就物理上的定义来说，甚至不算是存在。由于普通人类无法理解只有“D”才能以感觉理解到的上位元素的存在，因而创立该理论作为假设。
该理论假设上位元素可以变换成三次元世界中的任意物质，因此它被认为有可能是高一个次元的物质。假若上位元素是四次元物质，那么为了定义它的存在，就需要四条轴线。
至于第四条轴线为何则仍然未明。目前最有力的说法为那是与精神十分相近的某种存在，因为上位元素的型态会随着生成者的意志而改变。
秘银(ミスリル，Mithril)
理论上最安定的物质，只能借由上位元素变换而成。
除伊莉丝外，即使失败也只是比重不对，因而变质成相近的金属。
基本上能够防御所有攻击，但唯独对反物质无效。另外强力的“灾厄时间”亦会将其风化消灭。
为克拉肯的触手与克拉肯兹拜于少女模样时的头髪的构成物质。
灾害指定(災害指定)
尽管“D”的能力为黑手党和恐怖分子利用是不寻常的事，少数的“D”却会自己主动展开恶行。这时，这些“D”的行为会被视为灾害指定。被视为灾害指定的“D”将不被视为人类，而是被视为歼灭目标。目前的例子为奇力·史尔特尔·穆斯贝尔海姆。
信奉龙团体(ドラゴン信仰団体)
把龙视为神并且敬仰、崇拜的团体。他们在这个遭受龙所威胁的世界中，相信自己是龙的使徒，并借此保持精神上的安定，以及获得安全感。该类型团体中的恐怖组织为“穆斯贝尔之子们”。
排斥龙团体(ドラゴン排斥団体)
把龙视为人类敌人并且主张将其排除的团体。亦是与信奉龙团体相互敌对的团体。
就读县立前崎高中的主角西村英骑是网络游戏《传奇时代》（Legendary Age ，简称LA）的玩家，由于曾在游戏中告白，但被对方告知是假冒女生的人妖，而对此有阴影，并坚持把游戏和现实分得清清楚楚。有一天竟被网络游戏中的女玩家玉置亚子告白了，虽然在游戏中接受了亚子的表白而结婚，但仍然不敢确信亚子在现实中是女生。直到有一天，卢西安所属四人公会“后巷猫（Alley Cats）”（后巷猫公会）的会长决定举行线下聚会，结果英骑发现公会内四人竟然全是同高中的学生，且自己以外的三人、包括亚子、公会会长御圣院杏（LA内名称：亚普力克）、会员瀬川茜（LA内名称：修凡）都是可爱的女孩子。
但是，亚子是一个无法区别现实与游戏、将两者重度混淆的患者，她会在现实世界做出游戏内的行为：包括以游戏昵称称呼别人，认定英骑是自己现实中的丈夫，以及“使用技能”等等。为了让亚子能够恢复正常，众人成立了“现代通信电子游戏社”（即是网游社），他们的游戏生活就此延续至学校。
与现实世界相邻、充满各种谜团的里世界，有着各种以真实怪谈之姿流传下来的危险存在出没，诸如“扭来扭去”、“八尺大人”等等。对生活感到倦怠的女大学生纸越空鱼，于里世界目睹“那个”而差点丧命时，与仁科鸟子结下不解之缘，她的人生从此彻底改变。为了研究与赚钱，以及搜救珍视之人，鸟子和空鱼一脚踏进这个不平凡的世界。
里世界(裏世界)
另一个领域，无法用常识判断的空间。
有超越常识的陷阱。
遍布怪物，物理攻击无效，只能冒着被同化的风险“理解”对方后物理攻击才有效。
里世界的物种已经开始渗透现实空间，并且开始影响现有的和平。
门(ゲート)
连接现实世界与里世界的通道。
形成原因成迷，也会突然消失，在现实空间穿过它就能去往里世界。
比如特定顺序出入电梯、都市怪谈中的灵异点，都有可能存在一个影响现实的“门”。
陷阱(グリッチ)
在里世界会出现的特殊点，进入该地方就会被烧成灰烬。
这种点不可见，只能人工探测，是一种天然的陷阱。
第四类接触者(第四種接触者)
科学UFO之父海尼克博士把人类与未知领域接触分为三类：第一类是目击、第二类是侵入、第三类是接触。
而第四类是小樱提出的，特指受到了肉体上的影响的观察者。
热门社交游戏“魔法少女育成计划”，为数万人之中仅一人能成为魔法少女的奇迹般游戏。幸运地获得魔法，过着充实生活的众少女。然而，就在某一天，她们收到法布传来“因人数过多，为了确保魔力供给足够，要裁掉一半的魔法少女”的片面通知，需在16人中削减8人，于是由16位魔法少女所带来的残酷激烈、惨无人道的殊死竞存比赛，由此拉开序幕。
然后在经过一场大规模的战斗后，魔法少女存活人数达到7人，但法布突然宣布“因为途中有给出魔法道具的关系，魔力供给依旧不足，将存活人数下修到4人。”于是残存的魔法少女在生存威迫下再度展开一场殊死厮杀。
新生私立女子校·五棱馆学园背后有着不为人知的一面——由于时空歪曲而出现的谜之妖魔“Oburi”。能与这些人类之敌对抗的，唯有具备能探知五次元空间能力的被作“Striker”的少女们。五棱馆学园同时也是选拔出具备素养的少女们，并养成讨伐Oburi的战斗部队“Fifth Force”的机关。隶属于新结成的队伍“Altair Torte”的五位少女的战斗与友情的物语开幕!
以“真正的实力、真正的平等到底是什么?”为主题，描写全新的学园默示录。
因某个理由而在入学考试偷工减料的主角绫小路清隆，被分配到了被揶揄为次品聚集地的D班。与同一个班级、成绩优秀但性格超麻烦的美少女堀北铃音，还有由牵挂与善良构成的天使般的少女栉田桔梗的相遇，使得状况开始发生改变。
这个社会是否平等呢。真正的“实力”是什么——。东京都高度育成高等学校。那是宣扬彻底的实力至上主义，以升学率·就业率100%而引以为豪的升学学校。升入那里，被分配到1年D班的绫小路清隆，却发现学校与实力至上主义的招牌相反，学生每个月会得到相当于10万日元、与现金同等价值的分数，在授课和生活态度方面也贯彻放任主义。在梦幻般的高中生活当中，不断地挥金如土、过着自甘堕落日子的同班同学们。但，不久他就得知了学校系统的真面目，并被打入绝望的深渊……!来自吊车尾聚集的D班的少年少女们所发现的，是世界的矛盾，还是正当的实力社会?
作品设定
高度育成高等学校(高度育成高等学校)
99.9% 能够就职于期望的工作，拥有最新的设备。每个月学校发放货币，发型和私有物的携带等等极其自由的校风。学校指南的小册子里是个由梦幻般文字书写而成的学校。然而其真实情况则是一切皆由自身实力来衡量，完全的实力主义教育学校。入学测试的综合分数(包括笔试、面试、国中时的评价)按照高到低，从A班开始分配。一开始能力就很高且无不良纪录的人必然被分到A班。而因为能力低或拥有不良纪录的人则会被分配到D班，因此入学后的点数必然会被越拉越开。优秀的人会被作为优秀的存在而被郑重其事地对待。因为比起笔试，面试，也就是个人的外在占的比重更大，所以D班里必然聚集了一堆问题人物(不良品)。
S系统(Sシステム)
入学后班级人员的分配，以及班级点数增减原因，都根据此系统决定，是一个潜藏在高度育成高等学校未明朗化的系统，学生只能根据自己的手上的资讯，来推测此系统的正体，整体状况不明。
S点数(Sポイント)
又称为“班级点数”，简称“Cl”，动画简称为“CP”。每个月底班级点数汇入各班并转换成个人点数，“1 Cl”可转换成“100 Pt”。
个人点数(個人的なポイント)
简称“Pt”，动画简称为“PPt”。“1 Pt”相当于“日圆1元”，在这所学校中，只要有点数，没有买不到的东西(除了违反校规之外)。个人持有两千万个人点数可以单独转去想去的班级，是除了依靠提升班级点数超越别班之外，另一个可以往A班的方法，只是创校以来，没有任何一个学生成功达成此功绩。
就连三年前依靠违反校规的手段收集个人点数，达成创校以来收集最多个人点数纪录的3年B班学生，直到毕业前夕最高也只有收集到一千两百万，而且后来此学生还被学校退学。龙园打算在这三年内收集八亿个人点数，让C班全员转入A班。
特别考试(特別試験)
在这所学校除了其他正常学校有的考试之外，还有独特的考试，其次数甚至超过正常的考试，不如说这所学校的考试主轴就是特别考试。根据幸村的说法和实际体验痛悟，在这所学校只会学习是不行的，只会运动也是不行的，即使两者兼备，也无法只依靠这些通过这所学校全部的特别考试，直觉、灵感、感觉，这所学校依次考验在人类社会中立足所必不可缺的东西。单打独斗已经是没有出路的了，将会需要的是能把那些要素全部填补的队伍与团结。
White Room(ホワイトルーム)
绫小路清隆成长并受教育的地方，故事开始一年前，绫小路清隆都在这里度过。由绫小路清隆的父亲所掌管，在White Room 里，绫小路清隆的父亲的命令是绝对的。根据绫小路清隆的说法，White Room 不是一个很有人道的地方，甚至见不得人，还有人权等诸多问题，但是这里可以受到最好的教育，因此绫小路清隆累积了远超越一般人一生所能学习到的知识。
这里的教育不止有单纯的能在普通学校能学习到的，还有各种各样的东西，学问、学术、武术、防身术、处世术……等等，绫小路清隆的父亲认为必要的部分都是White Room 必须学习的。反之绫小路清隆的父亲认为不必要的部分，如游戏、动漫……这些世俗东西之类的，不在White Room的学习范围内，导致绫小路清隆对于世俗方面的东西不是很了解。
White Room 将绫小路清隆培养成一个全才，并称作最高杰作品。因为某些原因，White Room 暂停一年，之后再度重启，不过都没有出现有如绫小路清隆的人才，导致绫小路清隆的父亲想用各种手段把绫小路清隆从学校带回去。坂柳有栖对White Room的想法是，为了让“没有天分的人”成为天才而准备的场所，作为天才出生的人不需要那个场所。
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